嘉靖皇帝讀了海瑞上疏，十分憤怒，把上疏扔在地上，對左右說：“快把他逮起來，不要讓他跑掉。”宦官黃錦在旁邊說：“這個人向來有傻名。聽說他上疏時，自己知道冒犯該死，買了一個棺材，和妻子訣別，在朝廷聽候治罪，奴仆們也四處奔散沒有留下來的，是不會逃跑的。”皇帝聽了默默無言。過了一會又讀海瑞上疏，一天裏反複讀了多次，為上疏感到歎息，隻得把上疏留在宮中數月。曾說：“這個人可和比幹相比，但朕不是商紂王。”正遇上皇帝有病，心情悶鬱不高興，召來閣臣徐階議論禪讓帝位給皇太子的事，便說：“海瑞所說的都對。朕現在病了很長時間，怎能臨朝聽政。”又說：“朕確實不自謹，導致現在身體多病。如果朕能夠在便殿議政，豈能遭受這個人的責備辱罵呢？”遂逮捕海瑞關進詔獄，追究主使的人。不久移交給刑部，判處死刑。獄詞送上後，仍然留在宮中不發布。戶部有個司務叫何以尚的，揣摩皇帝沒有殺死海瑞的心意，上疏陳請將海瑞釋放。皇帝大怒，命錦衣衛杖責一百，關進詔獄，晝夜用刑審問。過了兩個月，嘉靖皇帝死，明穆宗繼位，海瑞和何以尚都被釋放出獄。
嘉靖皇帝剛死，外麵一般都不知道。提牢主事聽說了這個情況，認為海瑞不僅會釋放而且會被任用，就辦了酒菜來款待海瑞。海瑞自己懷疑應當是被押赴西市斬首，恣情吃喝，不管別的。主事因此附在他耳邊悄悄說：“皇帝已經死了，先生現在即將出獄受重用了。”海瑞說：“確實嗎？”隨即悲痛大哭，把剛才吃的東西全部吐了出來，暈倒在地，一夜哭聲不斷。被釋放出獄，官複原職，不久改任兵部。提拔為尚寶丞，調任大理。
隆慶元年，徐階被禦史齊康所彈劾，海瑞上言說：“徐階侍奉先帝，不能挽救於神仙土木工程的失誤，懼怕皇威保持祿位，實在也是有這樣的事。然而自從主持國政以來，憂勞國事，氣量寬寵能容人，有很多值得稱讚的地方。齊康如此心甘情願地充當飛鷹走狗，捕捉吞噬善類，其罪惡又超過了高拱。”人們讚成他的話。
經曆南京，北京左、右通政。隆慶三年夏天，以右金都禦史身份巡撫應天十府。屬吏害怕他的威嚴，貪官汙吏很多自動免去。有顯赫的權貴把門漆成紅色的，聽說海瑞來了，改漆成黑色的。宦官在江南監織造，因海瑞來減少了輿從。海瑞一心一意興利除害，請求整修吳淞江、白茆河，通流入海，百姓得到了興修水利的好處。海瑞早就憎恨大戶兼並土地，全力摧毀豪強勢力，安撫窮困百姓。貧苦百姓的土地有被富豪兼並的，大多奪回來交還原主。徐階罷相後在家中居住，海瑞追究徐家也不給予優待。推行政令氣勢猛烈，所屬官吏恐懼奉行不敢有誤，豪強甚至有的跑到其他地方去躲避的。而有些奸民多乘機揭發告狀，世家大姓不時有被誣陷受冤枉的人。又裁減郵傳冗費，土大夫路過海瑞的轄區大都得不到很好地張羅供應，因此怨言越來越多。都給事中舒化說海瑞迂腐滯緩不通曉施政的要領，應當用南京清閑的職務安置他，皇帝還是用嘉獎的語言下詔書鼓勵海瑞。不久給事中戴鳳翔彈劾海瑞庇護奸民，魚肉士大夫，沽名亂政，遂被改任南京糧儲。海瑞巡撫吳地才半年。平民百姓聽說海瑞解職而去，呼號哭泣於道路，家家繪製海瑞像祭祀他。海瑞要到新任上去，正遇高拱掌握吏部，早就仇恨海瑞，把海瑞的職務合並到南京戶部當中，海瑞因此遂因病引退，回到瓊山老家。
明神宗萬曆初年，張居正主持國政，也不喜歡海瑞，命令巡按禦史考察海瑞。禦史到山中審察，海瑞殺雞為黍相招待，房屋居舍冷清簡陋，禦史歎息而去。張居正懼怕海瑞嚴峻剛直，中外官員多次推薦，最終也不任用。萬曆十二年冬天，張居正已死，吏部擬用為左通政，皇帝向來器重海瑞名，給他以前職。明年正月，召為南京右金都禦史，在道上改為南京吏部右侍郎，海瑞當時年已七十二歲了。上疏言衰老垂死，願意效仿古人屍諫的意思，大略說：“陛下勵精圖治，而治平教化不至的原因，在於對貪官汙吏刑罰太輕。諸臣都不能說到其原因，反而借待士有禮的說法，大家交口而文其非。待士有禮，而平民百姓則有什麼罪呢？”因而舉明太祖刑法剝人皮裝上草製成皮囊以及洪武三十年定律枉法達八十貫判處絞刑的規定，說現在應當用這樣的方法懲治貪汙。其他謀劃時政，言語極為切實。隻有勸皇帝用暴虐刑法，當時評議認為是錯誤的。禦史梅鵑柞彈劾海瑞。皇帝雖然認為海瑞言論有過失，然而清楚海瑞的忠誠，為此免去梅鵑柞俸祿。
皇帝屢次要召用海瑞，主持國事的閣臣暗中阻止，於是任命為南京右都禦史。諸司向來苟且怠慢，海瑞身體力行矯正弊端。有的禦史偶爾陳列戲樂，海瑞要按明太祖法規給予杖刑。百官恐懼不安，都怕受其苦。提學禦史房寰恐怕被舉發糾正要先告狀，給事中鍾宇淳又從中慫恿，房寰再次上疏誹謗誣蔑海瑞。海瑞也多次上疏請求退休，皇帝下詔慰留不允許。萬曆十五年，死於任上。
海瑞沒有兒子。去世時，金都禦史王用汲去照顧海瑞，隻見用葛布製成的幃帳和破爛的竹器，有些是貧寒的文人也不願使用的，因而禁不住哭起來，湊錢為海瑞辦理喪事。海瑞的死訊傳出，南京的百姓因此罷市。海瑞的靈樞用船運回家鄉時，穿著白衣戴著白帽的人站滿了兩岸，祭奠哭拜的人百裏不絕。朝廷追贈海瑞太子太保，諡號忠介。
海瑞一生的治學，以剛為主，因而自號剛峰，天下稱為剛峰先生。曾經說：“要想天下清明安定，一定要實行井田，不得已而為限田，又不得已而實行均稅，尚可存古人的遺意。”因此自從做縣官直至巡撫，所到之處力行清丈，頒行一條鞭法。意圖主張在於有利於老百姓，而行事不能沒有偏差。
“原文”
海瑞，字汝賢，瓊山人。舉鄉試。入都，即伏闕上《平黎策》，欲開道置縣，以靖鄉土。識者壯之。署南平教諭。禦史詣學宮，屬吏鹹伏謁，瑞獨長揖，曰：“台謁當以屬禮，此堂，師長教士地，不當屈。”遷淳安知縣。布袍脫粟，令老仆藝蔬自給。總督胡宗憲嚐語人曰：“昨聞海令為母壽，市肉二斤矣。”宗憲子過淳安，怒驛吏，倒懸之。瑞曰：“曩胡公按部，令所過毋供張。今其行裝盛，必非胡公子。”發雚金數千，納之庫，馳告宗憲，宗憲無以罪。都禦史鄢懋卿行部過，供具甚薄，抗言邑小不足容車馬。懋卿恚甚。然素聞瑞名，為斂威去，而屬巡鹽禦史袁淳論瑞及慈谿知縣霍與瑕。與瑕，尚書韜子，亦抗直不諂懋卿者也。時瑞已擢嘉興通判，坐謫興國州判官。久之，陸光祖為文選，擢瑞戶部主事。
時世宗享國日久，不親朝，深居西苑，專意齋醮。督撫大吏爭上符瑞，禮官輒表賀。廷臣自楊最、楊爵得罪後，無敢言時政者。四十五年二月，瑞獨上疏曰：
臣聞君者天下臣民萬物之主也，其任至重。欲稱其任，亦惟以責寄臣工，使盡言而已。臣請披瀝肝膽，為陛下陳之。
昔漢文帝賢主也，賈誼猶痛哭流涕而言。非苛責也，以文帝性仁而近柔，雖有及民之美，將不免於怠廢，此誼所大慮也。陛下天資英斷，過漢文遠甚。然文帝能充其仁恕之性，節用愛人，使天下貫朽粟陳，幾致刑措。陛下則銳精未久，妄念牽之而去，反剛明之質而誤用之。至謂遐舉可得，一意修真，竭民脂膏，濫興土木，二十餘年不視朝，法紀弛矣。數年推廣事例，名器濫矣。二王不相見，人以為薄於父子。以猜疑誹謗戮辱臣下，人以為薄於君臣。樂西苑而不返，人以為薄於夫婦。吏貪官橫，民不聊生，水旱無時，盜賊滋熾。陛下試思今日天下，為何如乎？