作為一府的最高長官，包拯要處理的包括治安、交通、訴訟、戶口、賦役、教育、賑災、市容在內的開封府所有工作。其中，執行律法、維護治安、治理刑獄更是重中之重。
當時，開封府有府吏六百人，府中的一切事務也都要經過他們。麵對如此繁複的工作，自然需要開封府府衙這六百府吏的全力配合，包拯才能治理好偌大的開封城。然而，當時開封府裏的官員、屬吏大多是朝廷官員的親信或者權貴人物的子弟，在衙門裏掛個職務、混個資曆，基本都是些懶惰不堪、疏於職守的人。他們不僅知法犯法、欺壓良善、貪汙成風，甚至會聯合起來欺壓刁難新到任的長官。
包拯剛上任時，就有底下的府吏抱出一堆堆文書出來讓包拯處理，想要試探下這位新上任的長官。包拯十分從容的依次處理這些文書，並挑出其中夾帶的過時無用的文書。之後，包拯便對這些敢於挑釁上官的府吏依法嚴格處置，這樣，才扼製了開封府府吏驕橫的氣焰。
這些驕縱慣了的府吏們準備的“第一把火”
不但沒燒到包拯，反而引火燒身，使府吏們知道了這位新上任的包拯是個公正嚴明、不容糊弄的主。而包拯的“第一把火”卻是切實地燒到了府吏們的心頭肉上。
在當時，開封府的規定是，凡是平民要告狀的，不能直接進衙門上大堂向知府申訴，而要先將狀紙遞給守門的府吏，再轉呈給知府，至於究竟是否審理，何時審理，則再由這府吏通知。當時稱這守門的府吏為“門牌司”。因為這“門牌司”的存在，訴訟的百姓無法直接見到知府，想要使自己的官司可以盡快處理，便隻能被刁滑的“門牌司”訛詐勒索，即使冤情再大，若沒有打通這個關節，也是告狀無門，有冤難辨。所以，當時開封城內便流傳著這麼一句俗話——“衙門口朝南開，有理沒錢莫進來。”
而且，如果這原告人銀錢沒使到位，就算得以處理，府吏們在一邊歪曲事實，蒙蔽知府，這案子也很可能無法依法處理成為冤假錯案，甚至最後弄得“原告變被告”。
包拯上任後，這第一件事就是改革弊政。包拯當即宣布：“開正門，徑使至庭，自言曲直。”也就是打開府門，允許告狀的百姓直接走上大堂，當麵向知府遞交狀紙，言明案情。這樣，“門牌司”便成了純粹的“看大門”的差事，而府吏們也無法蒙蔽長官，歪曲事實了。
包拯對訴訟製度的改革，深得民心，開封百姓們都對此盛讚不已，親切地稱呼包拯為“包特製”。
據說，包拯將知府衙門“改革開放”之後，方便了開封百姓進行訴訟，使得告狀的人越來越多。包拯每天處理完公務至關衙後，仍有許多百姓要訴說案情，包拯就下令打開府衙的後門，允許百姓直入府內訴說冤情，這樣一來，老百姓告狀從後門比從府門進入大堂要方便得多，因為當時開的是後門，由於開封府位於皇宮和中央機構的最南邊，人們素稱開封府為“南衙”。“包拯倒坐南衙”的傳說也自此流傳。
包拯在開封府任職時，不僅改革了訴訟製度，還一如既往地就衙門內官員冗雜、辦事效率低下和官吏選拔等問題提出了意見。
宋朝建國後，吸取唐末藩鎮割據的經驗，加強中央集權，重文輕武，設立了許多職務以互相製約，互相監督。這也就使得在確保了朝廷的權力時，朝廷官員冗多，辦事效率也因此下降。包拯就此上疏《論冗官財用等》，通過北宋官員人數較唐朝增長了一倍有餘的切實數據，向仁宗皇帝建議改革吏治。
北宋官位多，官員也多。由於科舉與蔭補製度同行。朝廷能夠通過蔭補直接賜予官爵，使得尚處幼年的小孩子都可以因家室原因獲得封官，枉食俸祿。科舉又一直重詩賦輕策論，雖然仁宗皇帝時有所改善，仍然有許多文人騷客考取進士，但卻不懂得如何治國安邦。
開封府作為北宋的京都，冗官冗費的弊端尤其顯得突出。包拯認真調查研究後，多次向朝廷上疏請求改革吏風，並提出具體的改革辦法。
包拯曾向仁宗皇帝上疏《論取士》，強調了取士得當的重要性，甚至將此拔高到國家興亡的高度。包拯在疏中說道：“治亂之源，在求賢取士得其人而已。”所以，必須“以賢知賢，以能知能，知而用之之謂也”。
同時，包拯還提出對蔭補的官員也要進行嚴格的測試；通過地方上的保薦製度提拔人才；迅速用這些新得到的人才替換那些“奸妄”的官員。
包拯還在《論名堂覃恩》中，大力批評朝廷濫賞官職，濫賜俸祿。
包拯的這些建議對於改革吏治，解決冗官冗費的問題都有很大的作用。