奕劻管部後，職權在鐵良之上，因此軍事係統的改組仍將在和袁氏有交情的人監督之下進行。奕劻素來黨袁，乃人所共知。鐵良曾想效法袁世凱以財貨投其所好，將其拉到自己的陣營，便於奕劻生日時送以萬金，不料奕劻說：“此不是來開玩笑乎？”奕劻本無貨不收，而唯鐵一處拒收，這對於鐵良是一個很大的打擊。在奕劻的牽製下，鐵良舉措失著。不久即有人謀倒鐵良，其術極巧而工，致使鐵良朝眷頓衰。其術其人為何，已不可知，但可以肯定，與慶、袁有關是無疑的。
同時，陸軍部從袁世凱手中收回的四個鎮也未完全保住。
1907年3月，東三省改設行省，徐世昌被任命為東三省總督兼管三省將軍事務，並授為欽差大臣，而三省巡撫之職則分別為唐紹儀、朱家寶、段芝貴所得。一時間，袁世凱這些部將私黨麇集東北地區，竊居了東三省的軍政要職。徐世昌又借口鞏固東北邊防吃緊，要求帶兵出關，為此奏請陸軍部將“陸軍第三鎮全隊撥赴東省，再於第六鎮及二、四、五鎮內抽撥步、炮、馬各隊，立混成兩協，令赴東省，填紮外兵撤退地麵，均歸總督節製，以重邊衛”。這樣一來，原定部轄的北洋四鎮中相當一部分兵權又被袁世凱在東三省的替身徐世昌奪走。袁氏集團就是用這種手腕，把鐵良及其同黨所掌控的六鎮軍隊又奪去了一半。第三鎮雖然名義上繼續隸屬陸軍部，實際已在徐世昌管轄之下。至於第一混成協，不久連番號也失去了，它於1909年劃歸奉天，成為第二十鎮的骨幹。陸軍部明暗吃虧，不僅失去它的一部分實力，還要出錢供養駐紮東三省地區的北洋軍。北洋派依舊牢牢控製著北洋軍隊。不僅如此，原東北舊軍40多營的張作霖部也收歸北洋軍支配。水漲船高，袁氏爪牙們的提升，表明袁氏集團的勢力仍在潛滋暗長。
對於這種結果，滿洲親貴們自然不會甘心，他們仍然要求慈禧太後罷黜袁世凱。為了徹底削奪袁世凱的兵權，同年7月，袁世凱被內調為軍機大臣兼外務部尚書。慈禧太後將袁世凱調京，表麵上是提升他，給以主持全局的重任，實際上是讓他離開直隸地盤，徹底失去對軍隊的直接指揮權，此乃削去實權予以高位明升暗降之計。但繼任直督的卻是袁所保薦的楊士驤。楊為袁親信之一，受任後“一躡故跡，不稍變，內外晏然，不知帥之易者”。直隸軍政大權仍為袁世凱所牢牢控製。
主持外務部畢竟不是袁世凱之終誌，他仍尋機奪取陸軍部，袁鐵之間仍然暗潮洶湧。早在袁世凱未入京之前，他就參劾鐵良任用私人，毫無展布，將北洋數鎮搞得前功盡棄。入京後，攻鐵更加不遺餘力。當慈禧問他奕劻貪否時，他說：“慶，人多謂其營私……其操守廉潔，實為當時之罕。嚐聞本年（慶）壽時，寶（鐵良）送壽儀巨，（慶）堅拒不納，是之操履人所共知。而寶管軍務不久，何來如許巨金？”慶王當初拒賄的目的原來在此，袁此時向慈禧奏明，用心頗深。鐵良聞訊後，知自己已入他人圈套，急忙具折自陳說：“從前中央集權非創自奴才也，今果中央集權矣，而又有不願者，請將奴才力予罷斥”，暗示袁世凱對於陸軍部心懷叵測。此時慈禧對袁已有疑心，故對袁參奏鐵良一事不予理會，卻派奕劻赴鐵良宅溫諭慰留。袁世凱見勢不對，急忙掩飾說：“我劾陸軍，我豈能管陸軍！”與鐵良見麵時又“力矢不管陸軍”雲雲，其計終未得逞。但次年袁又向鐵良提出：全國訓練三十六鎮新軍的計劃正在實行，統製、協統、標統和兵備、參謀、教練總辦，非由武備學堂出身或久經訓練新軍者，不能勝任。今後各省添練新軍，自統製以下各官，均應從北洋軍中谘商調派，企圖讓自己的心腹爪牙去控製全國的新軍，擴展自己的勢力，手段愈加巧妙。如果袁世凱的計劃得以實現，則全國的新軍都將置於袁氏集團的控製之下。
載灃驅袁
曆史往往是由一係列偶然的事件組成的。1908年，光緒皇帝和慈禧太後差不多同時去世。根據慈禧的遺命，溥儀繼承皇位，載灃以攝政王身份監國。不久清廷即以袁世凱“現患足疾”，著“回籍養屙”，將他罷黜還鄉。
載灃驅袁，一方麵固然是為了發泄袁世凱當年戊戌告密之恨，但另一方麵，驅袁也是滿洲親貴與袁世凱爭奪軍權的必然結果。載灃出使德國時，新見德皇族之威，軍隊之精，特請教於威廉親王。親王曾教以攬握兵權、整頓武備為第一要事，載灃感觸頗深，監國後，即準備效法德國，集中軍權。而在當時，內外軍政方麵，皆是袁之黨羽，袁氏不去，即無法權歸己手，因此袁世凱已成了載灃集權道路上的最大障礙，即使無光緒戊戌年之事，載灃也終將其去之。