明崇禎三年（1630年）五月，鄭芝龍遣人駕海船去日本，迎接翁氏和兒子福鬆回福建。由於日本幕府的限製，隻同意福鬆回中國，而翁氏仍然留在日本。九月，福鬆隨船在海上航行十日，來到了福建南安縣安平鎮，這裏是鄭氏集團大本營所在地。父親鄭芝龍親自出門迎接。鄭芝龍看到兒子福鬆儀表不凡，說話聲音洪亮，屈指一算已是7歲。他追憶福鬆降生時出現的火光奇兆，心中大喜，想必兒子長大定成大器。
鄭芝龍望子成龍，期望福鬆刻苦讀書，將來進取功名，光宗耀宗。他為兒子聘請了專職老師，教福鬆讀書、習字、操練劍術。老師將福鬆的名字，改為鄭森，森者，茂盛直立、整齊嚴肅之意也。鄭森，這個名字，從7歲一直叫到21歲。
鄭森經過家教和師教，讀書很努力，加上天資聰明，凡老師所教，皆一一嫻熟。
鄭森喜讀《春秋》《資治通鑒》及曆代正史，尤其喜愛熟讀《孫子兵法》和《吳子兵法》。他還十分崇拜中國曆史上那些足智多謀、運籌帷幄、馳騁疆場、治國安邦的英雄豪傑。對正史中有關這些人物的列傳、本紀，更是愛不釋手。
鄭森為了進取功名，適應當時科舉考試的需要，他認真練習製藝時文，而且八股文章作得相當不錯。
鄭森也常常持劍騎射，像他父親那樣，重視習練武藝。至於吟詩賦詞，他也作為業餘愛好不忘練習。
鄭森誌存高遠。在他11歲時，老師從其所讀之書中拈出“灑掃應對”四字，讓他命題作文。這四個字，本來是指日常生活之事，但鄭森卻把這四字看成是天下興亡的比喻。於是，他聯係曆史，引經據典，語出驚人。寫道：“湯武之征誅，一灑掃也；堯舜之揖讓，一進退應對也。”老師看後，對學生居然把日常生活灑水掃地與治國平天下的道理聯係起來，十分欣賞，批閱：“頗為新奇驚異之說。”
鄭森由於表現不凡，甚得老師及長輩的喜愛。尤其是叔叔鄭鴻逵，對鄭森格外器重。鄭鴻逵是明朝的一員武科舉人，後來中了進士，先後升任都指揮使、副總兵、總兵及南明隆武朝大元帥等職，慧眼識英才，常常誇獎鄭森說：“此係吾家千裏駒也！”千裏駒，意指少壯的駿馬，長大後必定出類拔萃。
有一位從外地來福建的相士，在一個偶然的機會見到了鄭森，驚奇地對鄭芝龍稱賀道：“郎君英物，骨相非凡。”鄭芝龍謝說：“我乃一介武夫，此兒倘能博得一科目，為門第增光，則甚幸矣。”相士說：“郎君實為濟世雄才，非止科甲中人。”相士對鄭森的誇讚，是故意賣弄玄虛，還是真的看出了某種奧秘，此處暫且不論，但鄭森後來的實際發展和壯舉，卻被相士言中了。
鄭芝龍按著當時的社會風俗，有多個妻妾。除了在日本的翁氏之外，又先後娶陳氏、顏氏，另有側室李氏、黃氏。這些妻妾為他生有6個兒子。鄭森作為長子，處處為弟弟作表率。幾個弟弟參差不齊，有的虛心向大哥學習，有的則不然，常以富家子弟自居，因此，常常受到父親和大哥的訓斥，逐步有所長進。鄭森對弟弟們的關心和愛護，受到繼母顏氏的讚許，故而顏氏對鄭森也逐漸當作親生兒子一樣對待，而鄭森對顏氏也如同親生母親一樣去孝敬。
童年的鄭成功，終究還是個孩子。他離開慈母之後，孩童思母之情縈係心懷。每當夜深人靜、讀書告一段落之時，他總要跪到庭院中，翹首向著母親所在的東方張望，還時常獨自歎息，掩麵流淚，寄托思念母愛之情。後來，隨著年齡的增長，知識的長進，他把思母之情埋在心底，並且作為發憤圖強的一種動力。
國學監生
明崇禎十七年（1644年）初，21歲的鄭森從福建南安縣來到明朝南都——南京，進了國學，成為監生。國學，是國子監的簡稱，是中國封建時代的最高學府。當時，明朝國學有兩座，一座在國都北京，一座在南都金陵。作為中央教育機構，國子監始設於晉武帝鹹寧二年（276年），時稱國子學，此後曆代名稱雖異，但皆為最高學府。唐代起，始稱國子監。明清兩代所設國子監，為教育管理兼國學性質，教育對象乃屬於更高級官員之子弟。鄭森其父鄭芝龍此時已成南安伯。