隨著戰爭勝利在望，秦始皇首先大批遷徙內地民眾到嶺南地區屯戍墾殖。據《漢書·晁錯傳》記載，最早被遷徙的是有罪逃亡的人、奴隸，出贅於婦家的男人、商人；之後是父輩、祖輩犯罪受牽連的人；再之後就是像陳勝、吳廣一樣居於裏門左側的平民。在對嶺南的戰爭全麵結束時，即到了秦始皇三十四年（前213），他就把那些執法不當的獄吏直接發配到嶺南了。
值得一提的是，作為南征主將之一的趙佗，這時候也提出需要從中原往南遷徙民眾。他上書秦始皇，指出進駐嶺南的秦軍士卒需要縫補衣褲，請求派遣三萬名無夫女子進赴嶺南。秦始皇批準了一萬五千名。後來的史家認為，此時的趙佗已看出秦之將亡，已有長期留駐嶺南，不準備北歸的意圖了。
這些不同身份、不同等級、不同族群的內地民眾大規模南遷，對於開發嶺南、促進民族間的交往以及推動嶺南地區的文明發展進程，無疑有著積極的意義。這也是中國南方的第一次大的民族融合。
在民族和文化融合過程中，同時要解決的是嶺南地區的管理問題。秦始皇隨即在嶺南推行郡縣製，在統一六國建立三十六郡的基礎上，又在嶺南設置了南海郡（今廣東大部分地區）、桂林郡（今廣西大部分地區）、象郡（今越南北部和廣西一部分地區）三郡，把嶺南地區正式納入一個國家的管理體係之中，以郡縣製為基礎推行中央集權製，郡設守、尉、監禦史等，分別掌管政務、軍事和監察，縣設令或長管理各郡縣。
嶺南置三郡後，由南海郡尉統製三郡，同時設郡一級最高長官郡守。由於三郡初置，官製並不完備；嶺南地僻，與中央聯係又相對困難；此外，嶺南新歸於秦，當地的反抗意識十分強烈，所以，秦始皇賦予南海尉任囂有相對獨立和專斷的權力，並集軍、政、財權力於一體。趙佗此時被任命為南海郡屬下的龍川縣令。根據史料記載，目前我們可知的南海郡下轄的縣至少有番禺、龍川、博羅、揭陽四縣。
番禺是南海郡的郡治，位置在今天的廣州，是秦代嶺南三郡的政治中心，其核心區在今天北京路原兒童公園一帶。
趙佗，河北真定（今河北省正定縣）人，是龍川置縣後的第一位令長。龍川的得名，據說是該地曾有龍穿地而出，龍穴流出泉水，因此稱龍川。其地望比今天的龍川縣要大得多，可能涵蓋了如今的整個河源地區。趙佗任龍川令之後，即在此築城。其佗城舊址，在今龍川縣佗城鎮。佗城鎮內至今還有一口“越王井”，相傳就是趙佗所鑿。附近還有用以紀念趙佗的越王廟，附近有山至今還被稱作越王山，足見趙佗影響之深。