嘉靖三十七年，居正曾經看到父親一麵。十九年的日月了，居正從一個平凡的翰林院編修，成為當國的首輔，文明也從一個平凡的府學生，成為首輔的父親。在北京的掌握政權，在江陵的掌握利權。誰能說文明的不是呢？遼王府到手了，重行翻造，純忠堂、捧日樓都蓋好了，沙洲來了，劉總兵送來的銀子，也從瞿塘三峽下來了。快得很，李太白不曾說過嗎？“兩岸猿聲啼不住。輕舟已過萬重山”，這一位七十歲的府學生想起。其餘的，還有許多許多數不清的事件。七十歲的人，應當休息一下，但是這一家的事，交給誰呢？不錯，還有居易、居謙，但是文明究竟放心不下。居正也談起要迎養到北京，可是老年人擱不下江陵的山水，擱不下自己的姬妾，擱不下一切的家事。
萬曆三年神宗忽然問起左右的人來：“張先生的父母還在嗎？”
“先生的父母已經七十幾歲了，”大家說，“還是好好的。”
神宗高興得很，吩咐準備賞賜，一麵親筆寫信給居正：
聞先生父母俱存，年各古稀，康健榮享，朕心喜悅。特賜大紅蟒衣一襲，銀錢二十兩；又玉花墜七件，彩衣紗六匹，乃奉聖母恩賜，鹹宜欽承，著家僮往齎之。
大致是萬曆年夏間，文明病了，有時連走路都困難，居正準備請假省親，偏偏神宗大婚的問題來了，後來婚期決定在萬曆六年三月，居正看到暫時走不得，索性定在大婚以後再行回去。他在給王之誥的信上提起：“老父頃患甚劇，今雖暫愈，然聞動履尚屬艱難，桑榆暮景，風燭可虞。顓擬主上大婚後，乃敢乞身。（”乞身“二字不可信。文集十《先考觀瀾公行略》作”擬俟大禮告成當請告一省覲，“語較翔實。）今定婚期於來歲三月，則陳情之舉，當在夏初矣。遙望此期，以日為歲，奈何？”（書牘九《答司寇王西石》。）
文明這一年七十四歲，疾病纏綿，（敬修《文忠公行實》言“不謂一日晨出登王粲樓，蒙犯霜露，寢疾十有一日，遂卒。”與居正《答王西石書》不合。）終於在九月十三日逝世了。那時從江陵到北京，交通困難，九月二十五日，居正才得到訃聞。內客同僚呂調陽、張四維奏明神宗，神宗頒賜禦筆給居正說：
朕今覽二輔所奏，得知先生之父，棄世十餘日了，痛悼良久。先生哀痛之心，當不知何如裏！然天降先生，非尋常者比，親承先帝付托，輔朕衝幼，社稷奠安，天下太平，莫在之忠，自古罕有。先生父靈，必是歡妥，今宜以朕為念，勉抑哀情，以成大孝。朕幸甚，天下幸甚。（奏疏六《聞憂謝降諭宣慰疏》。）
神宗賜銀五百兩、絲十表裏、新鈔一萬貫、白米二十石、香油二百斤、各樣碎香二十斤、蠟燭一百對、試布五十匹。兩宮皇太後也是照樣賜唁。二十八日禮部奉聖旨，文明“著照例與祭葬，仍加祭五壇”，身後恤典，一切從厚。
但是重大的問題來了。明代內外官吏人等有丁憂的製度，在遇到承重祖父母，親父母的喪事，自聞喪日起，不計閏，守製二十七月，期滿起複。英宗正統七年令，“凡官吏匿喪者，俱發原籍為民”；十二年令，“內外大小官員丁憂者，不許保奏奪情起複”。“丁憂”指親喪二十七個月中，必須解職的事；期滿而後，照舊做官，稱為“起複”。在二十七個月中，由皇上特別指定，不許解職，稱為“奪情”。奪情之事，平常很少見，但是在軍隊中，尤其是在作戰的時候，原談不到“丁憂”，這一類的事，古人稱為“墨魆從戎”，又稱“金革之事不避”。在宗法社會裏麵，政治就是教化，官吏就是師長；主持教化的師長，在教忠、教孝的社會裏，自己先行履行對於亡父、亡母的義務，不能不算是一種合理的行為。
居正照例谘行吏部，題請放回原籍守製。吏部隨即奉到聖旨：
朕元輔受皇考付托，輔朕衝幼，安定社稷，朕深切依賴，豈可一日離朕？父製當守，君父尤重，準過七七，不隨朝，你部裏即往諭著，不必具辭。（奏疏六《乞恩守製疏》。）
居正九月二十五日得訃，這道不許守製的上諭，也在九月發下，一切都是四五日間之事，沒有回旋的餘地。本來居正奪情的事情太嚴重了，居正身後，經過神宗十年到四十八年這個很長的階段，一般人因為後來神宗對於居正的反感，無從追求正確的結論；等到神宗死後，討論可以自由的時候，奪情的經過已經成為長遠的過去，時日不清楚了，事實不清楚了，偽造的根據，曲解的現實，到處作祟，於是奪情的是非，遂成為一個謎。
據說第一個主張奪情的是戶部侍郎李幼孜，馮保主張奪情，居正也有意奪情，因此造成奪情的局勢。其實幼孜第一個提出這個呼聲，隻提出時代的要求，而造成這個時代要求的，卻是居正本人。
自從隆慶六年六月，居正當國以來，這五年三個月的時間，整個國家安定了。政治上了軌道，經濟有了把握，太倉粟支十年，太仆寺積金四百餘萬；北邊的俺答屈服了，土蠻雖然沒有屈服，但是不斷地潰敗，解除了東北方的威脅；內閣裏麵，安靜到沒有一點波浪，更是嘉靖、隆慶以來沒有的現象。這一切是誰的大功？居正去了，這個局麵，交付哪一個？徐階七十五歲了，高拱更和馮保結下生死大仇，都談不到回朝，在野的還有哪一個幹練的大臣？呂調陽是一個忠厚老實的人，他自己沒有大的抱負；張四維也許還有些才氣，但是資曆太差，而且也沒有人望，在朝的又交給誰？居正固然有三個主人，但是慈聖太後和馮保，都說不到自己掌握政權，明代根本沒有太後臨朝和宦官執政的前例；至於神宗，這時才十五歲，慈聖太後還把他當小孩看待呢，更說不到自己負責。一切的形勢竟造成居正非留不可的局麵。這一個局麵是居正自己造成的，居正自己也看到。
其次大學士丁居憂起複，不是沒有故事的。成祖永樂六年六月楊榮丁憂，十月起複。宣宗德元年正月金幼孜丁憂，隨即起複。四年八月楊溥丁憂，隨即起複。景帝景泰四年五月王文丁憂，九月起複。憲宗成化二年三月李賢丁憂，五月起複。這都是故事。五人之中，惟有李賢是首輔，而李賢所處的時代，是一個太平的時代，成化二年，憲宗已經二十一歲，即使李賢丁憂，也還和現在非留不可的局麵有些不同。這一切，慈聖太後、神宗、馮保，連同居正也都看到。
不許守製的上諭下來了，居正再行上疏請求，自稱“是臣以二十七月報臣父，以終身事皇上”，但是語氣並不十分堅定，他甚至說：
臣聞受非常之恩者，宜有非常之報。夫非常者固非常理之所能拘也。臣一介草茅，忝司政本，十有餘年，受先皇顧托之重，荷聖主倚毗之專，無論平日所承，隆恩異數，超軼古今，即頃者聞憂之日，兩宮聖母為臣憫惻，聖心感動，為臣淒惋，慰吊之使，絡繹道途，賻賂之賚，充溢筐篚，又蒙皇上親灑宸翰，特降璽書，中間慰藉之勤篤，勉喻之諄切，尚有溢於聖言之外者。臣伏而讀之，一字一淚，雖旁觀逖聽之人，亦無不傷心酸鼻者。夫自古人臣，以忠結主，商則成湯之於伊尹，高宗之於傅說，周則成王之於公旦，漢則昭烈之於諸葛亮，其隆禮渥眷，辭命誥諭之文，載在史冊，至今可考，固未有謙抑下巽，親信敬禮，如皇上之於臣，若是之退篤者，此所謂非常之恩也。臣於此時，舉其草芥微軀，摩頂放踵，粉為微塵，猶不足以仰答於萬一，又何暇顧旁人之非議，徇匹夫之小節，而拘拘於常理之內乎？且人之大倫，各有所重，使幸而不相值，則固可各伸其重，而盡其所當為；不幸而相值，難以並盡，則宜權其尤重者而行之。今臣處君臣、父子兩倫相值，而不容並盡之時，正宜稱量而審處之者也。況奉聖諭，謂“父製當守，君父尤重”，臣又豈敢不思以仰體，而酌其輕重乎？（奏疏六《乞恩守製疏》。）
無疑地，居正是在考慮應否守製的問題了。十月初二日奉聖旨：
卿篤孝至情，朕非不感動，但念朕昔當十齡，皇考見背，丁寧以朕屬卿，卿盡心輔導，迄今海內安，蠻貊率服，朕衝年垂拱仰成，頃刻離卿不得，安能遠待三年？且卿身係社稷安危，又豈金革之事可比？其強抑哀情，勉遵前旨，以副我皇考委托之重，勿得固辭。（奏疏六《恩守製疏》。）
奉旨以後，居正上《再乞守製疏》，十月初五日複奉聖旨：
覽奏，詞益哀懇，朕惻然不寧。但卿言終是常理，今朕衝年，國家事重，豈常時可同？連日不得而卿，朕心如有所失。七七之期，猶以為遠，矧曰三年！卿平日所言，朕無一不從，今日此事，卻望卿從朕，毋得再有所陳。（奏疏六《再乞守製疏》。）
神宗甚至和呂調陽、張四維說起，即使居正再上百本，亦不能準。守製的請求，已經成為僵局，居正隻得再從旁麵提出，他說：
仰窺皇上之心，不過以數年以來，舉天下之重，盡屬於臣，見臣鞠躬盡瘁，頗稱意指，將謂國家之事，有非臣不辦者。此殆不然也！夫人之才識，不甚相遠，顧上用之何如。臣之不肖，豈真有卓犖超世之才，奔軼絕塵之力，惟皇上幸而用之，故臣得盡其愚耳！今在廷之臣，自輔臣以至於百執事，孰非臣所引薦者？觀其器能，鹹極一時之選。若皇上以用臣之道而用諸臣，諸臣以臣心之忠而事皇上，將臣平日所稱聖賢道理，祖宗法度，此兩言者，兢兢守之，持而勿失，則固可以端委廟堂而天下鹹理。是臣雖去，猶未去也，何必專任一人，而使天下賢者，不得以各效其能乎？且臣尚有老母，年亦七十二歲，素嬰多病，昨有家人到，致臣母意，囑臣早歸。田野之人，不知朝廷法度，將謂臣父既沒，理必奔喪，屈指終朝，倚閭而望，今若知臣求歸未得，相見無期，鬱鬱懷思，因而致病，則臣之心，益有不能自安者矣。皇上方以孝養兩宮，何不推此心以及臣之母乎？（奏疏六《三乞守製疏》。）
神宗的聖旨又下了，他說：
朕為天下留卿，豈不軫卿迫切至情，忍相違拒？但今日卿實不可離朕左右。著司禮監差隨堂官一員，同卿子編修嗣修，馳驛前去，營葬卿父；完日，即迎卿母，來京侍養，用全教思。卿宜仰體朕委曲眷留至意，其勿再辭。（奏疏六《三乞守製疏》。）
這道聖旨，由內閣傳下，神宗再命司禮監太監何進帶去親筆諭旨：
諭元輔：朕以幼衝，賴先生為師，朝夕納誨，以匡不逮。今再三陳乞守製，於常理固盡，於先帝付托大義，豈不鮮終？況朕學尚未成，誌尚未定，一日、二日萬幾，尚未諳理，若先生一旦遠去，則數年啟沃之功，盡棄之矣。先生何忍！已有旨，特差司禮監官同先生子前去造葬，事完便就迎接先生老母，來侍養以慰先生孝思，務要勉遵前旨，入閣辦事，豈獨為朕，實所以為社稷，為蒼生也。萬望先生仰體聖母與朕慻慻懇留至意，毋勞又有所陳。（奏疏六《謝降諭慰留疏》。）
這時禦史曾士楚，給事中陳三謨都上疏，請留居正了。吏部尚書張瀚奉上諭慰留居正，連忙和左侍郎何維柏商議。
“丁憂守製，”維柏說，“是天經地義的事，遷就不得的。”張瀚的宗旨決定了，索性給他一個不理。吏部司官們和尚書說，請他複奏張瀚隻是一味地裝糊塗。他說：大學士奔喪，應當加恩；這是禮部的事，和吏有什麼相幹！皇帝奪情的詔書屢次下來了，官員們正在紛紛請留居正，張瀚隻是捶著胸膛歎息，他認為從此以後，綱常掃地，對於奉命慰留居正的上諭，始終置之不理。給事中王道成，禦史謝思啟上疏彈劾張瀚、何維柏，其結果張瀚勒令致仕，維柏罰俸三月，一切都是十月初的事。奪情的局勢既成，居正沒有回旋的餘地，他隻有承認了。他說：
凡朝士大夫，見者聞者，無不恫切歎頌，皆以大義責臣，謂殊恩不可以橫幹，君命不可以屢抗，既以身任國家之重，不宜複顧其私，臣連日枕塊自思，且感且懼，欲再行陳乞，恐重獲罪戾。且大婚期近，先帝之所付托，與國家之大典禮，莫此為重，乃一旦委而去之，不思效一手一足之力，雖居田裏，於心寧安？用是茹忍哀痛，不敢再申前請，謹當恪遵前旨，候七七滿日，不隨朝，赴閣辦事，隨侍講讀。（奏疏六《乞暫遵諭旨辭俸守製預允歸葬疏》。）
他提出五個條件：（一）所有應支俸薪，概行辭免；（二）所有祭祀吉禮，概不敢與；（三）入侍講讀，在閣辦事，俱容青衣角帶；（紅袍玉帶為吉服，故言青衣角帶。）（四）章奏具銜，準加“守製”二字；（五）仍容明年乞假葬父，便迎老母，一同來京。條件提出以後，奉聖旨：“卿為朕勉出，朕心始慰，這所奏，俱準。歸葬一節，還候旨行。”（奏疏六《乞暫遵諭旨辭俸守製預允歸葬疏》。）
居正奪情之事，雖然是局勢造成的，但是造成這個局勢的，何嚐不是居正？張瀚勒令致仕的時候，居正還沒有承認在閣辦事，但是他已經推薦王國光繼任吏部尚書了。他和國光說：“銓衡重任，非公不足以當之。比時孤方乞歸，然不敢以去國之故，而忘謀國之心，故敢以公進。然公之忠亮，實素簡於帝心，故疏上即荷俞允，非俟孤言以為用舍也。”（書牘九《答太宰王疏庵》。）在苫塊昏迷的當中，居正何嚐有一日忘去政權？居正稱道伊尹，（文集十一《雜著》。）也許他看上伊尹以天下自任的那一點，但是以天下自任，正是熱中政權的一個解釋。
從居正十九年沒有看見文明一麵的事實看來，父子之間的感情，委實已經生疏了。居正和文明中間，無論在誌趣上，在事業上，都看不出一些共同的場所。十九年的日月，三千裏的距離，在父子之間，造成最大的隔閡。居正當然知道丁憂隻是二十七個月的請假，在這個時間以後，隨時可以起複。但是起複隻是一個理論。徐階致仕了，陳以勤、李春芳致仕了，高拱、殷士儋也致仕了，除了高拱偶然一度重來以外，其餘沒有一個再看到北京的城闕。政權正和年光一樣，是不輕易回轉的。居正自從二十三歲舉進士以後，經過三十一年的政治奮鬥，才取得現在的政治地位，他怎能不留戀呢？
明朝的故事，首輔去位三日以後，次輔便把座位從內閣的右邊遷到左邊，翰林院後輩和內閣僚屬都穿紅袍到內閣道賀。這一次他們穿紅袍到內閣來了，大家向次輔呂調陽道賀。調陽是一個老實人，他雖然沒有把座位移到左邊，但是居然接受大眾的道賀。一切增加居正的恚忿。他認識自己還沒有去位，人情已經變了，將來當真去位，那還了得！夏言、嚴嵩對於當日的政權，都曾經支付血腥的代價；以後徐價、高拱，也都經過最大的危險。現在會不會需要自己償還這一筆血債！
留戀、畏懼，這兩種強烈的情緒，占有居正的胸中。但是最大的原因，還是他舍不得當時的國家。在自己當國的五年三個月中間，整個明朝，已經從困頓的狀態中解放出來，成為富強的國家；自己去位以後，會不會重行回到困頓中去？這一切，隻為了一個十九年不曾見麵的父親，代價未免太大了。居正覺得李幼孜的語句還在自己耳朵裏響著：
皇帝衝齡，天下不可一日無相公，相公怎樣忍得回去守製呀！
這樣他才決定辭俸守製的辦法。萬曆八年他在奏疏中說過：
臣又查得前代典禮與本朝律令，凡奪情起複者，皆居官食祿，與見任不殊。故先年大學士楊溥、李賢等，皆從服中升官考滿，以事同見任故也。今臣乃辭俸守製，皇上原未奪臣之情，臣亦未嚐於製中起複，比之諸臣，事體原自不同。（奏疏九《辭考滿加恩疏》。）
居正辭俸守製，但是神宗沒有讓他枵腹從公的道理，所以萬曆五年十月傳旨：
元輔張先生，俸薪都辭了。他平素清廉，恐用度不足，著光祿寺每日送酒飯一桌，各該衙門每月送米十石、香油三百斤、茶葉三十斤、鹽一百斤、黃白蠟燭一百支、柴二十扛、炭三十包，服滿日止。（奏疏六《謝內府供給疏》。）
居正曾和順天巡撫陳道基談起當日的心境：
唁貺再臨，又辱別諭雲雲，敢不敬承雅意。但孤暫留在此，實守製以備顧問耳，與奪情起複者不同；故上不食公家之祿，下不通四方交遺，惟赤條條一身，光淨淨一心，心理國家之務，終顧命之托，而不敢有一毫自利之心；所謂或遠或近，或去或不去，歸潔其身而已。此孤之微誌也。（書牘九《答薊鎮巡撫陳我度言辭俸守製》。）
“辭俸守製”是居正發見的名辭，但是一般人目光中，隻看到他不奔喪，不守製，怙權貪位。居正曾經談到“聖賢道理，祖宗法度”，這句話更引起他們的反感。《論語》是一部家喻戶曉的書，哪一個不曾讀過？在宰我提出要把三年之喪更行縮短的時候，孔子生了大氣，《論語》裏還記著：
宰我出，子曰：“予之不仁也！子生三年，然後免於父母之懷。夫三年之喪，天下之通喪也。予也，有三年之愛於其父母乎？”
孔子的邏輯，認定小孩在出生以後的三年中，全靠父母的愛護，因此在父母身死以後，應當守製三年，報答父母的恩愛。現在居正照舊入閣辦事，還說什麼守製？照舊賜酒賜飯，還說什麼辭俸？一切隻是名辭的簸弄，還談什麼聖賢道理？最可恨的是負著言論責任的禦史、給事中，現在不但不曾彈劾，反而陳請慰留，甘心成為權門的鷹犬！一般人正痛恨著。
萬曆五年十月初五日，天上發見彗星，從西南方直射東北，蒼白的色彩，像一道幾丈長的白虹，從尾星、箕星，越過牽牛，一直掃射到織女星。這真是一個很大的變異。不錯，荀子曾經說過：“夫日月之有蝕，風雨之不時，怪星之黨見，是無世而不常有之。上明而政平，則是雖並世起，無傷也；上暗而政險，則是雖無一至者，無益也。”（《天論》）但是荀子的話，一般人不一定讀過，他們看到的隻是這個非常的大變。彗星出現以後，神宗下詔修省。修省是一種反省的工作，皇帝要百官修省，百官當然也可以請皇上修省。第一個上疏的是翰林院編修吳中行，他說：
居正父子異地分暌，音容不接者十有九年，一旦長棄數千裏外，陛下不使匍匐星奔，憑棺一慟，必欲其違心抑情，銜哀茹痛於廟堂之上，而責以諉謨遠猷，調元熙載，豈情也哉？居正第自言聖賢義理，祖宗法度。宰我欲短喪，子曰：“予也，有三年之愛於其父母乎？”王子請數月之喪，孟子曰，“雖加一日愈於已。”聖賢之訓何如也？在律，雖編氓小吏，匿喪有禁，惟武人得墨衰從事，非所以處輔弼也。即雲起複有故事，亦未有一日不出國門而遽起視事者。祖宗之製何如也？事係萬古綱常，四方視聽，惟今日無過舉，然後後世無遺議，銷變之道無逾此者。
中行隆慶五年進士，是居正的門生，上疏以後，進謁老師，連同底稿也遞上了。
“這一道奏疏，”居正愕然地問道，“已經奏上了嗎？”
“沒有奏上以前，不敢和老師提起的。”中行說。
中行上疏的第二天，居正另外一個門生，隆慶五年進士現任翰林院檢討趙用賢上疏：
臣竊怪居正能以君臣之義效忠於數年，不能以父子之情少盡於一日；臣又竊怪居正之勳望積以數年，而陛下忽敗之一旦！莫若如先朝楊溥、李賢故事，聽其暫還守製，刻期赴闕，庶父子音容乖暌阻絕於十有九年者，得區區稍伸其痛於臨穴憑棺之一痛也。國家設台諫以司法紀，任糾繩，乃今嘵嘵為輔臣請留，背公議而徇私情，蔑至性而創異論，臣愚竊懼十氣之日靡，國事之日淆也。
用賢上疏的第二天，刑部員外郎艾穆、主事沈思孝又聯名上疏了。中行、用賢上疏請令居正奔喪歸葬，事畢回朝；艾穆、思孝則請令居正回籍守製。他們說：
陛下之留居正也，動曰為社稷故。夫社稷所重，莫如綱常，而元輔大臣者，綱常之表也。綱常不顧，何社稷之能安？且事偶一為之者，而萬世之不易者，先王之製也。今棄先王之製而從近代之例，如之何其可也？居正今以例留，腆顏就例矣，異時國家有大慶賀、大祭祀，為元輔者欲避則害君臣之義，欲出則傷父子之親，臣不知陛下何以處居正，居正又何以自處也。徐庶以母故辭於昭烈曰，“臣方寸亂矣。”居正獨非人子而方寸不亂耶？位極人臣，反不修匹夫常節，何以對天下後世？臣聞古聖帝明王勸人以孝矣，未聞從而奪之也；為人臣者移孝以事君矣，未聞為所奪也。以禮義廉恥風天下猶恐不足，顧乃奪之，使天下為人子者皆忘三年之愛於其父，常紀墜矣。異時即欲以法度整齊之，何可得耶？陛下誠眷居正，當愛之以德，使奔喪終製以全大節，則納常植而朝廷正，朝廷正而百官萬民莫不一於正，災變無不可弭矣。
北京禦史、給事中請留居正的奏疏來了，南京禦史、給事中請留的奏疏來了，南京尚書潘晟也上疏請留了，偏偏居正的門生和刑部兩個屬官上疏請令奔喪，甚至請令守製。這是為的什麼？是反動的勢力，還是另外有什麼陰謀？居正正在痛恨和憤慨。外邊的風聲愈來愈緊張了。從嚴嵩時代起，凡是攻擊輔臣的，常得廷杖的處分，高拱時代不是也準備廷杖言官嗎？一切都在人們的記憶中。居正在七七以內，本來沒有入閣辦事，他在出處方麵，原有周旋的餘地，神宗要留居正，便不能不給居正滿意。杖、杖、杖，惟有廷杖才是滿足居正的辦法。然而廷杖是怎樣一種處分呢？受刑未畢，隨即死在廷中的故事，大家也還記得。血腥又蕩漾起來！
禮部尚書馬自強晉謁居正，居正匍匐在孝幃裏麵。自強極力為中行等解釋，他說這一群少年人，固然是年少氣盛，冒昧無知，但是他們隻是為的國家，並不是有意攻擊首輔；他說皇上盛怒之下，惟有居正上疏，為他們營救，才可免去一場大禍。自強真有些黯然了。
“居喪之中，管不了外麵的事，請馬尚書原諒罷。”居正鋪匐著回答。
翰林院的官員們一齊上疏救援了。侍講趙誌皋、張位、於慎行、張一桂、田一俊、李長春，修撰習孔教、沈懋學都具名，但是這一次上疏，隻是石沉大海，一點影響也沒有。眼看吳中行等四個都要受刑了。他們焦急得了不得。新科狀元沈懋學想起居正的兒子嗣修，他寫信給嗣修，請他和居正說情，一連去了三封信，但是嗣修不敢向居正說。懋學惶急了，他知道李幼滋和居正接近，幼滋不是提倡講學的嗎？和他談一些綱常之道，一定可以生效，因此懋學又去信了。幼滋的答複隻是這幾句：“若所言，宋人腐語，趙氏所以不競也。張公不奔喪，與揖讓、征誅，並得聖賢中道，豎儒安足知之！”居正最初請求守製，現在簡直是有意不奔喪，從被動成為主動，甚至認為聖賢中道，幼滋這一番言論，更引起一般人的不滿。
廷杖的執行更加迫切了。翰林院常院學士王錫爵約齊十幾位翰林院同僚，拜訪居正。居正托辭不見，眼看又成僵局。錫爵急了，一直奔到孝幃前麵，他又向居正疏解了。他為吳中行等辯護，他請居正申救。
“聖怒太嚴重了，說不得。”居正說。
“即是聖怒嚴重，”錫爵侃侃地說，“也是完全為的相公。”
居正伏著叩頭道，“大眾要我去，偏是皇上不許我走，我有什麼辦法？隻要有一柄刀子，讓我把自己殺了吧！”（見王世貞《首輔傳》卷七。又《明史紀事本末》卷六十一雲，居正屈膝於地，舉手索刃，作刎頸狀，曰：“爾殺我，爾殺我”。《明史稿？張居正傳》雲：居正至引刀作自剄狀，以脅之。《明史？王錫爵傳》言居正徑入不顧。今按世貞與錫爵往還甚密，言較可信，其餘則傳聞之辭也。）
錫爵駭然地退出了。就這樣決定吳中行等受杖的命運。十月二十二日行刑。中行、用賢各杖六十，杖畢，拖出長安門，再用門板抬出北京。中行已經氣絕，幸虧中書舍人秦柱率領醫士把他救活，大腿上的腐肉割下幾十塊。用賢是一個胖子，總算受得起，但是大腿上割下來的腐肉有手掌大，後來他的妻索性把這塊肉風幹，留給子孫，作為傳家的教訓。在他們兩人逐出北京的時候，日講官右庶子許文穆送給中行一隻玉杯，上麵鐫著幾行字：
斑斑者何卞生淚，英英者何藺生氣，追追琢琢永成器。
用賢所得的是一隻犀角杯，上麵也有幾行字：
文羊一角，其理沈黝，不惜刻心，寧辭碎首？黃流在中，為君子壽。
艾穆、沈思孝所受的待遇更慘了。廷杖八十以後，手足加了鐐梏，收監三日，再得到充軍的處分，艾穆遣戍涼州，思孝遣戍神電衛。艾穆、平江人，在湖南、湖北沒有分省以前，和居正算是同鄉。居正痛切地說：“從前嚴分宜（嚴嵩，分宜人。）當國的時候，沒有同鄉對他攻擊，如今我比不上嚴分宜了。”他回想到門生和同鄉都向自己攻擊，真有些感慨係之。
氣量寬宏的大臣，遇到這個局麵，用不到憤激，更談不上廷杖，爭是非本來是很平常的，為什麼要流血呢？但是明朝的政局，本來不是一個心平氣和的局麵，居正也不是一位氣量寬宏的大臣。他總以為這樣便可以壓抑當時的輿論，偏偏中行等四人血流滿地、氣息僅屬的形態隻激起了一個誌士的憤慨。這是萬曆五年新科進士，觀政刑部的鄒元標，後來熹宗天啟年間一位有名的大臣。元標看到廷杖以後，隨即上疏：
陛下以居正有利社稷耶？居正才雖可為，學術則偏，誌雖欲為，自用太甚。其設施乖張者：如州縣入學，限以十五六人，有司希指，更損其數，是進賢未廣也；諸道決囚，亦有定額，所司懼罰，數必取盈，是斷刑太濫也；大臣持祿苟容，小臣畏罪緘默，有今日陳言而明日獲譴者，是言路未通也；黃河泛濫為災，民有駕蒿為巢、啜水為餐者，而有司不以聞，是民隱未周也；其他用刻深之吏，沮豪傑之材，又不可枚數矣。伏讀敕諭：“朕學尚未成，誌尚未定，先生既去，前功盡隳。”陛下言及此，宗社無疆之福也。雖然，弼成聖學，輔翼聖誌者，未可謂在廷無人也。且幸而居正丁艱，猶可挽留，脫不幸遂捐館舍，陛下之學將終不成，誌將終不定耶？臣觀居正疏言：“世有非常之人，然後辦非常之事”，若以奔喪為常事而不屑為者。不知人惟盡此五常之道，然後謂之人。今有人於此，親生而不顧，親死而不奔，猶自號於世曰：“我非常人也”，世不以為喪心，則以為禽彘，可謂之“非常人”哉？
奏疏上去兩天以後，元標廷杖八十，謫戍都勻衛。天啟年間，元標為左都禦史，一次在進侍經筵的時候，跌倒下去。熹宗連忙派內官去慰問，大學士朱國祚說道：“元標在先朝，因為直言受杖，至今步履猶艱。”四十餘年的事了，這一次的廷杖，留下不滅的遺跡。元標後來也曾說過：“大臣和言官不同：言官隻要風裁卓絕，大臣非大利害，即當護持國體，哪能和少年一樣地輕動？”大致他對於萬曆五年的建言，感覺到一些懊悔。萬曆十年，居正身死，次年，革除官蔭諡號，直至天啟年間，才能追複官職，那一次卻完全得力於元標的建議。