1943年，親軸心國的阿根廷總統卡斯略即將下台，他在總統選舉中力捧自己的心腹當選，這讓很多對法西斯深惡痛絕的人憤恨不已。庇隆借此機會發動政變，並成立了軍人政府。他在政府中積極培養自己的勢力，聚攬人氣，眼看自己的政治基礎就要穩固的時候美國出麵幹涉。美國人說“聯合軍官團”是非法組織，並且要求庇隆辭職。無奈之下庇隆退庇隆和夫人伊薩貝爾。
出，但是他並沒有放棄。第二年，他發動了第二次政變，這次政變軍隊掌握了實權，庇隆的鴻鵠之誌有望變成現實。
可惜的是，這次政變最終還是在國際壓力下失敗了，庇隆在1945年被迫下台。這次沒有上次那麼幸運，國內寡頭力量顯然已經意識到了庇隆的危險性，索性把他扔進了監獄。不過，庇隆在民間擁有很高的呼聲，在他被捕入獄的第二天，民間就爆發了示威運動要求“還我庇隆”。人民的力量被庇隆牢牢攥在手中，他的第一大法寶將他從監獄裏救出。
1946年，庇隆在總統大選中以壓倒性優勢當選為總統，從此他光明正大地成為一國領袖。
在出任總統之後，庇隆按照自己的經驗和計劃在阿根廷實行了別具一格的政治策略。他提出的“政治主權、經濟獨立、社會主義”等策略，致力於幫助人民改善生活。對於共產主義和資本主義兩大陣營，他表示不會偏向任何一方，這是所謂的“第三種立場”。
一晃庇隆在總統的位置上坐了9年，當他準備繼續第二個9年的時候，一場突如其來的軍事政變粉碎了他的夢想。這場政變對於庇隆來說是個提醒也算是種懲罰，因為在他9年的執政時間裏，阿根廷國內通貨膨脹、貪汙不斷等社會問題日益加劇。
1955年，庇隆流亡巴拿馬。盡管庇隆有著不得人心的地方，但他在阿根廷人民心中還是有一定影響力的。在他流亡巴拿馬的時候，國內有股聲音在積極要求庇隆能夠回國。
在巴拿馬，庇隆也有收獲，那就是她結識了他的第三任夫人、後來的阿根廷第一女總統——伊薩貝爾。伊薩貝爾在庇隆最需要安慰的時候走到了他的身邊，兩人在相識數年後喜結良緣。結婚之時，伊薩貝爾30歲出頭，而庇隆已經是年過六旬。伊薩貝爾嫁給庇隆之後也開始涉及政治，從一個舞蹈演員慢慢變成了一個出色的政治家。
可以說，伊薩貝爾後來的從政之路完全是受到了庇隆的影響，她親眼目睹庇隆為了挽回權力所進行的政治行動，這讓她對庇隆政策有了更深刻的了解和體會。1965年，伊薩貝爾帶著庇隆的計劃率先回到阿根廷。當時的民眾情緒十分激昂，他們在無能政府的領導下窮困潦倒，對於庇隆的思念日益深重。在伊薩貝爾努力下，很多庇隆的支持者被組織到一起，開始為庇隆重回阿根廷做準備。
1970年，伊薩貝爾第二次回到阿根廷為庇隆的複出做準備。經過5年的籌劃，複出計劃破土而出。伊薩貝爾的才華在這幾年的磨礪中鋒芒畢露，她組織起庇隆的追隨者，指導庇隆複出的一切具體安排。就這樣，一支強大的擁護庇隆的隊伍迅速龐大起來，這都要歸功於伊薩貝爾的努力。
機會伴隨著阿根廷大選出現，隻要能在這次大選中選出庇隆派，那麼庇隆東山再起就指日可待了。果然，1973年的阿根廷大選，支持庇隆的坎波拉當選為總統，坎波拉宣誓就職後一個月，便率領眾官員親自去接移居西班牙的庇隆夫婦回國。庇隆終於回來了，在外流亡18年後終於回到了祖國的懷抱。令庇隆高興的是，他離開阿根廷18年，可他的人民並沒有因此而忘記他。不得不承認，庇隆能夠在流亡之後依舊擁有如此高的人氣要靠伊薩貝爾這些年的四處奔波，是伊薩貝爾一次次的回國保住了庇隆在人民心中的印象，也是伊薩貝爾的號召和組織讓人民對庇隆的回歸抱有希望。
庇隆回國一個月後，總統坎波拉和副總統索拉諾.利馬就提出辭職。
這一切都是在伊薩貝爾計劃之中的，他們辭職無非是給庇隆讓位。很快，議會又組織了一場大選，總統候選人是已經77歲高齡的庇隆，副總統候選人是一直陪伴庇隆的伊薩貝爾。讓伊薩貝爾一個女人成為副總統候選人，這在阿根廷曆史上還是頭一回。庇隆的反對派就抓住這一點竭力阻止伊薩貝爾參加競選，不過這些反對聲在強大的庇隆派麵前不值一提，伊薩貝爾順利地參加了競選。