“全民皆兵”運動
大蒙古國建立之後，采用何種製度來統治整個國家是一個亟待解決的問題。成吉思汗將謀臣武將召集到一起，共同商議這件事情。有的人認為應該仿照乃蠻部的製度建立國家，有的人提出仍然實行千戶製，眾說紛紜，討論的氛圍很熱烈。
成吉思汗綜合眾說，決定在千戶製基礎上稍加完善，但整體上不改變這個兵民合一的製度，級別仍分為千戶、百戶、十戶。成吉思汗將蒙古各部落的民眾整合在一起，分成九十五個千戶，並分別任命了八十八個千戶長。
為什麼是八十八個而不是九十五個呢？那是因為有人管轄的千戶多。其一，成吉思汗對汪古部的恩賜。在討伐乃蠻部的戰爭中，汪古部審時度勢，沒有跟隨塔陽汗，而是和蒙古部一起夾擊乃蠻部，為戰爭的勝利立下了功勳，因此，成吉思汗保留了汪古部的編製，將汪古部分成五個千戶，沒有將他們打散到其他的部落中。這五個千戶都由汪古部的首領來統領。換句話說，汪古部有很高的自治權。
其二，翁吉剌惕部被分成了三個千戶，由德薛禪的兒子來統領，這是孛兒帖的娘家，加上也屬於主動歸順，所以成吉思汗也給予了他們很大的權力。另外，就是成吉思汗的妹夫管了兩個千戶。這樣算來，這三個人就管了十個千戶，所以也就隻有八十八個千戶長了。
千戶長下麵又有百戶長、十戶長，而所有千戶長直接聽命於成吉思汗，這個金字塔的結構趨向完整，權力結構被重新組合。不過要說明的是，即使是十戶長，在蒙古國內也是統治階級，屬於貴族階層。這是因為大蒙古國打破了原來草原上各部落的貴族秩序，建立了以蒙古部乞顏氏為核心的新的貴族體係，所有擔任千戶長、百戶長、十戶長的人都是在成吉思汗建國時期有功勞的人，無論曾經是仆人還是奴隸，這顯示出成吉思汗有功必賞的公正的態度。
成吉思汗進一步明確了各個千戶之間的管轄界限，細化了牧民要遵守的規則。牧民不得隨意改變千戶，也不得以各種理由逃到另一個千戶中，如果發生這一情況，那麼不僅原來的千戶要受罰，接收的千戶也要受罰，這是為了將牧民固定在一個係統當中，就好像現在的戶籍製度一樣，發生了犯罪或者立了功都可以直接找到個人。
千戶製既是一種行政製度，又是一種軍事製度。牧民平日從事放牧生產的工作，定期交納賦稅；在戰時，直接轉為士兵，而且武器、糧食都要自己準備。千戶長平日主管千戶內的行政工作，確定放牧的牧場，征收羊毛、羊奶，以及賦稅等；有戰事時，千戶就是一個作戰單位，由千戶長直接統領。
遊牧民族向文明邁進的舉措很類似，無論是金國的猛安謀克製、蒙古的千戶製，還是清朝的八旗製度，都是兵民合一的一種嚐試，目的是整合軍事力量，增加機動性，改變過去鬆散的軍事組織。
通過完善千戶製，成吉思汗完成了集權，雖然無法與中原王朝的中央集權製相提並論，但這種程度的集權已經足夠成吉思汗大展拳腳。
大汗的“近衛軍”
成吉思汗改良千戶製後，下一個工作就是擴充近衛軍（近衛軍在蒙古語中稱為怯薛）。
在征討乃蠻部之前，成吉思汗的怯薛有一千多人，是部落最強大的軍事力量。建國之後，成吉思汗將怯薛的人數增加到一萬人，抵上了十個千戶，仍然是大蒙古國最強大的一支軍隊。這支軍隊隻負責保護大汗的人身安全，時刻跟隨在大汗身邊，即使在戰爭中也不會輕易地被派上前線。成吉思汗任命了四名怯薛長，即博爾術、博爾忽、赤老溫和木華黎，來統領怯薛。
怯薛的擴充，有新人加入，自然有老人退出，成吉思汗對於那些一直保護著他的老勇士充滿了感激之情，賜給他們各種稱號。例如，被封為“大侍衛”的斡歌列扯兒必率領的白班侍衛；由阿兒孩合撒兒率領的勇士被封為“老勇士”；還有被封為“大弓箭手”的也孫帖額和不吉歹率領的弓箭手。
怯薛的設置，很像宋朝強幹弱枝的軍隊設計。一萬人的怯薛，無論哪個千戶都無法相提並論，即使是汪古部的五個千戶加在一起，也難以與自己雙倍的怯薛抗衡。