在《光學》中，牛頓還總結了他的科學研究方法。在書的一開頭，他寫道：“在書中我的意圖不是用假說來解釋光的性質，而是用討論和實驗來敘述和證實它們。為此我先講下列定義和定理。”他又寫道：“我隻打算進一步寫出那些我認為是普遍適用的原則。這些敘述，對於非常聰明和有很好理解能力、但對光學缺乏經驗的讀者，作為入門是足夠的了。”可見，他對自然界普遍適用的原則的敘述，是建立在實驗的基礎之上進行討論的，而不是單純的依靠臆想的假說來解釋光的性質。13年以後，1717年在《光學》新版本中，牛頓又補充道：“這些原則我不認為帶有什麼神秘性，而是使萬物形成的自然法則。雖然人們還沒有發現真理的原因，但真理卻在用現象昭示人們。現象是客觀的，但是引起現象的原因顯得有點神秘。”這些敘述表明。牛頓在他的著作中所論述的不隻是光學方麵的具體知識，而是寫出了普遍適用的自然法則，這些法則的得到，是通過觀察客觀現象以認識真理。在《光學》的結束語中，牛頓還概述了進行科學研究的普遍方法，即分析和綜合的方法。牛頓的光學研究是他成功地應用分析和綜合方法的典範。
總之，牛頓是17世紀光學的集大成者。他在大量實驗的基礎上，做出了新的發現和創造。他的科學巨著《光學》一書，總結了17世紀以前光學的發展，論述了“迄今為止光學中談論過的一切”，也記述了他自己在光學方麵的創造性活動和卓越貢獻。該書於1717年、1721年、1730年連續再版。1931年第四版重印，愛因斯坦為該書寫了序言，高度評價了牛頓的科學活動及貢獻。愛因斯坦這樣寫道：
幸運啊牛頓，幸福啊科學的童年！誰要是有閑暇和寧靜來讀這本書，就會重新生活於偉大的牛頓在他青年時代所經曆的那些奇妙的事件當中。對於他，自然界是一本打開的書，一本他讀起來毫不費力的書。他用來使經驗材料變得有秩序的概念，仿佛是從經驗本身，從他那些像擺弄玩具似的而又親切地加以詳盡描述的美麗的實驗中，自動地湧溢出來一樣。他把實驗家、理論家、工匠和——並不是最不重要的——講解能手兼於一身。他在我們麵前顯得很堅強，有信心，而又孤獨；他的創造的樂趣和細致精密都顯現在每一個詞句和每一幅插圖之中。
反射，折射，透鏡成像，眼睛作用的方式，光的分解為各種顏色以及各種不同顏色的光再合成，反射望遠鏡的發明，顏色理論的最初基礎，虹霓的初步理論，都曆曆在目，而最後出現的，是作為下一步理論巨大進展的起源的他對於薄膜顏色的觀察，這一步要等一百多年以後由於托馬斯·楊（Thomas Young）的到來才得以實現。
牛頓的時代早已被淡忘了，他那一代人的充滿著疑慮的努力和痛苦遭遇已經從我們的視野中消失；很少一些偉大的思想家和藝術家的作品留下來了，這給我們以及我們的後代帶來了歡欣和高尚的情操。牛頓的各種發現已進入公認的知識寶庫；盡管如此，他的光學著作的這個新版本，還是應當受到我們懷著衷心感激的心情去歡迎，因為隻有這本書，才能使我們有幸看到這位無比人物本人的活動。