光緒十年（1884年），由於中法戰爭的爆發，清政府需要添置武器，但迫於財政窘困，朝廷下令王公大臣出資讚助，榮祿隨即向朝廷報效了一筆錢，才蒙加恩開複處分。光緒十三年（1887年），榮祿再度被起用，清廷任命他為都統。一年後，充領侍衛內大臣、專操大臣等職務。或許是因慈禧對榮祿仍心懷芥蒂，或許是政敵的裁抑，雖曆經數年，榮祿始終沒能恢複以前的級別和地位。不僅如此，光緒十七年（1891年），榮祿還被遣離了清廷的權力中心北京，被遠遠打發到了西安，出任西安將軍。任內，他組建了一支由500人組成的來複槍營。榮祿自然不會甘心，他時刻夢想卷土重來。在陝西，榮祿結識了後來的北洋軍之一——甘軍領導人董福祥，當時董福祥正在甘肅提督任上，他曾跟隨左宗棠收複阿古柏侵占的領地，挫敗沙俄南下的陰謀，是晚清社會著名的軍事將領。兩人一見如故，並且結為兄弟。董福祥出身貧寒，為一介武夫，沒有讀過什麼書，一切均唯榮祿馬首是瞻。
光緒二十年（1894年），正值慈禧六十大壽，榮祿抓住這千載難逢的時機，帶著成箱的財寶，借為慈禧祝壽的機會，再次入京。憑著他與慈禧的“老關係”，再加之他的善於逢迎，他又一次贏得了慈禧的歡心。近20年的官場升沉的經曆，磨去了榮祿的鋒芒棱角，也使他懂得了一個再淺顯不過的道理：在光緒朝，要想保住已得的權位並獲得更高的權位，那就必須緊緊地依靠慈禧。為了獲得慈禧的眷顧，他在慈禧寵監李蓮英跟前花了大量的銀子，終於漸漸地改變了慈禧對他的印象，榮祿逐漸成為慈禧的親信大臣。
從西安將軍的任上回到了北京這個權力中心，任步軍統領，再次升任兵部尚書職。這裏麵的權力鬥爭又給榮祿上了生動的、難忘的一課。
榮祿與翁同龢二人本是拜把子的兄弟。光緒十七年（1891年），沈桂芬乞假歸家。沈桂芬當時在朝中頗負盛名，為榮祿所忌。正好山西巡撫出缺，榮祿乘機入見慈禧，力保沈桂芬授山西巡撫，其實是想將其排擠出中樞。命下之時，舉朝震驚。當時翁同龢就此事詢問榮祿，榮祿在“弟兄”麵前也未加提防，說：“吾言諸太後，遂有是命。”翁同龢很不高興，就去把此事告訴了另一軍機大臣李鴻章，李鴻章也十分氣憤，二人謀劃著報複。說來也巧，數日後，西安將軍出缺，李鴻章以眼還眼，“力保榮祿”，就這樣榮祿被任命為西安將軍。榮祿啞巴吃黃連——有苦說不出，自此對翁同龢懷恨在心。這為後來在戊戌維新的過程中翁同龢被革職埋下了伏筆。
不管怎麼說，榮祿是回來了。他這次卷土重來很快就確立了在太後黨集團中的核心地位，成為慈禧的左右臂，在其後的甲午中日戰爭、戊戌維新、庚子事變等曆次重大的曆史變動中扮演著極其重要的角色。
榮祿回京之時，當時中央由翁同龢因帝師而手握重權。而在地方李鴻章因為創辦洋務而權傾朝野，是最大的地方實力派。榮祿新來乍到，還沒有實力向他們的權威發起挑戰。但他認準了慈禧這棵大樹，死心塌地地為其效勞，他在等待著時機，隻要時機一到，他就會取而代之。
而甲午中日戰爭爆發為他提供了這種機遇。當強敵入侵之時，而腐朽透頂的清政府亂成一鍋粥，上下人各一心，各打各的算盤。清廷內部很早就有“南北派”之分。南派包括翁同龢、潘祖蔭、沈桂芬、王文韶等；北派有李鴻章、文祥、徐桐等。翁同龢、潘祖蔭為南派之領袖；李鴻章、徐桐為北派之領袖。“蓋太後袒北派，而皇帝袒南派也。當時之人，皆稱李黨翁黨，其後則竟名為後黨帝黨。”帝黨成員骨幹是清流派的一些人物，多為詞館清顯、台諫要角。他們自視清高，卻無權無勢，不是後黨的對手。後黨的成員則大都是京中的王公貴戚文武百官和京外的督撫藩臬，陣營整齊，實力強大。