同治元年三月，總兵林向榮聞變，遣安平協副將王國忠（嘉義人）、遊擊顏常春（龍溪人）赴嘉義。常春帶番勇百餘名，至柳仔林，遇股首黃豬羔伏中途邀截，且戰且行，二十八日，達邑城，與國忠所帶水師五十名，倉卒備城守。日暮，豬羔糾黨攻城，冐死攀堞上，守者擲以瓦石，不動，燃火藥擲之，始驚潰。兵勇開門逐賊，賊乘勢搶掠而遁。先是百姓誤傳賊不害良民，及見賊肆焚掠，乃大懼戒嚴。
夏四月，豬羔複糾埤堵羅豬羔、湖仔內羅昌、柳仔林黃萬基、黃大戇等賊，引戴彩龍（即戴雲從）、陳弄、嚴辦等來犯。三莊為附縣要隘，台灣每滋事，嘉義必遭圍困者，皆由三莊附賊，南北聲息不通故也。於是紳士王朝輔、陳熙年等同至城隍廟，誓同心拒賊。時賊鋒甚熾，城中餉饋斷絕，殷戶許山（名安邦）傾家貲以給軍，複編籍城中貧民，每日按給錢米，始終不懈。
五月十一夜，地大震，城圯數丈。西門外土牆傾塌，守兵退入城。賊爭顧搶掠，百姓乘夜運木石填塞圯處，安炮據守，天明賊不能入。凡血戰三閱月，至林鎮來援始解。
四月初七日，掛印總兵林向榮統兵三千發郡城，以都司陳寶三為總帶，同知寗長敬辦理糧台。初九日，軍次枋埤，立五大營相犄角；賊據南靖厝、後寮仔相持，以八掌溪為界。戴彩龍糾陳弄、嚴辦、黃豬羔、賴阿矮、王新婦、黃房、黃山虎等，悉眾數萬來犯。時霖雨溪漲，餉項俱屯鹽水港。二十八日，賊據白沙墩，斷我糧道。翌日，官兵出營逐之。義首林有才火藥垂罄，向澎湖兵借用不許。已而賊由後包抄，澎軍腹背受敵，守備蔡守邦、署把總李連陞、外委周得榮被迫落水死。自是青寮、後壁寮皆從賊，而糧道為所斷矣。賊輕官軍，有溪南賊目執旗當先，二賊以藤牌鳥槍翼之，直犯林有才營。有才戒營中伏不動，待其迫近，忽炮響一聲，三賊具中炮倒地，餘賊皆奪氣，諸軍乘之。忽大雨，乃罷。
五月，兵備道洪毓琛派千總龔朝俊帶屯番五百名、從九品陸晉帶勇二百名護餉來援。晉令鄉勇分帶餉銀於身上，眾盡生心。初五日，至安溪寮，遇賊猝至，晉為其下所殺。朝俊且戰且行，歛眾劄營於安溪寮。初七日，賊乘勝攻大營，官軍大潰，軍裝盡失，澎湖把總周允魁戰死。朝俊分軍應援，遇林鎮於荒野，僅有二卒，乃相與退守安溪寮。初九日，移駐鹽水港，收合潰眾。洪道趕造軍械，源源接濟。林鎮堂弟千總林向日在廈門原籍募親兵五百名到台，兵勢複振。於是股首柳仔林黃豬羔、店仔口吳牆俱請降。時嘉義被圍日久，林鎮選精銳八百名，以林有才、王飛琥為前鋒，分遣署守備龔朝俊、把總寗長泰、外委柯必從、勇首李誌揚、李成龍、屯番把總段得壽、屯番外委劉尊賢等分道赴援。六月初八日、轉戰至城下，擊賊破之，陣擒股首王新婦、黃房等，賊營皆潰，嘉義圍解。林鎮駐師嘉義，欲就地捐派，聲息頗達於郡垣。七月，洪道趣林鎮進軍鬥六門，向榮不得已率副將王國忠等懸軍深入，為賊所圍。
九月，鬥六不守。洪道遣候補未入流姚僮募南路粵勇五百名，添調屯丁五百名馳赴嘉義，與署知縣白鸞卿、參將湯得陞合力守禦。時群賊議攻嘉義，偽軍師劉仔屘謂戴逆曰：「鬥六既陷，各處破膽，若悉銳鼓行而南，郡城必望風瓦解。郡城既得，嘉義不攻自破。今以全力攻一小邑，嘉義城堅而眾協，急切未易下也。」不聽。於是降賊黃豬羔複叛，糾陳弄、嚴辦、呂仔梓、廖有譽、廖談、洪花等複圍嘉義。北路賊何守、陳鮄皆率眾助攻，毀拆民居，環築土圍，數十步立一炮台，高與城樓等，以瞰城中虛實。嚴辦、廖談、洪花等妻妾皆立陣前督戰。城內紳士王朝輔、歲貢陳熙年、總理蔡鵬飛等設聯義局，抽市厘，派民兵，輪流守城，無日不戰，至明年二月吳提軍來援，始解，被圍又六閱月矣。
十月二十一日，嚴辦糾番仔溜（溜即向朝江，又名向趣，即劫殺陸晉者）、貓順等攻鹽水港，義首李丙寅、李誌鏞拒之，附近之麻豆莊義首李成龍、李朝魁、查畝營舉人劉達元亦遣勇助戰。溜中鐵鈀，順破腹，俱死。擒斬劇賊張有成等六名。賊死傷甚多。時陳弄、黃丕建屢攻塗庫，為陳澄清所敗。自是不敢複窺郡治，恐兩地議其後也。