初到天津，人生地疏，在住房、供養七口之家的生活上都有不少困難。幸虧在他來天津之前，協和醫院有一位職工 ，知道林教授去天津安家在經濟上有些困難，主動借給他3000 元。到天津以後， 一位私人開業的李伯衡大夫也借給他1000元。才使他渡過了暫時的難關。起初，林崧自己開業行醫，後來與協和醫院的同仁卞萬年、曾昭德、施錫恩、金顯宅、下學鑒、林必錦等同時到由一位基督教徒陳善理開辦的私人診所一一恩光醫院去工作，由卞萬年任院長。他們除了保持原有的婦產科之外，又新增設了內科、外科、兒科、泌尿科、耳鼻喉科和口腔科。院址在今成都道與河北路交口處的一座小樓內。
不久。恩光醫院原創辦人陳善理因年事已高而退出。由協和醫院轉來的這幾位專家出資接過來成為一家合股經營的醫院。那時，同來天津的協和醫院同仁還有方先之、柯應夔、鄧家棟、張紀正等人則組成了天和醫院（院址在馬場道西頭），取“天津的協和醫院”的意思。
恩光、天和兩醫院的創建與擴展，給天津輸送來一批達到國際水平的名醫。他們的醫術高明，各地前來就診的人很多，逐漸有了名望。這些名醫們除了在醫院內執醫外，還到其他醫院兼職。林崧就曾在天津第二私立醫院、水閣醫院等處擔任顧問，還在陸軍醫科學院兼任婦產科教學工作，也經常到教會辦的婦嬰醫院義務行醫 。
當年，來到恩光醫院的專家們都把醫院當作自己的事業。每人出資5000元，作為辦院基金，隻能投入，不能抽出，也不分紅。 每月隻領各自的診費來維持生活，而把掛號、住院、藥品等項收入全部作為醫院的發展基金。專家們還實行集體治院、分工負責的管理辦法，除醫療工作外，還擔行政職務。卞萬年兼院長、金顯宅兼財務、卞學鑒兼藥房、施錫恩和設備、林崧兼後勤、陳路得兼護理。這樣做，既省人力、物力，又利於資金的積累。所以，用開辦隻兩三年的時間所積累的錢，醫院就又買下一所房子作為住院部（現在成都道曙光電影院旁），原來的地點改為門診部。
1948年天津解放前夕，有些人由於對共產黨不了解，勸林崧帶著全家到海外去謀生，甚至幫他把全家離津的船票都買好了，催他早下決斷。但是林崧怎麼也不願意離開祖國，雖然他知道國外的醫院有的比戰國的要先進得多。也有他的老師、學友，但那不是自己的祖國 因此，他對親友們說：“我從事醫療事業是為了救國，不僅僅是為了謀生，而科學救國的理想隻有在祖國才能實現。”就在離開船隻有兩小時的時候，還有人給他打電話，催他和全家立即動身。林崧終於謝絕了親友的好意，作廢了船票，毅然地留了下來，和廣大愛國知識分子一起迎來了祖國的新生。
新中國的建立，為我國科學事業的發展開拓了廣闊的前景，也為廣大知識分子發揮聰明才智、獻身科技事業創造了良好的工作環境和條件。從此，林崧以激動興奮的心情，更加忘我地工作，願以全部精力致力於祖國醫學科學研究事業。
1952年，在天津創辦水閣醫院的著名女婦產科醫生丁懋英出走英國。次年，天津市衛生局把水閣醫院改建為婦幼保健院，任命林崧為第一任院長，並兼顧恩光醫院的醫療工作。在中央衛生部的支持下，林崧在天津市參加並建立了第一個婦幼醫療保健網的工作，把醫療工作和群眾工作結合起來，使婦幼保健事業邁出了新步伐。1953年，天津市衛生局籌建天津市中心婦產科醫院時，林崧與柯應夔、楊柯、俞藹峰等被聘到該醫院任輪流值班大夫 。此外，林崧還擔任過市郵電醫院、紡織醫院、第三醫院和解放軍254醫院婦產科顧問。1956年，天津市工商業公私合營時。林崧與恩光醫院其他專家們放棄了私人開業，將恩光醫院全 部動產與不動產無償上交給國家，全體醫師、職工由國家妥善安排。天津市衛生局根據市委指示精神，將天和、恩光兩座私立醫院合並到各公立醫院。紡管局醫院、郵電醫院也合並進去，林崧被安排到天津市第一中心醫院任婦產科主任，他一直工作了幾十年沒有離開臨床第 一線。
林崧和原在恩光醫院的婦產科醫生充實到市立第一中心醫院以後，陸續開展了難度較大的婦科大手術。如子宮全切除、女性外陰廣泛切除、各種剖腹產、腫瘤切除、卵巢囊腫切除等。婦產科的臨床工作異常繁重而勞累。不管白天黑夜，不論節假日，產婦在24小時內隨時有生產的可能。一接到通知，林崧就即時準備上手術台為產婦做手術，有時一上手術台就是幾小時甚至十多小時，但是為了解除病人痛苦，他不顧自己體弱多病，也要忘我地為患者服務。此外，他還注意培養年輕醫生技術水平的提高，除了完成醫療本職工作，還要抽時間結臨床大夫講課。每4個月，作為學員的臨床大夫就要輪換一次。他采取一看、 二帶、三 包、四放的做法，把自己的醫術無保留地教給年輕醫生。比如，病人需要做剖腹產時，有的年輕大夫認為自己已經會做了，不大重視，但是他盡量找病例親手做示範給他們看，邊做邊講，要求他們在手術中要達到穩、準、輕、細。縫合時，手要輕穩。使傷口上的針碼細致、均勻，整齊好看、合乎標準，不發生破傷風或感染，減少事故的發生。