1920年，藤森直一在移民公司的幫助下踏上了秘魯。此前，直一的目標是夏威夷，因為他的養父已經移民夏威夷，在回來探親的時候把夏威夷說得跟天堂一樣，直一便決心跟著養父到夏威夷闖天下。誰知夏威夷對潮水般湧來的日本移民采取了更加嚴格的限製措施，直一一直無法通過體檢，移民夏威夷的夢想隨之破滅，隨後他選擇了秘魯。
來到秘魯的時候，直一隻有19歲，在距離首都利馬約200公裏的帕拉蒙加找到了一份工作，他希望憑借自己的勞動，幾年後能夠像其他移民一樣衣錦還鄉。
30歲那年，直一帶著辛苦積攢下來的積蓄回到日本娶了養父一個遠親名叫井原六田的女兒為妻。井原六田之所以答應這門婚事主要是因為家裏太窮，嫁給直一可以減輕家裏的負擔。
1934年，夫婦二人回到秘魯，繼續在異國討生活。命運似乎總喜歡和藤森一家開玩笑，正當直一和妻子的經濟狀況逐漸好轉的時候，卻遭到了商業上的失敗，全家頓時又陷入了潦倒的生活。唯一令夫妻倆感到欣慰的是，他們的孩子藤森出生了。孩子的出生給在困苦中掙紮的移民夫婦帶來了光明和希望。
藤森生於1938年7月28日，這天恰好是秘魯的獨立日，所以，直一夫婦認為這個孩子將來一定會有出息。他們的預感成真，52年以後，藤森出乎所有人的意料當選為秘魯總統，而且這一當就是10年。
藤森兩歲的時候，秘魯爆發了一股反日旋風。秘魯人衝上街頭襲擊日本人，搶劫日本人開的商店。那時，直一夫婦開了一家不起眼的輪胎修補店，很幸運，那些暴徒沒有注意到這家店，他們也因此躲過了襲擊。
1940年5月，藤森一家從格勞大街搬到了相鄰的維多利亞大街，新家正對著一個大公園。兒時的藤森性格溫順，臉上總帶著笑容，鄰居們都非常喜歡這個靦腆羞澀的男孩。和其他的日裔孩子一樣，藤森說一口夾雜著日本話的西班牙語，時常遭到當地人的嘲笑，這也是藤森喜歡笑而不喜歡說話的原因。從孩提時代起，藤森就追求完美，如果他不能說一口流利的西班牙語，他寧願不說。
藤森三歲的時候，患了白喉。起初井原六田以為不過是普通的感冒沒有在意，不料病情越發嚴重。由於當地的醫療條件十分艱苦，窮人家的孩子早夭已經是家常便飯，但對六田來說，藤森是他們夫妻的希望，無論如何也不能放棄。於是，在醫生告訴她孩子可能沒救的情況下，她仍舊不眠不休地照顧藤森，三天之後，藤森終於平安地度過了危險期。
所謂大難不死，必有後福。六田因此更加相信藤森將來必定有大作為。
在別國的土地上討口飯吃並不容易，藤森一家在秘魯可謂是受盡了白眼和欺淩。尤其是日本偷襲珍珠港以後，秘魯政府在美國的壓力下對日本人實施了不公平的活動限製，所有的日本小學和初中都被關閉。日本人開辦的零售店、工廠和其他商業也都被秘魯政府控製了。
藤森一家用驚恐的目光注視著這一切，不過好在第二次反日浪潮並沒有出現。整個戰爭期間，藤森一家和所有日裔家庭一樣在動蕩和恐懼中度過。在美國政府的指令下，秘魯政府列出了一份著名日裔人士的黑名單，定期提審或拘禁。有一次，直一還被帶到了警察局，後來在六田的據理力爭下警察才釋放了他。在以後的歲月裏，母親的這種倔強的性格對藤森產生了巨大的影響。
藤森就在這種貧窮、鄙視、暴力威脅的不安定中成長著。童年的生活環境和經曆造就了藤森堅強果敢的性格，要出人頭地的想法也漸漸在他幼小的心靈中紮下了根。
藤森天資聰穎，讀書非常刻苦，小學和初中的學習成績都是全校第一。1955年，他又憑借全校最高分順利考入秘魯著名的莫利納農業大學農業工程係，6年後又以第一名的成績從該校畢業。此後，他又前往歐美留學，先後就讀於法國斯特拉斯堡大學和美國威斯康星大學。學成歸國以後，藤森回母校秘魯農業大學執教。1984年，時年46歲的藤森被提拔為農大科學係主任，同年又當選為該校校長。3年後又被任命為秘魯全國大學委員會主席。
雖然當時日本移民和當地女子通婚的現象已經十分普遍，但藤森還是娶了一位日裔新娘，她就是後來成為藤森政敵、從側麵“毀了”藤森的蘇珊娜·通。三推土機總統20世紀80年代末，秘魯經濟滑坡，社會動蕩不堪。
亂世出英雄。藤森決定棄文從政，在政壇上實現自己出人頭地的理想。1989年7月，藤森和一些無黨派人士成立了“改革90”獨立運動組織，以“廉潔、技術、勤勞”為口號，提出了不同於左派又不同於右派的競選綱領，藤森作為該組織的總統候選人參加了總統競選。