與此同時，袁世凱還大力發展新式教育，推廣學校，提倡實業教育，重視師範教育，重視出國考察及留學教育。據學部1907年統計，直隸辦有：專門學堂12所，實業學堂20所，優級師範學堂3所，初級師範學堂90所，師範傳習所5處，中學堂30所，小學堂7391所，女子學堂121所，蒙養院2所，總計8723所，學生16.4萬餘人，位居全國第二；而直隸學務資產480萬兩，則名列各省之冠。又據1909年學部統計：直隸小學堂數目居全國各省第一位，小學生數目居第二位，中學堂數目和學生數目均居第三位，高等學堂數目及學生數目居第一位；小學教員畢業於師範學堂和外籍教師均居第一位，中學教員畢業於學堂和外籍教員均居第二位，高等學堂教員在本國和國外高等學堂畢業者，均居第一位；勸學所、勸業所總董均居全國第一位。直到民國三四年，直隸的教育還較全國其他各省保持著優勢，這與袁世凱督直期間打下的基礎是分不開的。
袁世凱在直隸總督任內的作為是他一生中業績最輝煌的一段時期，這段時期的政績為他贏得了良好而又廣泛的聲名，從而使他得到了全國各階層的擁護和矚目。辛亥年袁世凱出麵收拾時局，能得到全國人民甚至革命黨人的擁護，和他在這一時期表現出來的政治能力與政治藝術息息相關。
退卻也是一門藝術
1906年11月6日，清政府公布了官製改革方案，袁世凱在這次改革中，所力爭的責任內閣製沒有實現，他所企求的內閣副總理大臣的如意計劃全盤落空。不僅如此，他還失去了所有的兼職。他所掌管的軍權、交通運輸大權也要上交中央，所以，在這次官製改革過程中，袁世凱喪失了不少權力。
在官製改革方案確定後，袁世凱於11月18日被迫奏請開去八項兼職，交出北洋新軍統轄權。
他在奏折中，雖然含有憤憤不平的情緒，但也不失大體。他說：“臣自先世，受國厚恩，複受朝廷特達之知”，委以重任，“即使赴湯蹈火，肝腦塗地，亦不足為萬一之酬”，“無如心雖有餘，力常不足”，懇請開去各項兼差，“若重寄常加於臣身，則疑謗將騰於眾口，使臣因此獲貪權之名，臣心何以自明，使旁觀者因此啟猜嫌之漸，政界亦雲非幸。昔曾國藩嚐奏稱：‘臣一人權位太重，恐開斯世爭權競勢之風’等語，臣區區之愚，竊亦慮此。此則非為臣一人計，兼為大局計”。以此表明他不爭權，且為整個國家考慮而辭去各項兼差。
袁世凱辭去的職務計有：
1．督辦政務處大臣。因該處已改為會議政務處，規定由軍機大臣和各部尚書為會議大臣，袁為地方官，當然不得兼任。
2．練兵處會辦大臣。改革後，練兵處已並入陸軍部，袁的會辦大臣也告終結。
3．招商大臣、電報大臣、督辦關內外鐵路大臣、督辦津鎮鐵路大臣。郵傳部已經設立，接管全國交通事業，因此，袁所兼任的招商局、電報局、關內外鐵路、津鎮鐵路大臣差使同樣等於自行撤差。
4．商約大臣。訂約已告完竣，此職早就是空銜了。
5．督修正陽門工程大臣。此職本無權勢可得，而且已經籌備就緒，去掉此差，隻是省點麻煩。
事實上，清廷早已商議要袁世凱辭去電政、鐵路、輪船招商局差使，隻是袁世凱戀權，不肯交出。軍機大臣瞿鴻裰曾囑托張百熙先赴奕劻處請示，而後赴天津勸袁辭去兼職差使。與袁世凱穿一條褲子的奕劻對張百熙說：“慰庭本欲辭兼職，我說且至各設專部再議，渠不致不交。汝可告他，既設專部，部中應有全權。”奕劻為袁粉飾了一番。張百熙這才專程赴津，規勸袁辭去各項兼差。
好在官製改革後，袁的黨羽在中央各部仍然占有優勢，就是說，他有所失，亦有所得。如那桐為外務部尚書兼會辦大臣；徐世昌為民政部尚書，趙秉鈞為侍郎；陳璧為度支部侍郎；嚴修為學部侍郎；蔭昌為陸軍部侍郎；載振為農工商部尚書，楊士琦為侍郎；張百熙為郵傳部尚書，唐紹儀、吳重熹為郵傳部侍郎；等等。可見，袁世凱對於政府仍然具有強大的影響力量，不過他隻能間接控製而不能直接指揮。
早在醞釀改革之前，成立農工商部就已成定論。袁世凱害怕盛宣懷走李蓮英、奕劻的路子，謀取農工商部尚書。因為盛宣懷是修訂中英、中美、中日商約的主要負責者，有了這個前提，盛宣懷是可能如願以償的。袁世凱有見於此，就直接找到奕劻，推薦奕劻的兒子、袁的把兄弟載振為農工商部尚書。奕劻怕他年紀太輕，閱曆不多。袁說，不要擔心，明年（1906年），日本大阪開商品博覽會，貝子不妨去參觀，借以了解情況，為保薦他墊底。於此，袁世凱奏請派載振為觀會大臣前往參觀，並奏請與奕劻、載振、袁世凱穿一條褲子的那桐同為觀會副大臣，陪同載振一同赴日本參觀。及至載振上任，其下屬均為袁氏所薦，農工商部也落入袁的勢力範圍。