1842年10月初，熱心腸的法蘭西斯太太寫信約林肯次日到她家裏來。當林肯按約來到她家時，卻意外地發現瑪麗·托德坐在客廳裏。當然，軟心腸的林肯又招架不住瑪麗的淚水加哭訴，馬上繳械投降，化幹戈為玉帛，並低聲下氣地為自己的逃婚而道歉。從此，他們展開了地下活動，總是神神秘秘地約會，而每次約會都是偷偷摸摸地躲在法蘭西斯家緊閉的門扉裏。
林肯為了顧全道義，終於在1842年11月4日星期五的晚上，懷著要下地獄的心情倉促地和瑪麗舉行了婚禮。林肯當時的表情很古怪，男儐相說他“活像要上屠宰場就戮似的”那樣絕望和悲哀。婚後一星期後，林肯在寫給朋友的業務信函裏的“附啟”中說：“除了我結婚之外，沒什麼新鮮事，我總覺得婚姻是一件非常奇異的事情。”
婚後，林肯夫妻寄宿在一家旅館樓上一個狹窄簡陋的房間裏，每周支付食宿費4美元。1843年8月1日，他們的大兒子羅伯特就誕生在這裏。瑪麗寫道：“再沒有比他（林肯）更鍾情更忠實的丈夫了。”但琴瑟並不總是和諧的。他們婚後的生活總也擺脫不了苦澀的味道。有一天早晨，林肯夫妻正在吃早餐，林肯不知為什麼觸怒了妻子，瑪麗氣衝衝地抓起桌子上的杯子，將滾燙的咖啡潑到丈夫的臉上。林肯屈辱地坐在那裏，一言不發。是開旅館的爾萊太太拿來毛巾替他擦去臉上和流淌在衣服上的咖啡。當時其他房客也在場，他們目瞪口呆地看著眼前發生的一切。
春田鎮是個小鎮，它的範圍很小，所有的11名律師不可能全留在當地開業。林肯常騎馬在本司法區奔波、辦案，他耐不住妻子那變本加厲的嘮叨，亂發脾氣，所以每年都花半年的時間在外巡回，卻害怕回家。
瑪麗畢竟出身於上層家庭，很不習慣貧窮的生活。每天隻好深居簡出，孤獨度日。家務活對她來說是陌生而繁重的，她必須每天很不情願地清洗便桶和油燈，清掃爐灰和灰塵。覺得嫁給林肯實在是委屈了自己。
1844年5月，林肯夫婦用省吃儉用的1500美元買下了一棟木結構房子，這是他們一生所擁有的唯一住宅。現在這棟房子已作為伊利諾斯州紀念館保存下來。一次，林肯外出辦案，待他兩個多月後回來時，卻找不到家門了。原來，喜歡漂亮房子和豪華擺設的瑪麗趁林肯外出之機，用當年林肯父親賣掉八十英畝地的錢，雇人把房子徹底翻新了。還專門為林肯造了一間客廳兼書房，並且從後麵給孩子們擴建了幾間臥室，使整個樓房具有瑞士別墅的風格。林肯故作嚴肅狀地問一位朋友：“陌生人，你能不能告訴我亞伯拉罕·林肯先生住在什麼地方？”
瑪麗有個頭疼的病，隨著時間的飛逝，病情日益發展，而且越來越重。頭不疼時，顯得溫順，易於相處；頭疼時，情緒就異常暴躁。對於病中的妻子，林肯總是遷就她，用自己的愛在安慰她，盡量不刺激她。因此，林肯願意呆在鄉下的旅館裏，不願回家聽太太嘮叨、亂發脾氣。瑪麗的嗓門和凶悍早已遠播四鄰了，他們說：“她折磨他，搞得他魂飛魄散”。
在她眼裏，林肯的長相、走路姿勢都不如她意；駝背，走路笨拙，雙腳一上一下沒有彈性；小腦袋上長了一對呈直角往外伸的耳朵，鼻子不夠直，下唇突出，手腳長得太長等等。林肯太太百般挑剔並非無緣無故，林肯從不注意儀表，皮鞋很少擦油，衣服髒兮兮的，天氣暖和時，衣服背後一塊塊汗斑，活像一張地圖，那頭粗糙茂密得像馬鬃毛似的頭發從來不梳理，整天亂糟糟的，常令瑪麗怒不可遏。
他在餐桌上不懂禮儀，不懂規矩，自由奔放。連餐刀握得都不對，常把飯菜弄到桌上和別的盤子裏，把瑪麗氣得說不上話來。