擅離職守的抗上行為使嶽飛與高宗之間的裂痕加劇。不久之後，又發生了議立太子之事，再度引起高宗對嶽飛的強烈不滿。
在封建社會，冊立太子象征著封建王朝的安定，可以免除皇位繼承權的爭鬥。宋高宗趙構是趙氏王朝的第十位皇帝，他曾有個兒子，但很小就夭（yao）折了，此後再無生育。因此，皇位的繼承權問題引起朝廷內外的關注。
當初起匡胤建立大宋王朝，繼承皇位的應該是他的兒子，但皇位卻被其弟趙光義謀奪。越構是趙光義的後裔，當上皇帝也無可非議。
現在趙構無後，那麼皇位就應該傳給趙匡胤的後裔。趙構也對他的大臣們明確表示，要在太祖的後裔中選立太子，並且表明自己的心意說，太祖靠武力奪得天下，而子孫卻不能繼承，且零落衰敗。我現在就將皇位還給他們，以告慰太祖的在天之靈。
但是，太子的選擇工作進展並不順利。最初挑選了四五人，趙構看過都不滿意。後來又選來一名叫趙伯綜的太祖七世孫，趙構很滿意，於是將其收為義子，但並沒有立即冊封其為太子。不久，受趙構寵愛的吳才人非要再選一個義子由自己撫養，將來再從二人中選一人為太子。這樣，冊立皇太子之事始終未有結果。金朝為了擴大南宋王朝內部的矛盾，決定把宋欽宗的太子趙靖送回南宋。而趙構即位之後，未曾廢除趙靖太子封號。趙靖還朝，必然引起皇位繼承的混亂。
時刻以國家為重的嶽飛想到，隻有在趙靖還朝之前冊封太子，才能避免混亂。他在臨安期間，曾經見過趙窨（趙伯綜過繼給趙構後的新名字），認為趙窨天資聰穎，是理想的太子人選，應盡早冊封。當他向宋高宗提出自己的建議時，宋高宗很不高興，很嚴厲地說：“你的話雖然出於忠心，但你在外握有重兵，不應參與立太子之事。”並警告他以後不得幹預朝政。從此，嶽飛在宗心目中不但是一個桀驁不馴的武官，而且還是一個值得警惕的握有兵權的武將。
善於見風使舵的秦檜揣摸出了高宗的心思，就一個勁兒地在高宗身邊吹風，說嶽飛的壞話，對嶽飛的不敬之舉表現出極大的憤慨，以博取皇上的歡心。
前一段時間，嶽飛還是高宗最信任、最賞識的大將，而現在嶽飛卻成了高宗最猜忌、最不放心的武將，君臣之間雖然表麵上已經和好如初，可是暗地裏卻彼此懷疑，他們之間的裂痕正在一步步地擴大。嶽飛誌在抵抗金兵、收複囯土，高宗對此卻毫無誠意，一心隻想求和，且擔心帝位不保，這就注定了嶽飛後來的悲劇。
嶽飛統率各軍大舉北伐的幻想雖然破滅了，但是揮軍北伐、抗擊金軍的願望卻始終沒有放棄過。嶽飛重新振作精神，整頓軍隊，打算再次出擊。返回鄂州後，嶽飛再次向高宗上奏章，坦率地指出朝廷消極防禦、不敢出兵主動進攻的錯誤。並且主動提出願意帶兵進駐淮河的建議。
嶽飛確實是一位德才兼備的大將，他沒有將個人得失放在心上，一心一意地完成抗金大業。高宗對嶽飛的忠心進行了一番誇獎，也對他的建議進行了考慮，最後決定由嶽飛帶領部隊進駐江州，這樣可同時照顧到其他一些地區。於是，嶽飛拋開了個人恩怨，重新籌備起北伐事業來。