第三東京市是位於箱根山區中央，直接用炸雷（不是N2）炸出的山坳裏，因為SELEE在這塊山坳下發現了一個直徑為13.58公裏的標準圓形漆黑空間，在南極發現的LILITH遺體與這個圓形空間竟然會產生共鳴，在用沙土填滿80%的空間後，就將NERV的本部遷移至此，此空間命名為——黑色月球。LILITH遺體原本隻有胸部以上，在這個圓形空間裏，竟以驚人的速度重生，出現了整個上半身。碇元渡將隆基諾斯之槍刺入LILITH胸口，把黑色月球被填滿的空間開發出了一個人造區域，將LILITH上半身釘在這個人造區域裏的十字架上，並抽取出LILITH的靈魂，LILITH的生長速度終於開始減慢，到目前為止，LILITH已經擁有了膝蓋以上的所有部分。黑色月球的上方和第三新東京市是完全相通的，戰鬥時，機械會將藏有EVA武器和電源的特殊建築上升，一般平民建築下降倒置在空間內。黑色月球被填滿的部分則是NERV本部的核心研究所，有23層鋼甲板防護，外形是一個凹進去的金字塔，旁邊的NERV發令室則是一個凸起的小型合金金字塔。
根據《死海文書》的記載，在使徒與黑色月球內的LILITH接觸的時候，所有人類將會消失軀體，也是“人類補完計劃”的最終目的。
SELEE隱藏的情況是：在2000年“人類進化智能研究所”研究南極的ADAM與LILITH之卵的時候，SELEE同時派出一支小分隊進發死海的約旦地區北部的克蘭河穀，在挖掘出死海文書的山洞中找到了三個“傳說中的聖器”，按照“死海文書”的記載，這三種聖器擁有不同的效果，希臘王者的聖戒可以為命運選中的人刻上神聖的印記，聖經中耶蘇的裹屍布可以賦予命運選中者成為神的智慧與勇氣，古巴比倫的圖紙則能讓“生命之樹”在ADAM（被EVA所代替）體內生長並結出使人類回歸福音的果實。SELEE成立NERV並讓NERV以ADAM為藍本不斷開發出更好更強的EVA係列人型決戰兵器，不僅是為了打敗使徒，更重要的原因是，他們想要重現神，隻要EVA與刻上聖痕的使者接觸，連接所有的心靈，“人類補完計劃”就正式成功。
“嗨，蒼葉君。”加持從人行入口進入NERV本部，早已等待在關卡前，他正笑著朝賓士車揮手。
蒼葉從車內鑽出，朝加持回禮，他感覺有些眩暈，被繃帶包住的額頭狠狠地痛起來，眼前一黑，栽倒在冰涼的地板上。加持的臉上沒有一絲驚慌，他抱起蒼葉的身子，支開了四名NERV情報司人員。
加持摸了摸蒼葉的額頭，像開水一樣滾燙，讓他禁不住縮回了手。他無奈地搖了搖頭，自言自語道：“被命運選中的少年？反應還真是強得可怕啊，LILITH？還是ADAM？或者是……EVA……”
“哢噠、哢噠、哢噠……”清脆的腳步聲遠去，從合金門後跳出一個靈敏的紅色身影，仔細一看，原來是葛城美裏，她的神色堅定，腰間的皮帶上還插著一把帶消音器的新型PPK。
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(本章完)