公元2000年，有一顆大質量的隕石掉落在南極，因而造成了一場前所未有的巨大浩劫。“第二次衝擊”就此產生。
水位上升，天災四起，經濟崩壞，世界人口銳減為二分之一。
就在15年之後，好不容易複興的跡象出現一線曙光的時候。人類卻又遭逢新的危機。
這就是：使徒。
接二連三來襲，來路不明的巨大戰鬥武器群。他們真的像是他們的名號一般，是“神的使者”嗎…？
為了對抗預測中即將來襲的“使徒”，人類開發了泛用的人型決戰武器“福音”（EVANGELION）。2015年時已經有3駕進入實際應用階段，而且也選出了三名少年少女，做為“福音”的駕駛員。
大人隻能將未來的希望寄托在他們身上。
肩上扛著人類存亡這種命運重擔的少年們，他們的戰役將於此刻展開——
時間公元2015年。
直升機轟鳴的聲音，從上麵俯瞰灰藍色海麵。可以看到水動波紋，映照著太陽光斑。
從直升機下看，是被海水淹沒的城市樓房群廢墟，依稀可見昔日繁榮的景象。直升機一路向前飛去，進行探測，跟蹤。
有要跟蹤的東西嗎？
陰影，水下，巨大人型怪物，漂流而來。身上散發了六個橙色圓形發光體。
鏡頭轉到水下，樓層廢墟中，側麵觀察。人型怪物飄過，長度或者說是身高約12層樓高度。在辦公樓層觀察，怪物身上，一個眼睛一樣的東西，一晃而過。
鏡頭轉換。
“唧——唧——”
蟬鳴聲陣陣，盛夏一樣的季節。
可是並不是夏天…
成排的綠色裝甲炮台戰車停留著，
在海濱公路上等待。
海水淹沒了城市。
一台炮口上，停留著一隻，麻雀。
“唧——唧——”蟬鳴聲不斷。
麻雀受到驚嚇，揮動翅膀鳴叫著飛走。——遠處的被淹沒的樓群中，水麵飛濺起高高的水浪。
電台廣播通訊：“今日12點30分，”
樹下的枯樹枝，一直延伸到水麵。水麵上的樓房頂，長滿了綠色植物，
顯示出距離災難發生很長時間過去了。但這樣的話，枯樹應該早已腐爛消失才對？（B10：“A10小姐，請不要打岔~”）
可能是漲潮關係吧。
電台廣播通訊：“今日12時30分，對以東海地域為中心的關東、中部全部地區。”
鏡頭慢慢平移，轉向左邊更遠的地方。綠色山嶺上，水還沒有淹沒到的地方，低樓群和電線塔遍布。
淹沒區，街道上隻剩下電線杆頭露出水麵。
電台廣播通訊：“發布進入特殊緊急狀態，”
空無一人的地麵地鐵鐵軌，多條成束狀。
霧氣彌漫，遠方景象朦朧不清，一個人影跑動。
電台廣播通訊：“各位居民請立刻到指定地下防空設施避難，”站台上的停留的兩輛新幹線列車，站台卻空無一人。
電台廣播通訊：“再重複一次，”（播放室，A10：“這是真的好敬業。”）
遍觀月台候客棚。
電台廣播通訊：“今日12點30分，”
鐵路幹線信息通知麵板上顯示著成排紅燈標記：全線運行中止。
電台廣播通訊：“對以東海地域為中心的關東、中部全部地區。”
街道上零散停留的轎車，路燈顯示著紅燈。