因為它符合日本近代天皇製利用封建殘餘加強統治、對外實行擴張侵略的需要，以他的話來說就是，繼承長岡第一名門是長岡藩士的天命所在。幾經考慮，他答應了牧野的請求。
1916年5月19日，經過精心準備，在長岡藩最有紀念意義的長岡城落成紀念日，舉行了高野五十六改姓山本的儀式。在其五哥高野季八主持證明下，高野五十六作為山本家的後嗣，改名為“山本五十六”。
改姓後，山本五十六所做的第一件事是在藩士們的簇擁下，厚祭山本家曆代祖先，清理自戊辰戰爭以來已經荒廢了五十多年的山本家墓地；接著他又修心靜身，於當日用了一個通宵將山本家祖先自慶長以來的各代法號、戒名全部書寫了一份，並於第二天在長興寺大作法事道場，以資紀念招魂。
改姓之後，山本五十六這個長岡武士的後代無形中又增加了一種榮耀，長岡遺魂以及一些舊武士倡導的軍國主義色彩極濃的“長岡精神”“常在戰場”的遺訓，刺激著他為了不辱山本名門之“聲譽”更加竭盡全力，勤學苦練，忠於職守。
在山本五十六武士戰袍加身後的第二年，即1918年，35歲的山本五十六與三橋禮子結婚。三橋禮子出生在一個普通的家庭，身高1.54米，身體結實，吃苦耐勞。據山本五十六的至交、曾任海軍中將的堀悌吉說，山本的妻子在日本這樣的國度裏，堪稱是個賢妻良母，是日本名副其實的一流女性。但是，兩人婚後的生活有許多不和諧的地方。升任高級將領後，每逢山本看到部下在船艙內擺著妻子的照片，就深有感觸地說：“你們是經自由戀愛而結婚，情投意合，多好啊！我是無可挽回了！”悔意溢於言表。這種想法並非因為山本地位變了才有的，而是一開始就隱藏著一些矛盾。從山本訂婚時的情形看，他同意這樁婚事，主要是因為女方出身勞動家庭，體魄健壯，能夠吃苦，而且生於祖輩曾經流血犧牲的地方，至於個人性格等因素卻未過多考慮。
婚後兩人經常吵架，一遇到鬧別扭，山本總是蒙頭大睡，渡過難關。家庭的矛盾和枯燥的軍人生活，促使山本五十六在婚姻以外尋找感情寄托。
在他的一生中，曾與許多藝妓保持長期的密切關係，其中關係最密切的就是千代子。在山本五十六榮任聯合艦隊司令長官時，曾秘密攜帶其一同前往。
即使大戰爆發以後，山本五十六也總是找各種機會與之幽會，甚至為討其歡心，還曾謊稱治病，背著千代子在大街上走。千代子對山本也是感情篤深，在戰火紛飛的年月裏給了山本五十六莫大的安慰。