十九世紀六、七十年代後，在世界資本主義列強開始奪取殖民地、分割世界領土的大高潮中，中國的邊疆地區普遍發生了嚴重危機，特別在新疆地區和東南海疆，入侵活動極為頻繁。在國家、民族遭受危機的情況下，清政府內部展開了一場有關海防與塞防的國防觀點之爭。直隸總督兼北洋通商事務大臣李鴻章因負有海防之責，並想乘機建立由他控製的北洋海軍，加強其政治地位，主張國防重點在海防，不在西北邊防，應放棄祖國西陲重地防禦，移“西餉作海防之餉”。這些論點，在客觀上符合了英、俄帝國主義蠶食鯨吞新疆的需要。以左宗棠為首的一派愛國官僚，則堅決反對李鴻章以犧牲塞防來加強海防的主張，認為“東則海防，西則塞防，二者並重”，強調先進兵新疆。他指出：“重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以衛京師。西北背指相連，形勢完整，自無隙可乘”。又說：如果專力海防，新疆“不西為英並，即北折而人俄耳”，塞防不力，則又“無益海防而挫國威，且長亂，此必不可”。左宗棠年輕時研究過《天下郡國利病書》、《讀史方輿紀要》、《新疆識略》、《海國圖誌》等書，形成了強烈的愛國思想，特別關心祖國安危，他堅持的海防與塞防並重、先收複新疆的國防戰略觀點，能從全國一盤棋的角度來衡量新疆在戰略上的重要性，符合中華民族的長遠利益，客觀上也反映了各族人民的共同要求。
由於左宗棠力排時議，據理辯爭，以及朝廷內文祥等樞臣們的支持，清政府摒棄了李鴻章等反對的議論，采納了左宗棠的意見，令左宗棠全權指揮“關外兵事、餉事並轉運事宜”，主持收複新疆大計，遂使左宗棠的戰略主張得以在內外一致的局麵下付諸實施。
左宗棠在重視塞防的同時，對海防建設也有不少出色的見解。
他認為海防建設“不可一日馳也”，但必須重點設防，“如人一身，有氣隧、血海，筋脈、包絡、皮肉之分，即有要與非要之別。天津者，人之頭頂；大江三江人海口，腰膂也；各島之要，如台灣、定海，則左右手之可護頭項腰膂，皆宜嚴為之防；……此外視如髖髀，謂其必全力注之，亦不必也”。1881年10月下旬，清政府任命左宗棠為兩江總督兼任南洋通商大臣，時值中法戰爭前夕。左宗棠到任後，積極籌劃海防，準備打仗。首先，他增強長江防務，以吳淞口為第一道關口，以白茅沙為第二道關口，以江陰要塞為第三道關口，節節設防，阻敵深入，其次，於1884年底，派王詩正等率恪靖援台軍偷渡法軍嚴密封鎖的台灣海峽，增援駐台清軍抗法，穩住了台北局勢；第三，螯頓閩江防務，在閩江各要隘增添兵勇，構築阻塞工事，樹立鐵樁，橫以鐵索，控製閩江航道。
值得注意的是，左宗棠在堅持海防、塞防並重的國防戰略主張，抗擊外來侵略的鬥爭中，看到了人民群眾是可以利用的力量。
第一次鴉片戰爭期間，他就建議“練漁屯、設碉堡，筒水卒，設水塞”，“合兵勇一體”，“行堅壁清野之策”，使“海上屹然有金湯之固”。左宗棠在兩江總督任內，還在江蘇、福建沿海大辦漁團，將漁戶組織起來，日夜操練，視為防海的重要力量。這與左宗棠在收複新疆時，把人民群眾分散的、自發的反阿古柏政權鬥爭彙集成有組織、有計劃的反侵略戰爭的做法，在利用民力的指導思想上一致的。這表明他對人民群眾在反侵略戰爭中的作用有某些感性認識，這種思想遠遠高居於一般封建官僚所謂“防民甚於防寇”的思想之上。
主張以“慎”為本的戰役戰術思想
左宗棠用兵謹小慎微而又老謀深算，他年青時自比諸葛孔明，“常自署葛亮”，諸葛亮一生用兵謹慎，毫無疑問對左宗棠軍事思想基礎有重大影響。二十九歲那年，曾作《料敵》、《用間》、《善後》等諸篇論戰製敵之書，闡述了審己量敵，不盲目用兵和注重後路的穩慎思想。在鎮壓太平軍作戰中，他多次強調“步步為營”；在收複新疆戰役中，采取“緩進急戰”的作戰方針。在平時，左宗棠常以“慎”字教誡部下，在作戰中，更是提醒前敵將領“慎之又慎oo；在他的函牘批劄中，也常可見到“當慎以圖之可以無患叼，“戒慎之心，未可一刻忘也峋等字句。總之，在其30多年的軍事鬥爭中，始終主張和實行著一個“慎”字。他說，“慎之字，戰之本也”，可以說“慎戰”集中代表了左宗棠的戰役戰術思想。