要非常注意軍事，須知政權是由槍杆子中取得的。
——毛澤東
甲午一戰，李鴻章慘淡經營30年的淮軍武裝，頓時土崩瓦解。清政府痛定思痛，意識到舊兵不足恃。他們看到日本專用西法取勝，認識到中國今日當務之急，就是亦應仿用西法創建一支新式軍隊。於是，清廷決定全麵改革陸軍軍製，開始著手編練新軍。袁世凱抓住這個機會，運動權貴，將新建陸軍的領導權抓到自己手中，從此開始了他角逐權力的生涯。
實際上，清廷讓袁世凱主持練兵，並不是就放心地把軍隊領導權全交給他。值得注意的是，在派袁世凱前往天津小站督練新軍的同時，清政府又委派滿洲道員蔭昌，挑選八旗精壯子弟，附入天津武備學堂。清廷此舉，意味深長，編練新軍，本來就是想培養一個像曾國藩、李鴻章那樣能控製整個大局的滿洲親貴。派遣蔭昌等滿人子弟進入天津武備學堂，一來預儲他日將才，等時機成熟代替袁世凱；二來因同在天津，相距不過數十裏，可以起到監視袁世凱的作用。可見，清廷從一開始就力圖加強對新建陸軍的控製。
對於新建陸軍，清廷是寄予厚望的。光緒皇帝在1896年6月24日的上諭中說：“新建陸軍督練洋操，為中國自強關鍵，必須辦有成效，方可逐漸推廣……總期精益求精，悉成勁旅，俾禦侮確有把握，用副朝廷實事求是至意。”正因為這樣，袁世凱才得以向清政府放手要餉要槍，一般都能得到滿足。以新建陸軍為起點，袁世凱從此開始了他馳騁縱橫中國近代政治軍事舞台的發展時期。
經過庚子八國聯軍之役，清政府的軍事力量又一次幾乎喪失殆盡，隻有袁世凱的軍隊毫發無損。憑借這支軍隊，他一躍而成為清王朝權勢最大的地方封疆大員。
成為北洋軍領袖
1900年義和團運動之後，清王朝在政治、經濟、軍事等各方麵的衰敗已無可掩飾地暴露了出來。清政府為了保住自己的統治地位，轉移人民鬥爭的視線，強化國家的統治機器，不得不實行國策的轉移，開始邁開西化的步伐，以此來維護其搖搖欲墜的統治，實現王朝的自救。
1901年1月，清政府頒布了籌辦新政的上諭，4月成立了推行新政的主持機關——督辦政務處，並陸續頒布了一係列關於新政的法令。對於這次新政，大多數疆吏鑒於戊戌變法的教訓，都表現得不太積極。然而袁世凱敏銳地意識到，這是一個發展個人勢力的絕好機會，隻有抓住時機，進一步將自己的力量安插到軍隊的各個主要部門，才是攫取更大權力的最佳辦法。
編練新軍創建北洋六鎮，是清末新政的重要內容，也是以袁世凱為首的北洋集團最熱衷的改革。1901年11月，袁世凱被任命為直隸總督兼北洋大臣。他抓住新政這一機會，竭盡全力訓練和擴充其軍隊。從1901年到1905年，袁世凱完成了北洋新軍六鎮的編練，袁世凱的軍事實力和北洋軍閥的基礎完全形成。
北洋新軍在全國各省新軍中人數最多，官兵達7萬之眾，它擁有同時代最先進的武器裝備，訓練也相當正規，可以說是當時中國最強大的一支現代化武裝力量。更重要的是，在擴編六鎮的過程中，已經形成了以袁世凱為中心的比較完整的北洋派係。
袁世凱能在短短幾年中迅速地完成編練北洋六鎮，這與他善於抓練兵權有著極大的關係。袁世凱在編練新軍中深深懂得：要使自己的軍事實力迅速擴大，一定要取得清廷中央的練兵領導權力。為了達到這一目的，1903年3月，袁世凱上奏了他擬定的《陸軍訓練簡易章程》，並建議在清廷中央設立練兵處。而當時清政府也正想通過成立練兵處集中全國新軍的軍政和軍令於朝廷，牢牢地把新軍兵權掌握在清皇室的手中，因此，對袁世凱的建議極表讚同。同年12月，練兵處在北京正式成立。慈禧太後任命皇族奕劻為總理練兵事務大臣，袁世凱為練兵會辦大臣，皇族鐵良為練兵襄辦大臣。從表麵上看，練兵處的大權是由清皇族所掌握，但實際上大權卻掌握在袁世凱手中。因為練兵處成立不久，奕劻就以自己年老多病，奏請慈禧太後將練兵具體事務責成袁、鐵“悉心經營”。鐵良雖為滿人，但年輕資淺，又缺乏練兵經驗，而袁世凱卻多年練兵有方，所以實際上掌握了練兵處的最高領導權。另外，練兵處下設的各機構要人都是袁世凱的親信。袁世凱曾向慈禧太後推薦其心腹徐世昌、劉永慶、段祺瑞、王士珍等人，說他們“隨同臣當差有年，知之最悉，均屬切實可靠”。在他的推薦下，後來徐世昌升為練兵處提調，劉永慶升為軍政司正使，段祺瑞升為軍令司正使，王士珍升為軍學司正使，練兵處的重要職位幾乎全被袁氏集團的成員所包攬。袁世凱還通過練兵處，製定了各種章則法令，包括新軍的編製、官製、訓練、裝備、薪餉等各項法令。通過這些措施，袁世凱控製了全國練兵的用人權、經費權、軍械製造權和練兵考察權。掌握全國的練兵權為他迅速編練北洋六鎮提供了有利的條件。他通過練兵處，吸全國之財，以供北洋一區練兵之用。他向各省攤派練兵費，將這些經費集中用於編練北洋六鎮。如1905年，各省實際交練兵處的白銀911萬兩，而其中600多萬兩用於擴編北洋六鎮。