第二階段從1949年4月至8月止。大陸局勢吃緊後，不少知識分子先後流亡港澳，也有不少自由派知識分子來到了台灣。這些人莫不以“國家興亡，匹夫有責”而自許，接過了胡適等人在上海倡議辦刊的號召。這一階段《自由中國》半月刊的籌辦工作就由這些人在操作。主要人物大都與胡適有著密切的關係，如他的學生毛子水 ，張佛泉 、崔書琴 等人是北京大學教授，王聿修則是華北大學教授兼政治係主任，都屬於胡適先生民主理念中的“自由學人”。可王聿修等人對於這份刊物究竟在哪裏辦（原定於上海，後又想在香港）以及參與者的資格問題而意見不一，再加上經費毫無著落而陷入了僵局。
6月18日晚，台灣省政府教育廳長陳雪屏約餐，參加的人有雷震、毛子水、張佛泉、崔書琴、王聿修等人，再次討論了《自由中國》半月刊“是否接受省府津貼”的問題。崔書琴表示不讚成，“認為省府可自辦，我們的刊物應在香港舉辦，張佛泉之意見亦大致相同；毛子水讚成，隻要我們獨立舉辦，不受省府之幹涉，因籌款不易，接受省府輔助，可使刊物早日問世……” 雷震顯然是願意讚成接受台灣省府資助的，從他當時的身份來看也順理成章。兩個月後，雷震赴廈門協助湯恩伯軍事防衛，無力過問此事。因此第二階段的籌備工作實際上是無果而終，王聿修等人雖有一番民主事業的改革之心，卻因沒錢而“心餘力絀”，這是馬之驌先生的斷語。
10月19日，雷震從廈門返回台北，再次接手這項工作，《自由中國》進入名副其實的第三籌辦階段。10月26日，雷震、傅斯年、陳雪屏、毛子水、王聿修、張佛泉等人在聚餐時商議，預定先出兩期，預算為五千新台幣，即教育部三千、空軍總司令部一千，剩餘一千由雷震負責籌措。11月14日上午，雷震拜訪陳紀瀅、梁實秋二人，請其為《自由中國》半月刊撰稿；11月20日，《自由中國》創刊號正式出版，從策劃、組稿、清樣、印刷乃至出版，前後隻用有一個月時間，從中可見雷震的辦事效率。“下午竟有人上門定購或購買，聞有一家書店，十本立刻銷售，可見對外聲譽之隆。其原因當歸發行人（指胡適，作者注）之大名也。” 從這一天起，至1960年9月1日發行最後一期，《自由中國》共出刊二百六十期，總共存活了十年九個月又十天，橫跨上世紀整整一個五十年代。《自由中國》半月刊創辦初期，一切從簡。
分設編輯、經理兩個部門，另有一個編輯委員會。按當時照法律規定，發行人負責向有關主管部門申請登記，並作為法定代表人，負有相關法律責任。《自由中國》社第一任發行人為胡適先生，此時他仍在美國，有關發行人責任問題，均由雷震一人代表。雷震身為社長，係雜誌社的權利主體。編輯委員會當時有若幹人，定期開會討論內外時局問題，督促國民黨政府進行全麵改革，並確定其言論方針。編輯部設總編輯一人，第一任總編輯為毛子水，副總編輯為王聿修；經理部經理承社長之命辦理總務、發行等業務，其經理為馬之驌。不過，在毛子水、王聿修、張佛泉、崔書琴等人看來，“雷震是國民黨裏的強人，也是政治核心人物，所以對雷震存有戒心，惟恐受政治人物的利用，要劃清界限，於是私下計議確定一原則，就是《自由中國》刊物，如果能辦成功，一定請胡適先生做發行人。……否則就不參加。” 其實這也是雷震本人的意思。在這之前，雷震等人去奉化找蔣介石時，說好就是“請胡適先生出麵領導”的。
《自由中國》創刊初期，編委會共有十七人，也是人數最多的時期。在大的理念上基本一致，但還是呈現出多元的態勢。編委許冠三回憶說：“……不管大家如何爭辯，若幹批評政府的文稿，不是給改成溫吞水，就是整篇見不了天。當爭到無詞以對時，他（指雷震）總是與毛子水勸我們年輕人莫動火氣，須以大局為重。他從不大聲說話，隻是慢慢地跟大家磨，更不發脾氣，幾個月下來，我們終於明白，他那‘各黨各派之友’的綽號得來絕非偶然。” 以馬之驌的觀察，當時編委們大致可分成三種思想路線，“第一是由胡適為首的‘自由主義’的思路；第二是以雷震為首的‘三民主義’的思路；第三是所謂少壯派的‘唯我主義’的思路。
”其中以“少壯派”最為壯懷激烈，他們認定國民黨之所以淪落到今天這個樣子，完全是由於貪汙、腐化、獨裁的結果……編委們之間確實也存在過一些矛盾，再加上雷震一度對編輯職權和製度等考慮不周，引起過一些不快。雜誌社在借用雷震私宅的“外客廳”作為編務場所時，有讀者投稿，雷震見著就順手拿到自己的書房裏拆開看了。副總編王聿修對此不以為然，當麵提出過異議。王聿修是最先一位辭職的人。他在向雷震和編委會提出請辭時，再三說明完全是因受其香港方麵朋友之邀前去主編《前途》雜誌，盛情難卻。馬之驌則以為“這看起來是因緣巧合，其實並非完全如此，也有一些情緒上的問題”。不過，在《自由中國》半月刊風雨十年中，編委們的進出離合，並沒有影響這本刊物的正常出版。編委張佛泉先生說過：“在籌備期間，我們對雷先生都有戒心，現在證明他是一心一意地要把《自由中國》辦好……”這是《自由中國》創刊一年後，張佛泉受台中東海大學之聘出任文學院院長，就任前請馬之驌在他的泰順街寓所便餐時所說的一番話。