在老頭子說話的同一天，“國民大會”通過臨時動議“請政府撤職查辦吳國楨案”，第二天國民黨《中央日報》說：“該案係第一審查委員會提出之審查報告所列三件提案合並討論之結果。三件提案是：一、章慎言等二十一人提‘吳國楨身為現任官吏，在美竟公然發表荒謬言論，詆毀政府，跡近叛國，應予嚴厲製裁案’；二、方念諧等三十四人提‘建議政府對誣蔑政府之現任政務委員吳國楨，立予撤職查辦以振綱紀案’；三、向大蕃等三十二人提‘行政院政務委員吳國楨詆毀政府，有損國譽，影響反攻複國前途，至深且巨，建議政府將該員迅即吊銷護照，勒令回國依法處辦，如違即予明令撤職通緝歸案，以維國紀而正官常案’。經第一審查委員會就上述三案合並審查，提出審查意見三點：一、查吳國楨係借口政見不同，在國外散播流言，掩飾其在台灣省政府主席任內之種種不法行為，送請政府明令撤免其政務委員職務。二、請政府徹查吳國楨在台灣省政府主席任內之各種不法行為，依法究辦。三、請政府飭令吳國楨迅即回國聽候查辦。昨晨會中，討論該案時，經全場代表一致無異議通過。”4月1日，國民黨“對外秘密，列入交代”的“中央”半月刊上，已登出中央委員會黨紀處分代電，全文是：
各級黨部：查黨員吳國楨在美發表荒謬言論，肆意詆毀本黨及政府，違反黨紀，經中央決議：“吳國楨開除黨籍，並交從政主管同誌依法查辦。”除分電外，即希一體知照，為要！中央委員會紀印。
盡管蔣介石在台灣聲討吳國楨，撤職他、徹查他、究辦他、開除他，並要他“你給我回來！”可是吳國楨哪裏在乎，他在三天後（3月20日），又發信給國民黨中央社紐約分社，原信如下：
敬啟者：
查日來貴社在台灣及海外各處，散播台灣方麵有組織的對楨之惡意宣傳，茲謹將楨於本日上蔣總統函一件，抄送貴社，即請貴社轉送總社及各分社，各辦事處照樣發表。如貴社不允照辦，則當依法控訴，要求賠償名譽損失二百萬元美金（以華僑一千三百萬及台灣八百五十萬人計，本應超過此數，姑從寬以二百萬元計算）。楨得此款後，除訴訟必需費用外，餘款四分之三將歸還美國政府，其餘四分之一則捐由在美僑胞，共同組織基金保管委員會，作為救濟流亡中國知識青年之用，楨絕不取分文。此函並限於本月25日以前答複。否則即進行法律手續，此致
中央社紐約辦事處（“中華民國”駐紐約“總領事館”轉交）
吳國楨啟？三月二十日
吳國楨這種一個人對一個集團的大纏鬥，就這樣一波又一波地展開著。最後，吳國楨拿出撒手鐧，他說你們逼我，我可真要舉出實證來了。於是，他亮了一手，公布了一點國民黨黨中央要他作惡的手跡與密件，像一顆原子彈似的，從天空上丟了下來。這下子蔣介石寒了，知道婁子給捅大了，原來吳國楨手裏藏有秘密武器，吳國楨是惹不起的。於是台北方麵一聲令下，全部撻伐一夕停止，宋美齡秘密趕赴美國見吳國楨，費盡了口舌，才擺平了吳國楨事件。最後，吳國楨的兒子也被準許離開台灣了。
蔣介石整不了吳國楨，無奈之餘，隻好央胡適出麵，跟吳國楨做另一層次的論辯。於是吳國楨和胡適在美國打開了筆仗。8月3日，胡適給吳國楨信，頗多曲學阿世之筆，其中為蔣介石做打手的痕跡已極明顯。以胡適的職位，他從何看得到“二百六十九件判決書”？又從何看得到吳國楨的“親筆簽名”？這當然是國民黨提供材料的！以胡適對國民黨組織的了解，他當然知道吳國楨對安全係統的力量是有限的、是掛名的、是畫行的，當時“台灣省政府主席”兼“台灣保安司令部司令”，隻是名為“司令”，實權絕不在“主席”手中，胡適明明知道，又何能苛責於吳國楨？說吳國楨是“一個道義的懦夫”。這對吳國楨是不公平的，因為跟蔣介石走的、做官的，又有哪一個不是“道義的懦夫”？不是這種“懦夫”，又何來高官可做？胡適如此倒因為果，殷海光就責問過胡適，說吳國楨說的，都是真話，都是我們想說的話，為什麼胡先生要如此為國民黨護航？殷海光說，胡適晚年變成一個大鄉願，至少在吳國楨事件上，胡適真的是鄉願。
吳國楨是高級知識分子，跟著蔣介石下麵做官，進入國民黨權力核心，扶同為惡，同流合汙，壞事自然有份。當他已經不在其位後，開始窩裏反，反得實在有心機，我們可以視他有“贖罪”心態。蔣介石及其國民黨低估了窩裏反的人對它的傷害。吳國楨雖未被打倒，但形同放逐，蔣介石多少還是有點收獲，為兒子經國除去了一個心腹之患。