軍機處的第三個工作是為皇上管理文書檔案。官員的奏折，皇帝親自閱覽後，無論有朱批的還是沒有朱批的，都交給軍機處抄成副本，加以保存。雍正帝很重視軍機處文書檔案的管理工作，在軍機處內設立了清檔房、漢檔房，以分別管理滿、漢文的檔案。凡檔房收存的檔案都要逐件進行登記，名為"隨手登記檔"。凡經過皇帝朱批的奏折，由軍機大臣奏請另外繕寫一份，以備闕失；未經朱批的，以原折存案，每半月一包，按年月日順序歸檔。同時，軍機處還建立了定期清查軍機處檔案的製度，每次清查都建立有檔案清冊，並有折片數目、檔冊篇頁數目及清查檔案的記錄等。這種記錄工作全由軍機章京執筆，十分辛苦，他們所幹的工作頗類似於各部院吏員的活計。雍正帝之所以會這樣做，一是為了保存各種檔案，二是為了便於將來查尋各種資料。
軍機處官員的工作責任看似十分重大，其實沒有任何實權。在當時，所謂的"軍機處"實際上完全是雍正帝處理軍務的一個秘書班子。這個秘書班子的職責本來是由內閣、議政大臣完成的，雍正帝現在繞開了內閣和議政大臣，這樣，實際上就削弱、剝奪了內閣和議政大臣的權力。
惟賢與信，不問出身
雍正帝對軍機大臣的挑選標準與清朝末年的挑選標準根本不同。清末的軍機大臣地位顯赫，實為國家首相，握有軍政實權，如恭親王奕為軍機大臣最久，是清末權勢極重的首腦人物。而雍正朝的軍機大臣，所辦事務雖很重要，但本人卻無實際權力，僅僅是雍正帝的輔佐和推行集權統治的工具。
我們首先來看一下軍機處人員的具體情況---雍正帝曾先後任命怡親王允祥，大學士張廷玉、蔣廷錫、鄂爾泰、馬爾賽，平郡王福彭，貴州提督哈元生，領侍衛內大臣馬蘭泰，兵部尚書性桂，內閣學士雙喜，理藩院侍郎班第，鑾儀使訥親，都統莽鵠立、豐盛額等為軍機大臣。又先後任命內閣侍讀學士舒赫德、蔣炳，兵部主事常鈞，庶吉士鄂容安，內閣中書柴潮生，翰林院張若靄等人為軍機章京。在軍機處人員中，允祥、張廷玉、蔣廷錫與雍正帝的關係就不必說了。
雍正朝的軍機處有一個規定，即不用親王入軍機，直至乾隆朝仍遵守這一成例。但惟獨怡親王允祥破例。在軍機處成立之初，允祥就被任為首席軍機大臣，雍正帝之所以任用他，是由允祥的性格決定的。
雍正帝即位後，一方麵打擊政敵，一方麵加緊培植發展自己的勢力。要培植自己的勢力，最好是在兄弟輩中找幾個對自己真心實意的阿哥。阿哥是皇子龍孫，所處的地位是其他大臣所無法比擬的，關鍵在於是否真心實意支持皇上。無奈境況淒涼，八阿哥、九阿哥、十阿哥、十四阿哥等都是雍正帝的政敵，隻有十三阿哥胤祥與之相交最厚。在爭奪皇位這場沒有硝煙的生死搏鬥中，胤祥始終堅定地站在四阿哥胤禛這邊，暗中幫助胤禛跟原太子黨、阿哥黨等政敵作殊死鬥爭。為此，他失寵於父皇，削爵圈禁，直到父皇去世前一直都生活在灰暗和痛苦之中。雍正帝上台之後，雲開日出，他被封為和碩怡親王，成為總理事務四大臣之一，最為皇兄雍正帝信賴。
雍正元年（1723年），雍正帝又將總理戶部的大權交給他，並讓他主管錢糧奏銷的會考府事務。對於封建國家來說，掌管錢糧就是掌管實權。允祥沒有辜負皇兄期望，操縱財政大權，參與軍國大事，事事辦得井井有條。雍正七年（1729年），軍機處一成立，雍正帝就讓他充任首席軍機大臣。允祥的首要任務是為雍正帝傳旨，他以親王的身份替皇帝向百官傳達諭旨，這項任務極其重要，但歸根結底不過是個傳聲筒罷了。
在軍機處時間最久的軍機大臣要數張廷玉。他的性格和允祥的性格極為相似，他也是典型的隻為雍正帝操勞具體事務，並無決策和施政大權。張廷玉是安徽桐城人，字衡臣，大學士張英的兒子。康熙三十九年（1700年）中進士，康熙末年任吏部侍郎兼翰林學士，雍正帝即位後，他先後做過禮部尚書、戶部尚書、文淵閣大學士、保和殿大學士兼吏部尚書。雍正帝設立軍機處後，他與鄂爾泰同為軍機大臣，曾先後纂《康熙帝》、《雍正帝實錄》，並充《明史》、國史館、《清會典》等總裁。