同年8月5日，國民黨組成由陳誠、張其昀、張道藩、穀正綱、蔣經國等十六人組成的“中央改造委員會”。知名地理學家張其昀被任命為秘書長，該委員會取代了“中央執行委員會”的職權，成為“太上內閣”，正式開始對國民黨的改造。在國民黨中央改造委員會第二次會議上，通過《中央改造委員會大綱》。會後提出中國國民黨改造綱要，稱為《本黨改造綱要》。共十一大項：
（一）總則。中國國民黨為民主政黨並擴大其社會基礎；對於其他反共抗俄的民主政黨尊重並與他們合作，共同“為拯救國家維護民主政治而奮鬥”。
（二）國民黨的構成。以廣大民眾為社會基礎，以愛國的革命分子為構成。
（蔣介石監誓國民黨改造委員宣誓就職）
（三）國民黨的組織原則：“民主集權製”；個人服從組織；少數服從多數；下級服從上級。
（四）國民黨的組織整頓共十條。主要是“淘汰腐惡分子，加強革命陣容，實行徹底整肅”。其肅整對象為：“叛國通敵”者、“跨黨變節”者、“毀紀反黨”者、“貪汙瀆職”者、“信仰動搖”者、“不正當經營以取暴利為目的”者。
（五）國民黨的幹部原則四條：大公無私、忠誠守紀和有領導才能以及接近青年、勞動民眾“並能為其利益而奮鬥”。
（六）國民黨的作用。徹底改革過去錯誤作風，為實現主義而奮鬥，深入民眾；講求效能；精誠團結。
（七）國民黨的領導。1．以原則為領導：以思想溝通全黨；以政策決定人事；以工作考核黨員；以是非解決糾紛。2.一元領導組織決定一切；“領袖采行組織決定，幹部貫徹領袖的意誌”；“以組織決策，以政策領導政治”。3.民主領導：上下意見溝通；“以討論統一意見，以說服打通思想”；“以宣傳號召同情”；“以實踐取得信任”。
（八）黨員權利與義務。權利是：有選舉和被選舉之權；“有受提名扶植之權，有愛黨救國撫恤之權”。義務是：研究理論；宣揚主義；遵守黨章；繳納黨費；出席會議等義務。
（九）紀律五條。不準違反肅整條款；保密規定；不準組織小組織和違背黨的政策與命令和不繳黨費；不準不出席小組會議。對違紀的製裁有四種：警告、停止黨權、開除黨籍、解散黨的組織。
（十）凡處地下之組織，條款另定。
（十一）黨政關係。實行政黨政治，依主義定政策，以政策決定人事，以組織管理黨員；黨的政策應透過民意機關及在政府服務之黨員，依法定程序構成法令及政令。
（國民黨中央改造委員兼各組會負責人合影）
1950年8月16日，台灣“行政院”通過《台灣省各縣市行政區域調整方案》。第二天，國民黨中央改造委員會通過《中央改造委員會各處組會組織章程》，依據新的行政區劃重建黨的地方組織。
這段時期，國民黨改造黨的項目，主要有四個方麵：
一是黨員歸隊和整肅。1950年10月6日，蔣介石發出通報，黨員重新登記，規定登記時間為20日，過期不等，以示其忠心，個別情形可以補辦手續；整肅較為嚴格認真，既對黨員整肅，也對幹部整肅，同時處理黨內外財物，等等。
二是關於黨政關係改造。蔣介石改造國民黨，很注重黨政關係改革，1951年2月28日，“中央改造委員會”通過黨政關係大綱及其說明，指出在民意機關和政府機關均加強黨的控製，設立黨部或政治小組，以黨組織管理和決策。但在司法、考核機關中不設黨組織，使其獨立行事。
在省市縣機構中設政治綜合小組，使黨政民三方麵領導人可以齊集一堂，溝通意見；遇有爭執難以解決時，即由中央裁決。
三是加強民運工作。蔣介石認為自己失敗的重要原因之一在於其黨群關係的對立。到台灣後，他吸收了中國共產黨的黨建經驗，改造國民黨時，所以特別注重改善黨群關係，加強民運工作。具體表現為：為擴大農民的利益辦事；為工人利益辦事；關心青年生活；提高婦女地位等。
四是進行廣泛社會調查，溝通全黨思想，走群眾路線，廣征意見，以便於改造。
蔣介石對黨務的改造，主要有五個方麵：
一是對地方黨務的改造。蔣介石認為黨的改造成敗在基層，基層就是地方黨的組織。1950年9月，“中央改造委員會”通過《中國國民黨省級所屬黨部改造之措施及組織規程》和《改造期間區黨分部小組劃編及改組原則》。10月又通過《中國國民黨省級改造委員會組織規程》和《中國國民黨縣（市）改造委員會組織規程》，作為地方黨改造的根據。同時規定地方黨務改造期限：區黨分部五個月完成；縣市黨部七個月；省級黨部九個月。
二是職業黨部和知識青年黨部之改造。職業黨部又分職業工人和產業工人兩大類，其改造除歸隊、整肅、吸收的黨員外，重在經濟改造運動和社會改造運動。
三是海外黨務改造。首先是恢複海外黨部其次是通過改造強化組織力量；“培訓反共鬥爭精神”；實施黨員訓練；改進黨部與使館聯絡工作。再次是作好宣傳工作，積極開展僑運。