覺得自己被背叛的楚銘在一個傍晚，租了一輛桑塔納，開著車悄悄的跟蹤兩人，他腦海裏浮現出一幕幕的回憶。陷入瘋狂，甚至準備做出更瘋狂的事情之時，他在一個偏僻的荒野被綁架了。在華國境內他居然被一群武裝分子綁架了，還是裝備精良，訓練有素，一看就知道是精兵的一群人，裝備甚至奢侈到連美軍三角洲部隊都汗顏。
就這樣，楚銘被這群人綁架到了一個龐大的地下研究所。在牢房裏，他得知了一個驚人的事實，這裏被關押了幾百人，而這些人全部都是跟自己有著一定的血緣關係，因為他們都有著一個共同的祖先，而這個神秘組織的目的便是需要通過他們，獲得先祖的記憶。這聽起來似乎就像是楚銘經常玩的一款遊戲，刺客信條。
但是這卻比遊戲的內容更加殘酷，原本上千號的囚犯，他們中有歐洲人，美國人，俄羅斯人，亞洲人，從事著各行各業，但是追究至祖上，卻都有一個共同的祖先。囚犯們被迫被放置到一個儀器上，通過基因片段搜索記憶，但很多人卻因為基因片段的問題，不是死了，就是變成瘋子，植物人。
真相往往更讓人震驚，楚銘在試驗中，居然通過完整的基因記憶，看完了那位先祖的一生。楚銘的先祖，居然跟自己一樣是一個穿越者，從另一個世界的21世紀穿越到了文藝複興時期。穿越到了歐洲的他，遇到了一個傳奇人物，艾吉奧?奧迪托雷，一名傳奇的刺客大師。本來此人在先祖的時空隻是一個存在於遊戲的角色，但是在這裏卻是真實存在的。這位先祖成為了一名刺客，並且學會了一個名為鷹眼的技能。通過一種第六感，感知周圍環境的一種神奇技能。然後通過磨練刺客技能，最終加入了兄弟會，成為了一名刺客大師。
本來這位先祖已經在歐洲娶妻生子，準備過完一生，然而這個時候，他接觸到了上古文明，他們稱之為先行者的訊息。
簡直就跟遊戲如同一折，然而事情卻更加離奇。先行者們是一個掌握了自由穿越時間與空間的種族。掌握了各個空間知識和文明的他們，掌握了世間力量的巔峰，在無數位麵都留有他們的印記，但是卻神秘的在一夜之間消失了。
整個文明都被摧毀。然而先祖卻發現了一個遺留的時之門的訊息。麵對這足以讓任何人狂熱的神器。他跟隨導師艾吉奧?奧迪托雷一同尋找另一個時期的偉大刺客導師，阿泰爾的圖書館。
從圖書館，他得知了時之門的存在，當然，刺客的大敵，一個名為全知聖殿的教團，也在尋找著時之門。為了對抗聖殿，探索真理，這位先祖建立了一個名為探索者的組織。在兄弟會的幫助下，最終奪取了時空之門。
之後跟隨著艾吉奧大師，率領部分兄弟會，探索者組織的成員一同穿越到了另一個世界，這之後的記憶，楚銘便失去了記憶同步，直到幾個月後，這位先祖一個人帶著重傷回到了這個世界。但兄弟會的其他人都沒有了蹤跡，唯一剩下的隻有一個密匙。
他對進入時空之門的事情寫下了一本日記，然後帶著穿越者的惡趣味，建立起了一個地下藏寶庫，帶著時之門和密匙進入其中，等待死亡。留下了一批忠心於自己的探索者成員守護密藏，將一把可以開啟藏寶庫的鑰匙交給了自己的後代之後便死在了寶庫之中。
根據同步得到的殘缺不全的記憶，最後記憶便是兄弟會和聖殿騎士的對抗，在時之門對麵的那個位麵，繼續著……而先祖帶回的密匙據說可以打開那個位麵的先行者所留下來的密藏。
刺客跟聖殿騎士，從先祖時期便對抗至今。並在這個時代最終消滅了探索者，並壓製了兄弟會。而華國境內因為聖殿騎士的滲透，至今的華國有很多高層都已經成為了聖殿騎士。兄弟會的勢力被打壓，最終在十幾年前的一次著名的大清洗中，消聲滅跡，在華國內的勢力被全部消滅。而在這一場隱藏的戰爭中，聖殿騎士得到了那一本記錄了一切的日誌。