為了穩定政局，藤森孤注一擲，親自率兵捉拿蒙特西諾斯。同時，他又緊急撤換了三軍最高統帥，成功地防止了軍事政變的發生。由於多年從事情報工作，蒙特西諾斯在秘魯有很多藏身之處，再加上他掌握著秘魯龐大的情報網，使藤森的數次逮捕都無功而返。
由於蒙特西諾斯下落不明，所以他的政治盟友、總統藤森就成為眾矢之的。秘魯反對派稱雖然沒有直接證據證明藤森和蒙特西諾斯從事的洗錢、海外存錢等腐敗問題有關係，但有誰能相信這對多年的政治盟友，在某種意義上建立的“權力共生”關係中，藤森能出淤泥而不染？
況且出逃在外的蒙特西諾斯對外表示，他的所作所為均由藤森指使，是藤森為了在國會中獲取大多數席位，指使他賄賂反對黨議員的。
隨著秘魯國內局勢的不斷惡化，藤森逐漸感到留在秘魯的巨大危險。11月19日，趁出席國際會議之機，藤森出人意料地出走日本，並在東京宣布辭去總統職務。三天後，秘魯國會以“不能勝任”為由，拒絕了他的辭職申請並將其罷免，同時接受了政府的全體辭職。
藤森出走日本後，他的前妻蘇珊娜也不再念及舊情，棒打落水狗，猛揭前夫的老底。她在接受采訪時說，藤森早在第一次當選總統的時候就與蒙特西諾斯共同策劃和營造了一個腐敗體製，在他當政的10年間更是做了很多違法的事。由於自己不願意和他們同流合汙，他們就對她進行威脅、恐嚇和折磨，將她軟禁在總統府整整10年。而藤森在私生活方麵也非常不檢點，經常夜不歸宿，到一座豪華賓館與妖媚女郎幽會。
關於醜聞曝光後藤森親自率兵捉拿蒙特西諾斯的舉動，蘇珊娜認為他這是在做戲給別人看。表麵上與蒙特西諾斯決裂，實際上他們一直保持著聯係，他這樣做不過是為了在自己下台後能夠獲得司法豁免權。早在秘魯政局動蕩的時候，藤森就已經做好了應變的準備，他把多年來搜刮的錢財都轉移到了東京的各家銀行。蘇珊娜還進一步揭露說，藤森可能收過哥倫比亞大毒梟巴勃羅·埃斯科瓦爾的錢用來參加總統競選。她還向公眾訴苦，說在她同藤森作對的日子裏，遭受過電擊，被投過毒，眼睛也差點被弄瞎。
流亡在日本的藤森對前妻的話不以為意，對他來說，他已經擺脫了這個“惡毒”女人的陰影，不想再理會她的任何瘋言瘋語。而且，當時的他已經有一位紅顏知己陪伴在身邊，幫他度過最難挨、最寂寞的流亡生活，她就是著名的日本作家曾野綾子。藤森住在綾子提供的別墅裏，閑暇時間在自己建立的個人網站上發表文章為自己辯護，對秘魯的現行政策進行批判。他還一直試圖借日本財團的支持重返秘魯，東山再起。
在過了5年的流亡生活後，藤森乘坐私人飛機抵達智利首都聖地亞哥。當時智利和秘魯兩國關係緊張，藤森以為智利政府不會把他交給秘魯，誰知，智利警方立即逮捕了他。經過近兩年的法律拉鋸戰，藤森最終被引渡回秘魯，準備接受腐敗、違憲等20多項指控的審判。
如今，藤森案的審判還在有條不紊地進行著。在人們唾罵藤森貪汙腐敗的同時，也不得不承認藤森是有突出政績的，他仍是秘魯曆史上很秘魯檢察官要求判處前總統藤森30年監禁。
有政績的總統。
藤森第一次當選總統的時候，秘魯麵臨嚴重的經濟危機，通貨膨脹嚴重、外彙儲備枯竭、失業人數激增、暴力活動加劇、反政府武裝活動猖獗。藤森采取了大刀闊斧的改革，通過10年的努力，秘魯已經成為南美洲較為穩定的國家之一。
此外，藤森的草根性也曾經讓他頗受推崇。他上任後考察偏僻村莊，頭戴草帽，吃農家的粗茶淡飯，睡在農家窩棚裏，給當地建學校、修公路、拉電線，贏得了不少下層平民的稱讚。
然而，往事已矣。
藤森昔日的成就和人格魅力已經隨著他流亡日本而消失殆盡。很多人一直心存疑問，如果真如藤森所說的他自己是完全清白的，那麼他為什麼還要出走日本，在國外宣布辭職？也許是因為蒙特西諾斯掌握著足以決定藤森政治的秘密——藤森不是出生在秘魯，如果那樣的話，藤森的10年統治本身就是一個違憲行為。也有人認為，藤森和蒙特西諾斯的關係，就像浮士德和魔鬼之間的交易。這就可以解釋為什麼蒙特西諾斯的腐敗醜聞一經揭發，藤森便不得不出走日本了。
一盤神秘錄像帶結束了存在10年的藤森王朝，藤森也因此麵臨20多項罪名的指控，如果罪名均成立，藤森有可能要被判30年監禁。
藤森，一代政界巨擘，最後很可能落得被軟禁至死的結局，這不能不說是他傳奇人生的最悲慘的落幕。然而，一招不慎滿盤皆輸，他也隻能獨自品嚐這顆苦果了。