努爾哈赤因負傷血流不止，幾次昏迷，隻得棄城而回。
努爾哈赤傷勢恢複，又率兵去攻打翁科洛城。城陷後，俘獲鄂爾果尼和洛科。
眾將把鄂爾果尼和洛科綁縛，讓他們跪在努爾哈赤麵前，請求施以亂箭穿胸的酷刑，以雪翁科洛城之恨。然而，努爾哈赤說：兩敵交鋒，誌在取勝。彼為其主乃射我，今為我用，不又為我射敵耶！如此勇敢之人，若臨陣死於鋒鏑，猶將惜之，奈何以射我故而殺之乎！努爾哈赤沒有殺掉鄂爾果尼和洛科，親自給他們釋縛，並授為牛錄額真，加以厚養。努爾哈赤不計私怨、寬宏大度的胸懷，深深地感動了諸將，加強了其統治集團內部的團結，也加快了他統一建州女真的步伐。
努爾哈赤起兵後，東西征戰，南北突馳，統一女真族的事業一步步地取得進展。他繼對蘇克素滸河部、董鄂部獲取重大勝利後，又兵指哲陳部，在統一建州女真的道路上策馬奔馳。
萬曆十三年（1585），伐哲陳部。哲陳部分布於渾河上遊流域，是蘇克素滸部的左鄰。這年二月，努爾哈赤率披甲之士二十五人、士卒五十人攻哲陳部界凡寨。由於敵人預知有備，一無所獲。當回軍至界凡南的太蘭崗時，薩爾滸、界凡、東佳和巴爾達四城之主，聯合起來出兵四百餘追襲。界凡城主訥申、巴穆尼疾馳逼近，努爾哈赤單騎撥馬迎敵。訥申策騎猛撲，砍斷努爾哈赤馬鞭，努爾哈赤撥轉馬頭，奮力揮刀，將訥申後背砍為兩段；又轉身回射，巴穆尼中箭落馬斃命，追兵也因之驚怯呆立。
努爾哈赤見敵眾己寡，乘敵驚惶失措之間，一麵指揮步騎退卻，一麵駐馬訥申屍旁。訥申部眾呼叫道：“人已死，何不去？欲食其肉耶！汝回，我輩，欲收主屍。”努爾哈赤答道：“訥申係我仇[人]，幸得殺之，肉亦可食！”言畢，他做殿後，緩騎退卻。努爾哈赤率七人如伏，將身體隱蔽，僅“露其盔，似伏兵”。
敵軍喪其首領，又害怕有伏兵，邊喊邊退。努爾哈赤引兵徐返，敵兵不敢再追。
同年四月，努爾哈赤率馬步兵五百人前去征討哲陳部。因途中遇大水，他令步騎回軍，隻留綿甲五十人、鐵甲三十人，共八十人繼進。到深河畔時，因嘉哈
的蘇枯賴虎潛報消息，於是托漠河、章甲、巴爾達、薩爾滸、界凡五城主，急集兵八百餘人憑渾河、抵南山、陳界凡駐兵以待。敵人的兵力，十倍於己，以逸待勞，其勢洶洶，十分險惡。他的部屬、五叔祖包朗阿之孫紮親和桑古裏，見敵兵眾多，勢焰高漲，嚇得解下身上甲胄，交給別人，準備逃跑。努爾哈赤怒喝道：
“汝等平昔在家，每自稱雄於族中，今見敵兵何故心怯解甲與人？”說完，他親自執纛，率弟穆爾哈齊和近侍顏布祿、兀淩噶，一共隻有四人，往前衝擊，奮勇彎射，殺二十餘人。敵兵驚惶陣亂，涉河逃遁。
經過一陣廝殺，努爾哈赤汗流浹背，氣喘不已。他用手斷扣，卸甲稍憩。旋又著胄縱騎疾追，斬殺四十五人。馳至界凡險隘吉林崖，登崖遙望敵兵十五人向這邊奔來。努爾哈赤取下盔纓，隱身待敵。等敵人逼近時，他先傾力射出一箭，敵中為首一人中箭，穿脊而死。穆爾哈齊繼發一箭，又射死一人。餘敵頓時大亂，逃至山崖，墜崖而死。努爾哈赤全勝回師。
兩軍相逢勇者勝。勇敢，是戰勝強敵的一個法寶，是努爾哈赤的重要品質，也是他攻取渾河之役勝利的基本原因。渾河之役，努爾哈赤發揮勇敢與機智的品質，運用伏擊與獵射的戰法，創造了女真戰爭史上以少勝多的奇跡。他在總結此次戰役時說：“今日之戰，以四人而敗八百之眾，此天助我以勝之也！”這為渾河之役不僅染上了誇張的筆墨，而且塗上了神秘的色彩。
兩年以後，努爾哈赤派額亦都率兵再征哲陳部巴爾達城。額亦都奪取巴爾達城之戰，打得非常勇敢、頑強、激烈、精彩。
盡管努爾哈赤先後統一蘇克素滸河部、董鄂部和哲陳部，但起兵已經三年，仇人尼堪外蘭還沒有擒獲，埋藏在心底的隱恨並沒有消除。一股複仇的烈火在他胸中燃燒著。擒斬尼堪外蘭，洗雪父祖之仇，成為努爾哈赤下一個奮鬥目標。
萬曆十四年（1586）七月，努爾哈赤率兵征取尼堪外蘭駐地鵝爾渾城。先是，萬曆十一年（1583）五月，努爾哈赤攻克圖倫城時，尼堪外蘭逃往甲板城。同年秋，尼堪外蘭又攜妻子、近屬及部眾等，從甲板徙至鵝爾渾，並築城駐居。鵝爾渾城在渾河北岸，屬渾河部，離明朝邊境比圖倫還近，易受明軍庇護。鵝爾渾城近明邊牆，西通撫順。努爾哈赤心急如焚，星夜兼馳，率兵往攻鵝爾渾城。努爾哈赤兵到徑攻，城攻陷後，由於尼堪外蘭外出而沒有索獲。努爾哈赤登城遙望，見城外逃跑的四十餘人中，為首一人頭戴氈帽，身穿青綿甲，疑為尼堪外蘭。他
下城縱驥，眼冒仇火，單騎直入，身陷重圍。他被亂矢中胸貫肩，受創三十餘處，依然奮死力戰，射死八人，斬殺一人。他在餘敵潰散後，返回鵝爾渾城。
回到鵝爾渾城之後，當努爾哈赤得知尼堪外蘭被明軍保護起來的消息時，憤怒得失去了理智。努爾哈赤因仇恨而失去理智，殺死城內十九名漢人，對捉住的六名中箭傷的漢人，把箭鏃重新插入傷口，讓他們帶箭去向明朝邊吏傳信，索要尼堪外蘭。明朝見努爾哈赤勢力日益強大，留著尼堪外蘭這個傀儡已成贅疣，就決定拋棄他。於是努爾哈赤派齋薩率四十人去索取尼堪外蘭。齋薩斬殺尼堪外蘭，向努爾哈赤跪獻他的首級。
努爾哈赤從攻尼堪外蘭、克圖倫城，開始了統一建州女真的戰爭。尼堪外蘭被斬首象征著他統一建州女真的戰爭，已經取得決定性的勝利。
萬曆十五年（1587）六月，他征哲陳，克山寨，獲寨主阿爾泰並斬之。第二年九月，他又克完顏（王甲）城，斬城主戴度墨爾根，滅完顏（王甲）部。這樣，努爾哈赤曆時五年，先後並取蘇克素滸河部、董鄂部、渾河部、哲陳部和完顏部，重新整合建州女真本部，到萬曆二十一年（1593），又先後攻占長白山三部——訥殷部、朱舍裏部和鴨綠江部。到此為止，明建州左衛都督僉事努爾哈赤，在十年之間，將蜂起稱雄的“各部環滿洲而居者，皆方削平”，使整個建州女真重又統一。
努爾哈赤在統一建州女真過程中，萬曆十六年（1588）有蘇完部長索爾果及子費英東、董鄂部長克轍巴顏之孫何和裏、雅爾古寨扈喇虎及子扈爾漢，各率其所屬軍民族眾至赫圖阿拉歸附。費英東、何和裏、扈爾漢後來同額亦都、安費揚古共為開國五大臣。
費英東，瓜爾佳氏，為蘇完部長索爾果次子。“瓜爾佳為滿洲著姓，而居蘇完者尤著”。蘇完部長索爾果有子十人，其族繁盛。費英東隨其父索爾果率五目戶，歸順努爾哈赤。努爾哈赤將長子褚英之女，與費英東為妻。史稱其“自少從征諸國，三十餘年。身先士卒，摧鋒陷陣，戰必勝，攻必克，屢奏膚功”。費英東在歸附努爾哈赤之後，赤誠忠耿，自厲直言，深得努爾哈赤的信任，並建立了殊勳。
何和裏，董鄂氏，以地為姓。其祖克轍巴顏、父額勒吉、兄屯珠魯世為部長。
萬曆十年（1582），何和裏代兄掌其部。何和裏所率領的部以強著稱，兵精馬壯。
歸附努爾哈赤後，努爾哈赤許其長女為妻。何和裏原有妻，長於騎射。其妻率故地兵馬，求同何和裏戰。經努爾哈赤諭和，其原妻始罷兵降附。何和裏後隨努爾哈赤征戰三十六年，溫順勇勤，戰績顯赫。
扈爾漢，佟佳氏，世居雅爾古寨。年十三，從其父扈喇虎歸附努爾哈赤。努爾哈赤十分喜愛扈爾漢，收為養子，賜姓愛新覺羅。稍長，努爾哈赤收其為侍衛，更加寵愛，扈爾漢“感上撫育恩，誓以戎行效死，每出戰，輒為先鋒”。扈爾漢忠心耿耿，內外效力，後列為五大臣之一。
努爾哈赤其時三十歲，諸子尚幼，賴額亦都、安費揚古、費英東、何和裏、扈爾漢等諸將，同甘共苦，為努爾哈赤效死命。自努爾哈赤起兵，僅五六年的時間，在努爾哈赤的內外發生了巨大變化：第一，克圖倫城，斬尼堪外蘭，洗雪了父祖被害之仇。第二，統一建州各部，加強了建州女真的軍事與政治、經濟與社會的實力。
第三，改善了與明朝之間的關係，明“歲輸銀八百兩、蟒緞十五匹，通和好焉”。
第四，明於撫順、清河、寬甸、璦陽四關口設市，以通商賈，易有無，加強了經濟實力。
總之，《清太祖武皇帝實錄》於努爾哈赤起兵五年後的建州女真社會，包括同明朝的關係，作了如下的記述：
太祖遂招徠各部，環滿洲而居者，皆為削平，國勢日盛。與大明通好，遣人朝貢，執五百道敕書，領年例賞物。本地所產有明珠、人參、黑狐、玄狐、紅狐、貂鼠、猞猁猻、虎、豹、海獺、水獺、青鼠、黃鼠等，以備國用。撫順、清河、寬甸、璦陽四處關口，互市交易，照例取賞，因此，滿洲民殷國富。
努爾哈赤在統一建州女真進程中，興基立業，鞏固權位，暗自發展，擴展勢力，目的是為做成兩件事情，這就是興建佛阿拉城和開始“自中稱王”。
萬曆十五年（1587）正月，努爾哈赤在蘇克素滸河部虎攔哈達下東南與碩裏隘口間的南崗上築城，這就是後來所謂的佛阿拉城。但習稱為舊老城。這是由於後金至清的都城，由第一個都城赫圖阿拉，一遷至東京遼陽，二遷至盛京沈陽，三遷至京師北京，所以習稱赫圖阿拉作“老城”，而稱佛阿拉（一作費阿拉）作“舊老城”。
佛阿拉，東依雞鳴山，南傍哈爾撒山，西偎煙筒山（虎攔哈達），北臨蘇克素滸河即蘇子河支流——加哈河與索爾科河，即二道河之間三角形河穀平原南緣的虎攔哈達上。其東、南、西三麵崖壁，僅西北一麵開展。東有首裏口即碩裏口河（今黃土崗子河），東北流入索爾科河；西北有二道河，流入加哈河。索爾科河與加哈河交彙後，流入蘇克素滸河。佛阿拉的位置，在赫圖阿拉西南約八裏處的虎攔哈達南崗上（今新賓永陵鎮二道河子村）。
努爾哈赤從其祖居地赫圖阿拉，遷到新築城佛阿拉，這是因為：第一，努爾哈赤基本統一建州後，開始出現以努爾哈赤及其弟舒爾哈齊為首的新的女真軍事貴族，其地位、等級、權勢、利益等，都發生了變化，需要興建與之相適應的城垣、堂子、樓宇、屋舍。因此，要選擇新的城址、按照新的等級、規劃新的格局、作出新的安排。
第二，努爾哈赤基本統一建州前，赫圖阿拉已為其諸祖、伯叔、昆弟和侄輩所安居多年，在此重新規劃房舍，勢必觸犯很多宗族利益，引發新的宗族矛盾。
如另選新址，重新規劃，則既不妨害原宗族的利益，又可以滿足新貴族的需要。
第三，努爾哈赤基本統一建州後，下一步便是同明廷和扈倫四部打交道，在彼強己弱的形勢下，需要選擇一個既便蔭蔽、又便出擊的新基地。
因而，從政治、軍事、宗族等方麵籌劃，興築佛阿拉城是努爾哈赤的一個重大決策。決策已定，就開始興築佛阿拉城。《清太祖武皇帝實錄》載：“丁亥年，太祖於首裏口、虎攔哈達下東南河二道——一名夾哈，一名首裏，夾河中一平山，築城三層，啟建樓台”。丁亥年，即萬曆十五年（1587）。《清太祖高皇帝實錄》
所載，與上述文字基本一致。但滿文《滿洲實錄》載述文字略異，“丁亥年，太祖淑勒貝勒於虎攔哈達下東南，碩裏隘口與加哈河兩界中之平岡，築城三層，興建衙門和樓台”。這裏的記載，同《清太祖實錄》相斟，不但聲明“碩裏口”為“碩裏隘口”，而且增記了“興建衙門”。此外，《清朝開國方略》將佛阿拉城興建的時間，係至“丁亥年，春正月”，較前引各書更為具體。
朝鮮南部主簿申忠一，於萬曆二十三年十二月（1596 年 1 月）奉命至“奴酋城”即佛阿拉。他在《申忠一書啟及圖錄》即《建州紀程圖記》中，對佛阿拉作了詳細的記述。佛阿拉城分為三重：第一重為柵城，以木柵圍築城垣，略呈圓形，似比金太祖阿骨打栽柳禁圍的“皇帝寨”更為謹嚴。柵城內為努爾哈赤行使
權力和住居之所。城中有神殿、鼓樓、客廳、樓宇和行廊等建築，樓宇高二層，上覆鴛鴦瓦，也有的蓋草，牆抹石灰，柱椽彩繪。第二重為內城，周圍二裏餘，城牆以木石雜築，有雉堞、望樓。內城中居民百餘戶，由努爾哈赤“親近族類居之”。在城東設有堂子。第三重為外城，周約十裏，城垣“先以石築，上數三尺許，次布椽木，又以石築，上數三尺，又布椽木，如是而終。高可十餘尺，內外皆以粘泥塗之。無雉堞、射台、隔台、壕子……外城門以木板為之，又無鎖鑰，門閉後，以木橫張”。外城門上設敵樓，蓋之以草。外城中居民三百餘戶，由努爾哈赤諸將及族屬居之。外城外居民四百餘戶，由軍人、工匠等居之。佛阿拉城居民總計約近千戶。
然而，作為努爾哈赤長達十六年治居之所的佛阿拉城，不能算作後金的第一個都城，而是建州女真的城堡，建州左衛的治城。
努爾哈赤在佛阿拉城“自中稱王”，建立王權。他在佛阿拉“稱王”，據記載是在萬曆十五年（1587）六月：“上始定國政，禁悖亂，戢盜賊，法製以立。”與此同時建立一支紀律嚴明的軍隊。努爾哈赤還製定初具規模的禮儀。如他出入柵城時，在城門設樂隊，吹打奏樂，以顯示威嚴。所以，費阿拉成為當時女真政治、經濟和軍事的中心。
努爾哈赤在柵城的客廳裏接見申忠一。從申忠一的記述中，可能夠窺見他“稱王”後生活細節的一斑。努爾哈赤長得“不肥不瘦，軀幹壯健，鼻直而大，麵鐵而長”。他頭戴貂皮帽，“上防耳掩，防上釘象毛如拳許。又以人造蓮花台，台上作人形，亦飾於象毛前”。脖子上圍著貂皮圍巾，身穿貂皮緣飾的五彩龍紋衣。
腰係金絲帶，佩蛻巾、刀子、礪石、獐角，足登鹿皮軌靴靴。他們男子都剃發，隻在腦後留發，分結兩條辮子垂下，口髭隻留十餘根，其餘都鑷去。在接見申忠一時，努爾哈赤坐在中廳的黑漆椅子上，諸將佩劍侍立。宴會時，大廳內外，吹洞簫，彈琵琶，爬柳箕，拍手唱歌，以助酒興。酒宴過幾巡，努爾哈赤高興地離開椅子，“自彈琵琶，聳動其身；舞罷，優人八名，各呈其才”。
宴會後，努爾哈赤將給朝鮮國王的回帖交與申忠一。回帖是由漢人龔正陸（女真名歪乃）所寫。
龔正陸，女真稱歪乃，浙江紹興人，安居遼東，被搶到費阿拉。努爾哈赤讓他管理文書，參與機密，教子讀書，稱為“師傅”。在朝鮮文獻中，與其有關資
料中稱：浙江紹興府會稽縣人龔正六，年少客於遼東，被搶在其處，有子姓群妾，家產致萬金。努爾哈赤號為師傅，方教努爾哈赤兒子書，而努爾哈赤極其厚待。
虜中識字者，隻有此人，而文理未盡通矣。漢族人龔正陸在費阿拉執掌文書，教授學生，參加議政，幹預機密，為女真統一事業和滿漢文化交流作出了貢獻。
龔正陸代努爾哈赤給朝鮮國王李瞼寫的回帖中稱，“我屢次學好，保守天朝九百五十於（餘）裏邊疆”，回帖後署“篆之以建州左衛之印”。
建州左衛指揮使努爾哈赤，起兵十年以後，兵力由“遺甲十三副”發展到一萬五千餘人，統一建州女真，在佛阿拉“稱王”。他的事業之所以蒸蒸日上，有兩方麵值得注意的原因：一方麵是自己策略的正確，另一方麵是李成梁策略的失誤。
逐步地壯大自己，一寨一部地吃掉敵人，這是努爾哈赤在統一建州女真時采取的內部策略。他善於把一切能夠利用、爭取、團結的力量，集聚到自己的周圍。
如前麵敘述的同諾米納、噶哈善等盟誓是一例。但對他們則區別對待——諾米納背盟通敵，就設計除掉；噶哈善忠誠效力，就結為姻親。又比如鄂爾果尼和洛科是另一例。對敵人營壘裏雖有箭鏃之仇而又放下武器的人，他不僅“宥其死贍養之”，而且封官信用。隨著自己力量的不斷壯大，便由近及遠，先弱後強，一寨一城，一族一部地並取建州各部。