各種信號表明，袁氏集團分裂已趨明顯化、公開化。
不久，因袁世凱複辟帝製，護國戰爭打響，袁世凱不得不調兵遣將，部署力量，征討護國軍。
環顧左右，誰來主持征滇軍事？最合適的人選當然要數段祺瑞，當年平定“二次革命”，踏平國民黨軍隊，占據長江中下遊各省，就是段祺瑞一手指揮的。但此時段因抵製帝製，被袁世凱解除了陸軍總長職務，正在西山“養病”。當此“國難思良將”的重要時刻，袁世凱又想讓段祺瑞出來主持一切。
一天，袁世凱派人帶了許多禮品來看段祺瑞，要段率軍南征。此時的段祺瑞，猶如當年武昌起義後的袁世凱，清廷要袁出山，他卻借口“足疾未愈”討價還價，隻是段祺瑞不講任何條件，也不出來領兵。段的真正意圖和心態是，袁世凱稱帝必然引起全國的反對，現在西南起兵，看你怎麼應付，我絕不為你當炮灰。他在靜觀時局變化，不僅如此，段祺瑞還分別與護國軍和調往前線的北洋軍暗通消息。
段祺瑞不掛印出征，北洋將領中能和他比肩的，這時候隻有馮國璋了。“北洋三傑”中的另一位是王士珍，因為他無權力思想，辛亥革命後就在家隱居。帝製時雖然被袁世凱請出來取代段祺瑞為陸軍總長，但態度甚為消極，又長期不掌兵權，在人們心目中的印象已經淡化了。而馮國璋則不然，辛亥革命後雖然不像段祺瑞那樣仍掌握中央軍權，但先後做過直隸都督和江蘇都督，後駐紮南京，南京乃東南重鎮，非一般地方都督、將軍所能比。以至於有人把他看作帝製成敗的關鍵，“左袒則左勝，右袒則右勝”。然而馮國璋既不左，也不右，始終居中間立場。對袁世凱要他出任征滇統帥一事，他以有病為名，托辭不就。
段祺瑞和馮國璋是北洋軍中一流的軍事人才，從清末練兵到民初問鼎，直至驅趕孫黃國民黨而穩定全國局勢，他們為袁世凱建立獨裁政權做出了巨大的貢獻。在民主共和的政治局麵下，憑借他們的實力和威望，袁世凱之後，他們有足夠的實力競爭國家元首；而袁世凱稱帝，袁氏子孫萬世一係，就等於杜絕了他們出任元首的機會。最不能讓他們容忍的是，以後他們還要對蠻橫驕氣十足的袁克定稱臣。正如馮國璋所說：“帝製自為，傳子不傳賢，像這樣的曹丕（指袁克定），將來如何伺候得了。”北洋集團中僅次於袁世凱的兩大軍事支柱段祺瑞、馮國璋不支持帝製，不出任征討護國軍的總司令。無奈，袁世凱隻好親自指揮，在北京設立征滇指揮部。此時的袁世凱可謂焦頭爛額，內有護國軍討袁，外有列強不承認帝製；既要征滇，又要應付外交。
這一時期北洋軍中的二流將領，直接參與討伐護國軍的要數曹錕，三流的如張敬堯等，四流的如吳佩孚等。他們這些人不像段祺瑞、馮國璋，具有競爭元首的地位和實力，因此直接聽命於袁世凱。但他們也不是完全死心塌地為袁賣命，而是各有各的考慮。
麵對護國軍的進攻，袁世凱按當年康熙帝平定雲南王吳三桂的策略，分三路進兵雲南。任命曹錕為第一路總司令，第一路包括曹錕的第二師、張敬堯的第七師和李長泰第八師中的王汝賢旅，這是北洋軍正麵進攻的主力，兵進四川。這路軍隊按袁世凱的部署開往前線，然而他們並沒有到前線去建功立業的雄心壯誌，而是考慮萬一袁世凱失敗以後怎麼辦？曹錕的悍將、時為混成旅旅長的吳佩孚說：“我們不能一味地服從命令，應該多留幾手，暗中聯絡各省，將來項城失敗，可免讚成帝製之嫌疑，如果護國軍失敗，則與項城交誼還在，此為一舉兩全之策。”北洋軍主力部隊中的將領竟有如此投機心態，在前線的表現就可想而知了。曹錕按吳佩孚的建議行事，一方麵繼續向袁世凱敷衍，一方麵與各省聯絡，暗通消息。
最早與護國軍接仗的是陳宦。帝製運動中，陳宦可以說是一個鐵杆帝製派。早在帝製運動進行之中，他就曾致袁密電，表示忠心：“我軍人以定亂保安為天職，但知效忠元首，不識其他……伏乞大總統俯順輿情，毅然裁斷，深維孔子正名之義，上追大舜察邇之訓，早定大計，以幸天下。”1915年2月，袁世凱任命陳宦會辦四川軍務，同時抽調北洋軍中的李炳之、伍禎祥、馮玉祥三個混成旅隨其入川，完全將陳宦視作嫡係。陳離京前，按北洋軍內部的規矩，要給總統叩頭謝恩。陳宦帶著三個旅長麵見袁世凱，他“伏地九叩首，膝行而前，嗅袁之腳”，大呼“大總統如不明歲登基，正位中國，陳宦死都不回來了”。陳宦如此作態，連袁世凱都有點受不了。