★負責軍委和總參日常工作
★推行軍隊全麵改革
★以我為主，學習蘇聯先進經驗
對黃克誠在軍委的工作，1958年6月毛澤東在軍委擴大會議講話時曾說過：“我四年未管軍事，一切推給彭德懷同誌。不是軍事工作都搞壞了，基本上搞得好。講責任，第一是我，第二是彭德懷，第三是黃老，因為他是秘書長。”
負責軍委和總參日常工作
朝鮮戰爭結束，曆史處於新的起點上。國防和軍隊建設麵臨新的轉折。
此一階段，建設全麵鋪開，工作千頭萬緒，對幫助彭德懷主持軍委全麵工作的黃克誠來說是個不小的考驗。黃克誠後來憶起這段時間的工作，感慨地說：“處於開創時期的軍委、總參，工作問題多得不得了。”
第一個問題，也是首要的問題，就是明確今後的軍事戰略方針和任務。
在解放戰爭期間，我人民軍隊的軍事戰略方針曾有戰略防禦、戰略進攻和戰略決戰的重心變化。取得革命戰爭的勝利後，新生的中華人民共和國應當奉行什麼樣的軍事戰略方針是一個必須回答的急迫問題。它不僅關係到政治、外交、經濟等各項政策和建設，也直接關係到國防和軍隊的發展方向及今後軍事工作的主要任務。
這是毛澤東主席一直在思考的問題，也是主持軍委工作的彭德懷在思考的問題。同時，蘇聯領導人還曾專門向我們詢問過這一問題。在彭德懷訪蘇期間，毛澤東還特意囑咐他要就此征求蘇方的意見。
我國是愛好和平的國家，我們的戰略方針應是“防禦”型的。經過長期思考和廣泛討論，逐步確定了“積極防禦”而不是單純防禦、消極防禦的戰略方針，並由彭德懷在1957年作了專題報告。
中央軍委決定，我國采取“積極防禦”的戰略方針，即是要我軍在防禦中，仍需處於積極主動的地位。具體說，就是我們必須擁有強大的武裝力量，爭取製止侵略戰爭於未發，使敵人不敢冒險來犯。如敵人悍然發動侵略的戰爭，我們就堅決回擊，把敵人打出去，打得它不敢再來。恰如毛澤東說的：人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人。
為此，中央軍委進一步明確今後軍隊的任務：對外抵抗帝國主義的侵犯，對內鞏固人民民主專政，保衛社會主義祖國；還要準備在時機成熟時，解放我國的領土台灣。建軍任務是：把原來單一的陸軍，建設成為現代化諸兵種合成的強大陸軍；要從無到有地建設一支強大的空軍和強大的海軍；要盡力加快各種軍事建設的步伐，加強空防、海防、邊防；加強各種軍事訓練；加強各種軍事設施、軍事裝備；規定一係列統一的軍事條令、軍事法規和各種製度。我們要盡快把我軍建設成為一支優良的、現代化的強大的革命軍隊。
明確提出軍事戰略方針和今後的任務，就有了綱，綱舉才能目張。這其中凝結了包括毛主席、彭總在內的多少人的智慧，也凝結了黃克誠許多心血。
明確了方針、任務，各項工作就有了方向，但具體問題又來了。
黃克誠剛到總參工作的時候，感到最傷腦筋的問題，就是軍費分配問題。
當時，國家初建，財力有限而且百事待舉。國家要現代化，就必須工業化，就首先要建設重工業，就需要大量投資。軍事建設雖然重要，也不能多撥經費。我們隻能在有限的軍費中想辦法，盡量把錢用在最重要的地方。同時還得照顧全局，平衡各方麵的需要。我們不但要會省錢，更得要會用錢。同樣的錢使用得當，便可更好地發揮效益。
黃克誠回憶說：“那時，我們的各軍、兵種都在初建，領導者都是身經百戰的將軍，魄力大、個性強、工作積極性非常高，都要在新崗位上作出新貢獻。他們都向軍委、總參、總後強調自己這個部門的重要性，爭取多撥一些經費。他們要錢、要物資、要外彙，爭論得不可開交。這隻能由軍委、總參會同總後來解決，總後主要是執行者。”
在軍委、總長的領導下，黃克誠確定了基本方針和辦法：第一，不向國家伸手，不上交矛盾，隻在國家批準的範圍內，自行調節、安排、處理。第二，先做政治思想工作，先講國家的困難，講顧全大局的重要性，鼓舞大家要有克服困難的決心，把過去艱苦奮鬥的精神拿出來，千方百計，打一個“少花錢、多辦事”的勝仗、好仗。第三，把經費分配的情況擺出來，全部公開，使大家都了解全貌，才便於從全局著想。同時，向大家講明這樣分配的理由，求得理解和諒解。
在此基礎上，黃克誠常常向各級部隊領導解釋：我們也要顧軍隊全局，隻強調某個局部是不行的，平均主義的分配也是不行的。我們都是高級將領，都懂得戰時不能平均使用兵力，必須從全局考慮，有主次、善配合，才能打勝仗。現在建設也一樣，要全麵考慮、區別緩急，先抓重點、急需的工作。
他還詳細地舉例分析說：“海軍要建設艦隊，當然是合理要求，但費用大、時間長，不是我們目前力所能及的，就應把它當做長期任務來考慮。海軍目前重點是海防，可以先抓急需，搞那些既能加強海防，又建設較快、費用較低的。如潛艇部隊、快艇、小型艦艇等，就實際可行些，又能較快發揮作用。空軍在建軍中是當務之急，我國因沒有空防，抗美援朝時犧牲極大。建設空軍隊伍比海軍艦隊費用要少一些，而需要更急一些。所以我們應考慮重點先建空軍。”
像這樣擺情況、講道理，同時虛心傾聽並吸收大家的合理意見，一般就比較容易解決問題些。但對個別堅持己見，仍然爭論不休者，黃克誠也決不妥協，堅持說服，慢慢就解決了。
黃克誠總結說：“重要的在於保持冷靜，不怕吵、罵，堅持不動搖。如對吵罵凶狠者稍有退讓，那就隻會鼓勵大家都來吵罵，弄得更亂、更無法處理了。”
當然這樣做要得罪不少人，使一些軍隊高級幹部不滿，也隻得聽之任之了。
總後有些幹部，常常被不留情麵地斥責，感到很苦惱，甚至不願幹這個工作。黃克誠就主動開導他們：“我們不要怕挨罵，當麵罵就和他講道理，背後罵就隻當不知道。共產黨員隻要做的事對國家、對黨有利，就要能任勞任怨，挨罵、受委屈都是光榮的。對工作要從黨性原則出發，不要計較個人的得失。”