“殺父報國”
鄭芝龍降清以後，清軍繼續向福建大舉進攻。鄭氏家鄉南安之民眾，皆以為鄭芝龍已做了清朝的官，可以免遭暴掠，所以毫不防備。鄭成功的母親翁氏，更是不肯逃離，家人勸說再三，她仍然無動於衷。然而，清軍進入南安之後，大肆淫掠，翁氏也毫不例外地遭到了淩辱，她含恨拔劍割肚而死。鄭成功聞此噩耗，捶胸頓足，號啕痛哭，穿著喪服，帶領一支隊伍前來祭母。清軍聞訊，棄城而去。鄭成功痛恨清軍淩辱其母，用外國人之法，剖其母腹，拉出肝腸，洗滌汙穢，重新盛斂安葬了。
國恨家仇，激起鄭成功的極大憤慨。他清醒地意識到，當初科舉入仕之路已經走不通了，於是，帶上用過的儒服，來到孔廟，一把火把儒服燒了，含淚向先師孔夫子的牌位行拜禮，痛哭著邊拜邊說：“昔為孺子，今為孤臣，向背居留，各行其是。僅謝儒衣，祈先師昭鑒！”立起後，再向先師作了一個長揖，慨然長歎，匆匆離去。
鄭成功離開南安，偕同洪政、陳輝、張正等90餘人，乘二艦入海，駛往廣東南澳募兵。南澳，本名源澳，周圍300裏，在柘林灣之南，孤懸在大海之中。南澳由雲、青（屬福建）、隆、深（屬廣東）四澳組成，明萬曆年間，此地曾設漳潮副總兵，是出入福建、廣東的海上要道。島上駐軍原屬鄭芝龍的舊部，現已紛紛投在鄭成功旗下，逐漸發展成數千人的隊伍。
清順治四年（1647年，南明永曆元年）正月，鄭成功從廣東南澳募兵後，來到廈門鼓浪嶼，大會文武群臣，舉行誓師儀式。大堂上，設明太祖高皇帝牌位於正中，鄭成功帶領諸臣將，首先向高皇帝牌位行禮；接著，又遙祭在汀州殉國的隆武帝及曾皇後。爾後，升起“殺父報國”的大旗，表明鄭成功與降清的父親鄭芝龍徹底決裂了。此舉傳為佳話，受世人敬佩。他慷慨激昂地宣讀誓詞：“本藩乃明朝之臣子，縞素應然；實中興之將佐，披肝無地，冀諸英傑，共伸大義！”首次啟用“招討大將軍印”，自稱“罪臣國姓成功勤王”！並且出家資犒賞將士。最後，鄭成功宣布將領的任命：洪政、陳輝為左右先鋒鎮，楊才、張進為親丁鎮，郭泰、餘寬為左右護衛鎮，林習山為接船鎮，柯宸樞、楊朝為參軍兼統領隨征，杜輝為總協理。這是鄭成功首次正式編組軍隊。此後，鄭軍的編組仍然以“鎮”為單位，但員額數量則大為增多了。
在此期間，鄭成功有一個重大舉措是，改奉永曆年號，直到終生。這也是他忠君報國的堅定性之表現。信奉某個年號，曆來不僅是個計時方法問題，更是一個嚴肅的政治問題。
在隆武政權敗亡前後六七年間，南明曾一度出現過四個政權。
先是魯王朱以海（明太祖九代孫），在唐王朱聿鍵稱隆武帝的同一時間，由舉人張煌言、原刑部員外郎錢肅樂、兵部尚書張國維等人擁立，於浙江紹興稱魯監國。於是，並存的兩個政權互爭正統，水火不容。魯王政權派兵進攻杭州清軍兵敗，出師於錢塘江又兵敗。在清軍的大舉攻勢之下，魯王逃離紹興，敗走舟山。清順治八年（1651年）九月，清軍渡海攻破舟山，大學士張肯堂兵敗不屈自縊死，張名揚堅貞不屈舉家自焚死，執掌軍務的張名振與張煌言、鄭彩等人，共奉魯王浮海逃奔廈門，又轉赴廣東。這樣，魯王政權盡管仍然舉著抗清大旗，但實際上已經名存而實亡了。
隆武帝殉國後兩個月，桂王朱由榔在大學士丁魁楚、瞿式耜等人擁立下，在廣東肇慶稱監國。同年十一月初二，隆武帝之弟朱聿钅粵，在大學士蘇觀生、何吾馬等人擁立下，在廣州稱監國。初五，朱聿钅粵匆忙舉事，穿著戲裝袍笏登極，改稱皇帝，改元紹武。十二月十五日，清軍攻占廣州，朱聿钅粵及蘇觀生等皆自縊死，紹武政權僅存41天即敗亡。
同年十一月十八日，桂王朱由榔在肇慶稱帝，以明年為永曆元年。永曆政權先後聯絡了南明的遣臣何騰蛟、堵胤錫等人，以及大順軍餘部將領郝搖旗、李過、高一功、李來亨、袁宗第、劉體純等，還聯絡了大西軍餘部將領孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇等人，號令近半個中國，一時聲勢浩大，成為抗清勢力的一個新的中心。
自從鄭芝龍降清、隆武帝殉難之後，福建的抗清力量便各擇其主，各自為政，互不統屬。
鄭成功的叔父鄭鴻速，一直舉著抗清的旗幟，以語嶼（即金門）為基地，與清軍相對抗。
鄭成功的族兄弟鄭彩、鄭聯，掌持魯王監國兵權，屯兵廈門。鄭彩被封為建國公，鄭聯被封為定遠侯。鄭彩、鄭聯兄弟也自然信奉魯王監國年號。