延岑既舉成都而降，張堪率先入城接收。張堪心細，一入城，馬上封存內庫珍寶，編好清單，快書送至洛陽，呈交劉秀。
三日之後，吳漢以勝利者的姿態，趾高氣揚進入成都，抓住公孫述一家老小，殺了個幹淨，再殺盡公孫述家族，同樣一個不留。
延岑舉城而降，算是為漢室立下大功，吳漢殺得興起，又殺延岑，誅其三族。他的一條狗命，幾乎就丟在延岑手上，不殺延岑，何以解恨！
滴血的屠刀，帶給吳漢巨大的快感，於是再殺蜀軍將帥二十餘人。然而這還不夠，仍然不能解恨。成都城中的百姓，沒有一早投降，可見也都是公孫述的同黨，必須嚴加懲罰。吳漢於是又大縱兵士屠城，在成都城中燒殺搶掠，肆意殘暴。
吳漢禍害完百姓，還是覺得不過癮，久聞公孫述宮中珍寶無數，當然也得搶個精光。吳漢領兵入宮，正要大逞威風，張堪笑嘻嘻地迎上，將一份清單遞到吳漢手上，道：“宮中珍寶，都已編好名錄，呈送陛下過目了。大司馬如果想搶，我當然不敢阻攔。隻是日後如果發現少了一件物事，陛下追問起來，不知大司馬可解釋得清？”
吳漢大怒，卻也無可奈何。珍寶搶不成，不是還有宮殿的嗎？於是將珍寶悉數搬出，開始焚燒公孫述的宮殿，大火數日不絕。可憐公孫述自己都沒舍得燒，最終還是成全吳漢放了一場焰火。
吳漢自入成都，前後所殺，達數萬人之多，用現在的觀點看，早已構成反人類罪，理應處以絞刑，可惜劉秀並不這麼想。在劉秀的觀點，會咬人的才是好狗。因此，劉秀聽聞了吳漢的暴行之後，震怒歸震怒，但念及吳漢畢竟滅了蜀國，功大於過，殺了也就殺了，搶了也就搶了，已是既成事實，還能怎麼辦呢？真要追究下去，反而容易讓將士寒心。劉秀最終隻是象征性地下了一道詔書，將吳漢痛罵一頓了事，並無任何追加處罰。
公孫述的天子器物儀仗，拷貝自西漢皇室，幾乎原汁原味，與之相比，劉秀這邊則簡陋寒酸得多。多虧張堪精明，力保公孫述的內庫珍寶完好無損，破蜀之後，張堪將公孫述的瞽師、郊廟樂器、葆車、輿輦傳送洛陽，劉秀現拿現用，這才終於有了像樣的廟堂氣象。
公孫述既死，蜀地盡降。然而，吳漢的暴行卻在蜀人的心中埋下了仇恨的種子。建武十八年（公元四十二年），蜀郡史歆起兵反叛，擁郡自保，蜀地紛起呼應。劉秀再遣吳漢入蜀平亂，吳漢盡管成功鎮壓叛亂，然而仍是惡性不改，多殺無辜。於是同樣的戲碼再次上演，劉秀下詔痛責，吳漢誠懇道歉，表示深刻反省，這事便又不了了之，君臣不傷和氣，百姓活該倒黴。
蜀國既滅，劉秀詔命竇融入朝，河西五郡太守也一道同行，另由朝廷選派新的太守，前往河西就任。如此一來，半獨立的河西五郡也正式並入了帝國版圖。
同年，冒稱漢武帝曾孫劉文伯的盧芳，其大將隨昱降漢，盧芳逃入匈奴。建武十六年，盧芳向劉秀乞降，劉秀封其為代王。明年，盧芳降而複叛，再次逃入匈奴，十年後病死。
至此，天下無敵，東漢王朝版圖大定，中國盡為劉秀所有。
革命已然成功，論功行賞，大饗將士，功臣增封，不在話下，鄧禹、賈複等人心知劉秀有意息兵戈，修文德，皆上交將軍印綬，請歸甲兵。劉秀許之，於是退功臣，皆以列侯就第，不使當朝用事，改以文吏治國。其後功臣或有小過，劉秀總是曲加優容，不予處罰。終劉秀一生，不曾殺一功臣，皆保其福祿，得以善終，為曆代帝王罕見。
而在生活上，劉秀也是一個堪稱另類的皇帝，既不喜歡聽音樂，也不愛飲酒，不愛珠玉等奢侈品，就連對女色也並不熱衷，後宮中僅有陰麗華、郭聖通、許美人等數人而已。
劉秀唯一的愛好，居然是上班，每天準時早朝，一直到太陽偏西才肯下班。下班以後也不閑著，再召集公卿、將軍、郎官等人講論經學義理，直到半夜，方始就寢。皇帝當得如此操心勞累，兒子們都看不過去了，勸老爸道：“陛下有禹、湯之明，而失黃、老養性之福，願頤愛精神，優遊自寧。”劉秀笑著答道：“我自樂此，不為疲也。”
兵火散盡，四海安寧，告別了戰爭，告別了折騰，帝國再次表現出強大的自愈能力，開始了迅速的複興。
帝國繼承人的問題，也在建武十九年（公元四十三年）得以最終之解決。建武十七年冬十月，劉秀廢皇後郭聖通為中山太後，立貴人陰麗華為皇後，預為改易太子張本。建武十九年六月，廢郭聖通之子劉彊皇太子之位，封為東海王，立陰麗華之子劉莊為皇太子。
身後事安排妥當之後，劉秀這一生大事都已辦完，可謂功德圓滿，如果還能有什麼追求的話，那就隻剩下舉辦一次封禪大典了。