摩訶末悔不當初，被哈亦兒汗裹挾，以致釀成大錯。他對長子劄蘭丁說：“我死後，你就將我埋在這裏，我沒有臉麵再回到玉龍傑赤。你一定不要重蹈覆轍，要帶領花剌子模人民全力抵抗，以你的能力肯定會有一番作為。”套用陸遊的一句詩，“王師北定中原日，家祭無忘告乃翁”，他將自己的全部願望都寄托在劄蘭丁身上。
心力交瘁之下，摩訶末沒有扛過這場大病，在裏海的這個小島上一命嗚呼。雖然晚年淒慘，但也算是善終，有個全屍，否則落到成吉思汗手中，肯定會被虐待致死。
長子劄蘭丁繼承了花剌子模的王位，暗中逃出小島，逃回了舊都玉龍傑赤。
哲別和速不台聽說摩訶末已經死在小島上，決定回去複命，雖然沒有抓到他，但是目的已經達到了。成吉思汗聽到摩訶末死了的消息，歎了口氣，說道：“早知今日，何必當初。如此下場，究竟是誰之錯？”他沒有讓哲別和速不台回來，而是讓他們繼續向西北前進。
水淹花剌子模
成吉思汗的軍隊全部集結在玉龍傑赤城外，但是他不急於攻城，主要有兩個原因。其一是因為天氣炎熱，蒙古人生活在草原，夏季涼爽舒適，但是花剌子模位於中亞，這裏沙漠縱橫，夏季炎熱異常，對於習慣了涼爽的蒙古人來說，簡直如地獄一般難熬。其二是蒙古軍隊持續進攻，未曾休整，全軍普遍感到疲憊，加上損失的士兵數量還沒有統計。因此，成吉思汗決定全軍後撤，在一個綠洲城市紮營休整，而他自己則帶著兒子們返回河穀之地避暑去了。
秋季來臨，成吉思汗再次返回前線，休整的軍隊見到主帥歸來，士氣大振。成吉思汗派出自己的三個兒子術赤、察合台和窩闊台去攻城，同時還有大將博爾術、合答安等人輔助，他自己則坐鎮大營，等待捷報。
術赤、察合台和窩闊台率領五萬多人的大軍再次包圍了玉龍傑赤。與上一次圍城戰不同的是，玉龍傑赤的守軍和百姓思想已經完全統一，他們不再去思考戰敗了會如何，因為訛答剌、不花剌、撒馬爾罕都是前車之鑒。
現在城內可謂全民皆兵，沒有人有投降的想法。因此當術赤試圖讓城內的人投降的時候，他派去的使者被殺掉了，這宣告了一個信息，寧可玉碎不為瓦全，蒙古軍隊要攻便攻，無須多言。
術赤無可奈何，隻得與察合台發起進攻，然而守軍的意誌異常堅定，加上堅固的防禦工事，蒙古軍隊接連幾次均無功而返。術赤再次用屢試不爽的老戰術，詐敗引敵人出城決戰，花剌子模的軍隊也真是配合，吃過幾次虧了，仍然沒有反思。
不過蒙古軍隊這一次有些心急，他們沒有等到大部隊出來，就殲滅了出城的部隊。城內的士兵看到同胞被敵人無情地砍殺，義憤填膺，但是沒人敢衝出城去，隻是從這以後，不管蒙古人怎麼挑釁，被罵成懦夫也好，無能也罷，花剌子模的守軍再也沒有主動出城追擊。
這就難壞了城外的蒙古軍隊，不擅長攻城戰的蒙古人一下子沒有了辦法，強攻不僅損耗士兵，而且對士氣的消磨也是不可估量的。蒙古人打起了遊擊戰，尋找著玉龍傑赤的漏洞，今天攻這一邊，明天攻那一邊，為了減少傷亡，均是點到為止，找不到突破口就撤退，一個多月下來，基本上是無功而返。
久久等不來捷報，成吉思汗在後方極為生氣，他憤怒地對身邊的失乞忽禿忽說：“都幾個月了，怎麼還沒有攻下玉龍傑赤！這三個小子到底在搞什麼鬼！這樣拖下去，會進一步激發守軍的士氣。”
是什麼原因使得之前一路奏凱的蒙古軍隊停下了腳步呢？玉龍傑赤城池堅固、軍民同心都算是因素之一，但最重要的原因其實是蒙古軍隊內部的不和諧。術赤與察合台之間的矛盾再次激化，爭執的焦點就是攻城的方式。
察合台主張強攻，既然找不到漏洞，那就玉石俱焚，運用攻城車和雲梯強行攻城，將城池焚毀也在所不惜；但是術赤有自己的考慮，他覺得這些攻下來的地方將來就是他的領地，他要盡可能地保留這些財產，重建一座城池那可是個大工程，不如將原有的城池保存下來。兩個人的爭執也影響到下麵的士兵，兩方的親兵內鬥不斷，整個軍營紀律渙散，這才造成玉龍傑赤久攻不下的現狀。
失乞忽禿忽也提醒成吉思汗，說：“大汗，依我之見，還是在於三個兄弟之間沒有齊心協力，如果他們三個人擰成一股繩，那麼我相信以蒙古軍隊的戰鬥力，玉龍傑赤絕非不可攻破之城。”
成吉思汗點點頭，派人前去傳達口信：“術赤、察合台你們二人若要繼續內鬥，我定不饒你們兩個，如果再不能一致對外，我會將你們兩個全都撤換，回到草原去思過！從現在開始，軍隊指揮權交給窩闊台，你們二人要聽他指揮。”
果然，成吉思汗的命令一出，軍營中的氣氛頓時緊張起來，窩闊台重新整頓了紀律，凡是在營內鬥毆的，一概軍法處置，絕不姑息。這樣一來，士兵們麵貌一新，蒙古軍隊又變成了那支常勝之師。
窩闊台指揮攻城，不再留任何餘地，直接用火攻。城內的守軍和百姓也是萬眾一心，城門被攻破，百姓們堅持巷戰，蒙古軍隊在玉龍傑赤城內苦戰七天七夜，每一個房屋都仿佛堡壘一般，蒙古人的傷亡也在直線上升。終於窩闊台忍無可忍，引阿姆河水灌城，玉龍傑赤瞬間變為澤國，耗時幾個月時間，玉龍傑赤宣告失守。