“老鄭”叛變 “一號”暴露
1949年7月中旬，台北、基隆的大學生中流傳一份《光明日報》，國民黨省主席陳誠決定徹查此事。不久4名大學生被拘捕，他們供出了《光明日報》來源於基隆中學校長鍾浩東。8月15日，鍾浩東被捕，他除了承認自己是中共台灣省工委副書記、基隆市工委書記外，沒有透露更多有價值的情報。但他偶然失言提及的“老鄭怎麼樣了？”，引起了國民黨當局的注意。鍾浩東至死沒說出老鄭是誰。10月31日，中共高雄市工委書記陳澤民因叛徒出賣被捕，保密局特務發現陳澤民的筆記本上也有“老鄭”字樣，並從他口中套得了相關地址：台北市泉州街26號。特務們認為這個“老鄭”肯定是個大人物，便在附近晝伏夜出守了兩個多月，試圖抓獲“老鄭”。
12月，台灣當局建立“國防部總政治部”，由蔣經國出任主任，對軍隊和保安機構實施特務控製。在這個機構的策劃下，國民黨軍警對中共地下黨組織展開有效破壞。從1950年1月起，軍警相繼逮捕殺害多名地下黨員。
此時中國大陸已經解放，人民解放軍加緊攻台準備。國民黨特務也在台灣加緊了對共產黨的偵緝力度，他們從各種線索及郵檢動態中追查共產黨活動蹤跡，很快台灣至舟山的秘密交通線暴露。
1950年1月1日深夜，“老鄭”被保密局特務在台北泉州街26號逮捕。保密局偵防組組長穀正文不知道，“老鄭”就是台灣地下黨最高負責人蔡孝幹，但從他的筆記本上查到了“吳次長”字樣。“老鄭”落網最初幾天，保密局特務對他進行了一連串偵訊，但是，“老鄭”畢竟是久經沙場的老革命，對特務的問話，總是不著邊際地兜著圈子，保密局偵防組組長穀正文似乎胸有成竹，暫不急於逼問過甚。
1月初的某一天，穀正文臨時接到保密局高雄站站主任黃昭明的電話，請他協助到高雄布置一個大搜捕行動。穀正文把審訊“老鄭”的任務，移交給手下的特務牛樹坤等人。為了籠絡“老鄭”，臨走之前，穀正文特意交代牛樹坤，“老鄭”有什麼要求盡量滿足他。穀正文走後，“老鄭”說想吃牛排，特務們隻得滿足他。他假裝報答特務們，說他認識一個姓施的聯絡人，要帶特務們去抓。
1月6日夜晚，牛樹坤、張西林這幾個特務急功近利，帶著“老鄭”前往台北市武昌街，指認施姓聯絡人的住家。一夥人沿著武昌街櫛比鱗次的木材行，逐一找尋老鄭聲稱的施姓聯絡人住處，走到一處黑暗的轉角，老鄭冷不防竄進一家黑漆漆的木材行，牛樹坤等人趕忙衝進去追捕，“老鄭”早已在暗夜中逃得無影無蹤。
“老鄭”逃走了，保密局局長毛人鳳怪罪穀正文，穀正文隻得四處布網加緊抓捕。
而此時，朱諶之在台灣的使命已經完成，正準備動身離台經香港返回上海與家人團聚。1月14日，她托朋友帶信給上海的家人，信中隻有七個字“鳳（朱原名桂鳳）將於月內返裏。”蔡孝幹逃出來後，立即設法通知朱諶之“快走！”。接到蔡孝幹送來的消息後，她立即將情況報告給了吳石。
過了一段時間，保密局特務偵悉，有一名住在台北中山市場的老台共，名叫黃天，“老鄭”脫逃之後，起初一直帶著他的小姨子棲身在黃天家裏。保密局特務得知情報，立即趕赴黃家抓人，“老鄭”警覺到台北不宜久住，已早一步搬走，特務等候埋伏在黃天住處數日，沒抓到“老鄭”，卻抓到了黃天。一陣刑訊毒打，黃天被特務施以各式酷刑，嘴巴、鼻孔、眼角噴出了鮮血，頭發也滲出血水，不斷沿著額頭汩汩冒出，黃天挨不住酷刑逼供，在陣陣哀號之中，終於招出了“老鄭”的落腳處。保密局特務張清杉隨即喬裝成農夫模樣，直奔嘉義糞箕湖（今改名奮起湖）林姓醫師家。1月29日，在鄉間小路上與“老鄭”相遇，隨即老鄭第二次被捕。
第二次被捕一周後，“老鄭”蔡孝幹即在敵人的威逼利誘之下徹底變節。經不起再三刑訊逼供，自知大勢已去的蔡孝幹，隻好向保密局特務坦承終他的真正底細，並供出地下黨在台灣的全部組織。據龔德柏《蔣介石黑獄親曆記》披露，蔡孝幹是“台共四大金剛”中最無用無誌之人，關在南所時，他就曾大呼與他有染的姨妹馬文娟的名字。審他的國民黨特務穀正文抓住他的這一弱點，立即將馬文娟送到蔡的房中供他尋歡作樂。馬文娟在國民黨特務的操縱下，蔡孝幹又在馬文娟的操縱下，最終導致蔡孝幹投降叛變。
蔡孝幹叛變後，先後供出了分布島內各地的地下黨員名單。據不完全統計，蔡孝幹投靠國民黨後，共有400多人被依“匪諜”罪名被抓捕，造成中共台灣省工委會成立以來的毀滅性打擊，組織幾乎全部瓦解。
1950年2月2日，朱諶之的身份暴露。吳石馬上意識到問題的嚴重性，采取緊急措施想幫她離開台灣。此時前往香港、上海的海上和空中航線都被封鎖。吳石本人雖已處於極度危險之中，仍然冒死為朱諶之簽發特別通行證，並派聶曦上校將證件送至她的手中。2月4日，朱諶之在吳石的協助下，搭乘軍運飛機來到當時尚沒解放的舟山，想從舟山再設法回到上海。然而，此時的舟山已經戰雲籠罩，崗哨林立，特務密布。朱到達之後，裝病住進了沈家門私立存濟醫院，想以此等待機會。