三個星期以後，12月30日，鄧小平才做出了明確的指示，他不讚成學生遊行。在一次中央領導人參加的會議上，他提出，要嚴格執行關於遊行示威的新規定，並主張將方勵之、劉賓雁和王若望開除出黨。（“他們狂妄到極點，想改變共產黨，他們有什麼資格當共產黨員？”）鄧小平再次對資產階級自由化提出了批判。他說：
反對資產階級自由化至少還要搞二十年。
民主隻能逐步地發展，不能搬用西方的那一套，要搬那一套，非亂不可。我們的社會主義建設，必須在安定團結的條件下有領導、有秩序地進行。我特別強調有理想、有紀律，就是這個道理。
如果搞資產階級自由化，就是再來一次折騰。
搞資產階級自由化，否定黨的領導，十億人民沒有凝聚的中心，黨也就喪失了戰鬥力，那樣的黨連個群眾團體也不如了，怎麼領導人民搞建設？
由於學生們被禁止在公開場所抗議示威，所以不管遊行隊伍走到哪兒，都會被警察包圍。隻要他們一發表演講，就會被武警以卡車或汽車送回校園。
1987年1月初，學生們放棄了他們煽動性的活動，沒有達到任何目的。到頭來他們的一些頭頭被逮捕審問或處罰。凡是上街參與遊行的學生都留下了心靈的痛苦。而且這樣的學生人數，遠比鄧小平所分析的要多得多。方勵之、劉賓雁和王若望按正常方式被開除了黨籍。方勵之離開了合肥，調到北京天文台一個技術部門工作。
在政治上，學生運動所造成的最大影響，是胡耀邦被迫下台。鄧小平和其他老一輩領導人批評胡對這次事件沒有采取得力措施，胡耀邦因此被迫在1月中旬的政治局擴大會議上提出自我批評，並自動辭去總書記一職。他在會上的談話全文並未對外公布，但根據另一份文件的記載，他在會上承認犯了一連串的錯誤。他被允許暫時保留政治局常委的身份。但他卻在會後不再公開露麵，也中斷和外國友人的聯絡。根據1989年的一項傳言，他搬出中南海的辦公住地，住到外麵的一棟四合院建築裏，大部分時間都在研究清史。趙紫陽獲選代理總書記，這可能是鄧小平提議的，也可能是鄧的支持。
胡耀邦的下台，完全破壞了鄧小平對他之後黨和政府人事的全盤安排。
自從1982年9月的十二大以來，國內外都一致認為，胡耀邦將一直擔任總書記，而鄧小平和他的那些年老領導同誌們將逐漸減少他們的政治活動。現在，鄧1985年6月軍委擴大會議期間，鄧小平接見各大軍區司令員、政委。軍委副主席楊尚昆一一向他介紹。鄧小平看到這些年富力強的同誌，高興地說：“好啊，年輕化了。”
小平必須再找個接班人，可是這次合適的人選並不多。
老一代的領導人年紀太大，而年青一代中，趙紫陽缺乏在黨中央工作的資曆，而且他和胡耀邦曾一起工作過，所以，他很可能得不到那些年邁領導人的信任。
當時擔任第一副總理的李鵬，年齡不到60歲，有很好的行政資曆，但他也缺乏黨務工作經驗。
鄧小平本人也經常向外賓談到經濟改革和政治改革這兩種改革的目的，以及它們彼此的關係。他的語氣充滿信心，好像他已經擺脫前年冬天的那場驚嚇，也沒有顯示出智力老化的跡象。相反，他在思想理論領域裏還獲得很多新的突破，是他在過去幾年當中所比不上的。他這時已經82歲，在接見外賓時，經常表現出怡然自得的神情，給很多外賓留下深刻印象。
他的談話主旨是：
改革一定不能縮水，也不能向後退。政治改革是必需的，目的在清除經濟改革的障礙；經濟改革也是非進行不可，如此才能加速開發中國的生產能力（生產力）；而開發國家生產力正是消除貧窮（這是社會主義的最終目標）的不二法門。在闡釋他的這一思想時，他沒有忘記攻擊資本主義。