自古以來，少數民族對抗朝廷有個顯著特點，那就是大兵一至就逃，逃不掉就降。中原統治者為了收買人心，往往衝破寨子後安撫一番便撤兵而去，而大軍一走，他們故態重萌，不久又起來造反，朝廷無奈，隻得再次征剿。如此反複幾遭之後，朝廷雖取得了勝利，但大軍來來去去，損耗著實不小。雲南貴州的土司也是如此。雍正四年(1726年)四月，鄂爾泰下令對向官兵挑釁的廣順州長寨用兵，並親到長寨巡查指揮，臨機決斷。鄂爾泰對長寨的用兵是雍正朝大規模改土歸流的開端。長寨地區的土司十分凶惡，官兵進攻，土司挾眾抵抗。官兵攻入長寨，焚燒了他們的寨巢，但首逆逃走。鄂爾泰命總兵石禮哈揮兵挺進，對抵抗的土司大小首領盡行斬殺，大獲全勝。隨後鄂爾泰便在這裏設立保甲，鞏固奪得之地，設立長寨廳(今長順縣)，以此地為據點向四外擴展，招服了永寧、永安、安順生苗（所謂生苗，相對於熟苗而言。當時漢人將較開化、掌握了農業技術或較靠近漢人居住區的苗民稱熟苗，而生苗則指那些由於居住偏遠、尚處於文明入口處的苗民。他們不一定是苗族，也包括其他不為漢人熟知的少數民族）1398座村寨，廣順、定番、鎮寧生苗680餘寨。
鄂爾泰接著集中兵力，向黔東苗嶺山脈和清江、都江流域進兵。這一帶，俗稱苗疆，其四周3000餘裏，有寨1300餘座。左有清江可達於楚，右有都江可通於粵，左州（現左縣）據其中央，群寨環於四周，地勢險峻而重要。此地是生苗會聚之處，盛行蠱術、巫術和毒藥，他們所用的武器均染劇毒，以蛇毒最為普遍，也有蜈蚣毒、蠍毒等，殺傷力很大。在苗民中，最為神秘的則要數蠱術，據說這是一種將毒術和巫術結合起來的殺人辦法，漢人稱之為"降頭術"。當時的漢人，最怕的就是生苗。鄂爾泰在描述苗疆情況時說："貴州土司向無鉗束群苗之責，苗患甚於土司。"
可是這一地區的安定對於鞏固清政府在西南的統治與溝通南北交通都有重要意義，為了開江路通黔粵，必須對此地生苗用兵進剿。進剿生苗可以說十分艱險，再加上地勢險峻，就更需要係統專業的作戰技術，鄂爾泰為此製定了"清理黔東南土民問題，重點在都勻府，其次是黎平府，複次為鎮遠"的方針。
鄂爾泰向雍正帝推薦了張廣泗，張廣泗原為黎平知府，不但熟悉貴州地形，而且對苗民的習慣特性也知之甚詳，雍正帝用張廣泗為貴州按察使。張廣泗率兵深入黎平府古州地區的古州江流域、都勻府丹江地區小丹江流域和八寨等地區，以武力討平了抵抗清軍的苗寨，隨後一麵招撫，一麵用兵，在黎平府設古州鎮，在都勻府八寨、丹江、鎮遠府之清水江設協營。待這些地區穩定以後，他又開辟了通向湘南、廣樂的水陸交通，在這些地方設置官廳，派出同知，辦理民政，並在各地設關駐兵。
雲南的土司勢力也很大，特別是烏蒙、東川、鎮雄三土府，土司統治地域十分遼闊。康熙三十一年（1692年），康熙帝也曾對東川府改土歸流，然而土司勢力分毫未損，流官上任有名無實，改土毫無成效。雍正四年（1726年），鄂爾泰奏請東川歸滇，標示著三土府歸流的開始。雍正帝批準後，鄂爾泰派劉起元屯兵東川，將巧家等六營地方，統統劃歸流官管轄。一切土目，盡行更撤。
同年冬天，鄂爾泰因烏蒙土知府祿萬鍾攻掠東川府，鎮雄土知府隴慶侯助紂為虐，遂命遊擊哈元生率軍討伐，在四川軍隊配合下，哈元生大獲全勝，於是在其地改設烏蒙府(後改稱昭通府)和鍍雄州(今鎮雄縣)。雍正帝為獎勵哈元生，命鄂爾泰以副將或參將提用。後來哈元生在多處立功，幾年間升至雲南提督。
隨後，改土歸流進入滇南的鎮沅，鎮沅是傣族居住區，這裏的土知府刀瀚、沾益土知州安於蕃是一夥"勢重地廣"的"積惡土官"，鄂爾泰發兵擒拿了刀瀚、安於蕃，在其轄地分設鎮沅州(今鎮沅縣)、沾益州(今沾益縣)。
雍正五年(1727年)，廣西泗城土知府岑映宸自恃力量較強，聚兵四千，耀武於南盤江以北地區，企圖對抗改土。當他聽到烏蒙改土歸流的消息後遂撤兵斂跡。鄂爾泰巡察到貴州南部安籠鎮，準備對他進剿，岑映宸乞降，鄂爾泰於是把南盤江以北劃歸貴州省，設立永豐州(後改稱貞豐州，今貞豐布依族苗族自治縣)，又改泗城為府(治所為今淩雲縣)。這時梧州、柳州、慶遠等地土民，為反對土舍的酷虐，"爭備糧請兵"，極大地推動了廣西改土歸流政策的推行。四川涼山是彝民集居的地區，寧遠、峨邊、馬邊、雷波等處山巒連綿，彝民在此勞動、生息。而彝民深受土司的迫害，好田好土為土官、土司占有，彝民多被逼居深山僻穀中居住，生活悲慘，類於野獸。清政府在雲貴地區推行改土歸流，也派兵深入彝民區，在沙馬、雷波、吞都、黃螂而達建昌這廣袤千餘裏的地區，建置營汛、革除土司、派駐流官，普遍設置府廳州縣製。