1994年83歲
在中國工程院第一次院士大會上，被選聘為中國工程院院士。
《論地理科學》出版。
《城市學與山水城市》出版，1996年《城市學與山水城市》(第二版）出版。1999年，作為上述兩書的續集《山水城市與建築科學》出版。
《科學的藝術與藝術的科學》出版。
1995年84歲
獲何梁何利基金頒發的首屆(1994年度)“何梁何利基金優秀獎”（後改稱“何梁何利基金科學與技術成就獎”）。
1996年85歲
4月，在交通大學百年校慶之際，由江澤民總書記題寫館名，第一次以中國大陸境內健在科學家的名字命名的圖書館——錢學森圖書館在西安交通大學隆重舉行命名儀式。該圖書館坐落在西安交通大學的四大發明廣場。
《人體科學與現代科技發展縱橫觀》出版。
1998年87歲
被聘為解放軍總裝備部科學技術委員會高級顧問。
在中國科學院第九次院士大會和中國工程院第四次院士大會上，被授予“中國科學院資深院士”“中國工程院資深院士”稱號。
《論人體科學與現代科技》出版。
1999年88歲
獲中共中央、國搬、中央軍跋的“麵一星功勳獎章”
2000年89歲
《錢學森手稿》(1938~1955)出版。
2001年90歲
《論宏觀建築與微觀建築》出版。
《第六次產業革命通信集》出版。
《創建係統學》出版。
《錢學森手稿》榮獲第五屆國家圖書榮譽獎。
12月7日，獲霍英東獎金委員會頒發的第二屆“霍英東傑出獎”（中國地區)。
12月9日，專程從美國趕來的老朋友弗蘭克·馬勃教授，受加州理工學院院長D.巴爾的摩的委托頒發該校1979年就授予錢老的“傑出校友獎”
12月21日，由中國科學技術協會、中國科學院、中國工程院聯合舉辦“錢學森星”命名儀式。經國際小行星中心和國際小行星命名委員會審議批準，將中國科學院紫金山天文台發現的國際編號為3763號小行星，正式命名為“錢學森星”。
2002年91歲
杭州市園林文物保護局和杭州市上城區政府著手修繕方穀園2號錢學森舊居。
內蒙古沙產業草產業協會成立時，欣然接受協會“名譽顧問”的頭銜。這是錢學森晚年接受的兩個僅有社會職務之一，可見他對於沙產業、草產業的關注之情。
2003年92歲
10月16日，親筆寫下：“熱烈祝賀神舟五號發射成功，向新一代航天人致敬！”
2005年94歲
《智慧的鑰匙》出版。
10月，各方隆重紀念錢學森歸國50周年。
2006年95歲
《“導彈概論”手稿》出版。2009年《“導彈概論”手稿》(第二版）出版。
2007年96歲
《錢學森係統科學思想文庫》（四卷本）出版。
《“水動力學講義”手稿》出版。
《集大成得智慧》出版。
《物理力學講義》（新世紀版）出版。
《錢學森書信》（十卷本）出版。
2008年97歲
被美國《航空與空間技術》周刊評為2007年度人物。
被中央電視台評為“感動中國2007年度人物”。
《錢學森書信》榮獲首屆“中國出版政府獎”。該獎是中國出版界最高獎項。
《“火箭技術概論”手稿及講義》（兩卷本）出版。
《錢學森書信選》（兩卷本）出版。
2009年98歲
3月28日，在；)驚大學百年紀念講堂舉行的第三屆“世界因你而美麗響世界華A”上獲“終身成驗高榮譽大獎”。《錢學森建築科學思想探微》出版。
《錢學森論沙產業草產業林產業》出版。
9月10日，經全國“雙百”評選活動組委會評審組專家投票等程序，入選“新中國成立以來感動中國人物”100人。
10月31日上午8時6分，因病在北京去世，終年98歲。