雍正帝即位之初，青海、西藏邊疆一些部落野心家曾一度進犯內地。起初，為了鞏固帝位，雍正帝一時無暇顧及。在帝位穩固後，雍正帝當機立斷，立刻出兵，打擊了這些利益所得者，平定了叛亂。在一係列的軍事行動中，雍正帝運籌帷幄，積極進取，敢於麵對挑戰，穩定了邊疆。在平定叛亂後，雍正帝對當地的政治、經濟、文化等進行了大刀闊斧式的改革，加強了中央政府對這些地區的控製，整飭了少數民族內務，發展了當地農業。這也體現了雍正帝治理國家政務的果斷。
平青海區，整和碩特
通過少數民族首領控製那些邊遠地區，這種方式通行於唐、宋、明曆代。在控製西部和北部地區時，漢族統治者一向以羈縻州縣的措施為要點，一般不主張武力占領。然而經過長時期的發展，由於武力牽製的相對不足，對這些地區缺乏製約力，一旦少數民族首領犯上作亂，統治者往往無法控製局麵，最終形成戰亂。因此，這種羈縻措施已經逐漸落後於形勢，不符合多民族統一國家的形成和穩定，成為民族大融合過程中的消極因素。
明末，在我國西部、西北部的厄魯特蒙古四大部落中，準噶爾部是最為爭強好戰的部落，居住於青海的和碩特部次之。康熙年間，準噶爾汗噶爾丹作亂，不服從清朝管製，康熙帝曾三征噶爾丹，平定了叛亂。噶爾丹作亂時，其侄策妄阿拉布坦與舊臣七人亡命吐魯番，向清朝求援，康熙帝曾庇護過他。噶爾丹兵敗後，策妄阿拉布坦返回伊犁，繼承了汗位，並向清朝稱臣。因策妄阿拉布坦稱臣，又因西北曠遠，康熙帝便撤回西征軍隊。策妄阿拉布坦趁機兼並擄掠弱小，恢複元氣，又成了一個大部落，不久又吞並西域四部，自立為汗。
飛揚跋扈的策妄阿拉布坦此時已對清朝形成了巨大的威脅，因而康熙帝在兩次派遣使臣勸解無效的情況下，命十四皇子允為撫遠大將軍視師青海，平定了策妄阿拉布坦之亂。策妄阿拉布坦兵敗，原西藏地區的固始汗之孫羅卜藏丹津又因隨清軍討叛立功而得以強盛起來。其父達什巴圖曾被康熙帝封為親王。
羅卜藏丹津於康熙五十三年(1714年)承襲和碩親王爵，他雖然是青海和碩特蒙古貴族中惟一的親王，爵高位崇，但他不滿足於僅僅管領青海一地，還想充當藏王，統治西藏，但清政府派兵入藏平定了準噶爾之亂後，青藏等地的形勢比較穩定，羅卜藏丹津暫時不敢輕舉妄動。康熙六十一年（1722年）十一月，康熙帝去世，雍正帝即位，鎮守西寧的撫遠大將軍允回京奔喪，羅卜藏丹津認為有機可乘，"遣人到側亡（指策妄阿拉布坦）家，約伊發兵，同擾內地"，策妄阿拉布坦不敢貿然出兵助亂，卻慫恿、支持羅卜藏丹津叛清。
雍正元年（1723年）夏天，羅卜藏丹津脅迫青海諸台吉（明末清初玉樹地區各部頭人為青海蒙古和碩特部，贈爵為諸台吉）會盟察罕托羅海，"令各仍故號，不得複稱王、貝勒、公等爵"，並自稱達賴渾台吉，企圖統馭諸部台吉，公開發動了武裝叛亂。由於和碩特另一親王察罕丹津、郡王額爾德尼額爾克托克托鼐等人堅決不從，羅卜藏丹津遂派兵大舉進攻，察罕丹津等人"倉卒不能抗"，逃往甘肅河州地區，雍正帝詔許其部眾入邊，予以安置。
針對羅卜藏丹津的叛亂，雍正帝作了兩手布置。一方麵派駐在西寧的侍郎常壽去羅卜藏丹津駐地沙拉圖，宣布諭旨，令其"罷兵和睦"，"不從則懲治之"。另一方麵，命川陝總督年羹堯辦理平叛軍務，準備用兵。
侍郎常壽至沙拉圖，宣布了雍正帝旨意，說明若諸台吉不懸崖勒馬，將舉大兵來討伐。可是羅卜藏丹津早已認定了此刻是失不再來的良機，複興乃祖事業的欲望和初戰的勝利早已衝昏了他的頭腦，他表麵上聲稱聽從勸告，而以親王察罕丹津、郡王額爾德尼額爾克托克托鼐謀據唐古特，諸台吉不服詭稱，騙取常壽信任，將他誘至察罕托羅海，囚禁為質。
扣留常壽後，羅卜藏丹津愈益猖獗，於雍正元年十月（1723年11月）對西寧府周圍的南川申中堡、西川鎮海堡與北川新城等地發動了大規模進攻。年羹堯上奏折給雍正帝，彙報西寧附近的情況時說："其圍南川、西川、北川也，每處有賊二三千人，以勢驅逐附近番子，攻城放火，燒毀民間積聚草穀，搶掠財物，其未受蹂躪者，西寧城外十餘裏耳。"可見西寧的周圍已遍地燃起叛亂的戰火。與此同時，羅卜藏丹津還勾結西寧附近塔爾寺大喇嘛察罕諾門汗等人，察罕諾門汗在青海是個"番夷信響"的宗教領袖，深得眾人信仰。他參與叛亂，叛軍一時勢力大增，"遠近風靡，遊牧番子、喇嘛等二十餘萬，同時騷動。"接著，郭隆寺、郭莽寺等寺院也相繼參加叛亂。"西寧數百裏之內，一切有名寺院喇嘛皆披甲執械，率其佃戶僧俗人等，攻城打仗，搶擄焚燒，無所不至。"甘肅、西藏等地的藏人也紛紛附從為亂。羅卜藏丹津猖獗萬分，遂派兵進攻西寧。
雍正帝鑒於羅卜藏丹津不聽勸告，舉兵反叛，決定調集兩寧、鬆潘、甘州等處清軍，平定叛亂。雍正元年十月初，命由甘州進駐西寧的川陝總督年羹堯為撫遠大將軍，負責組織指揮平叛事宜。諭令西北的平逆將軍延信，防邊理餉諸大臣，四川、陝西、雲南三省督撫提鎮，俱聽候年的調動，以統一行動。又任命四川提督嶽鍾琪為奮威將軍，參讚軍務。