要保持企業持續健康快速發展，必須要不斷深化改革，優化結構，吳方輝帶領洪都公司堅定不移地推進各項重大改革。2003年以來，洪都公司陸續實施了摩托車子公司政策性破產、主輔分離輔業改製、軍品科研生產能力結構調整、分離企業辦社會職能、管理機構精簡瘦身等多項改革工作，從而有效地精幹了主業，優化了企業產品、產業和人員結構。吳方輝還主持了公司股份製改革工作，成立了上市公司，並在成功募集9．1億元資金基礎上，2010年又通過上市公司再融資25億元，為洪都公司的發展奠定了堅實的基礎。
吳方輝始終認為，國有企業有著其他企業所不能比擬的資源優勢，隻要建立了適應市場經濟的運營管理機製，國有企業的發展潛力將得到充分的釋放。因此，幾年來，吳方輝同誌堅持以創新的精神推動管理升級，積極開展管理創新活動，在全公司推行EVA管理、6S管理、精益管理、資產管理、六西格瑪管理，推動其標準化和管理升級。通過推進管理創新，創造了省部級以上管理創新成果23項。其中：國家級企業管理現代化創新成果一等獎1項，填補了原中航第二集團公司及江西省的空白，國家級企業管理現代化創新成果二等獎6項；江西省企業管理現代化創新成果一等獎3項、二等獎2項。企業管理水平邁上了一個新的台階，企業呈現出積極向上、和諧奮進的良好氛圍。
洪都公司是一個典型的老軍工企業，長期缺乏國家重點投入，曆史欠賬多，遺留問題多，在職工住房、子女就業、離退休人員待遇等方麵還背負著沉重的包袱，存在很多不穩定的因素。吳方輝高度重視企業的和諧與穩定，始終把企業穩定放在極其重要的位置，在涉及職工利益調整的重大改革實施前，他帶領班子和有關部門，係統學習研究國家有關文件，把握政策，吃透精神，召開各種座談會，宣傳國家政策，把幹部職工的思想認識統一到對政策的理解上來，樹立信心，明確方向，得到了職工的理解和支持，使改革得以順利推進。在出現一些因曆史遺留問題而造成的群眾上訪等不穩定因素時，吳方輝和班子成員堅持親自接訪、親自與上訪群眾對話，與上訪群眾坦誠溝通，引導他們正確認識，以合理的方式解決問題。事後，他還親自研究部署有關工作，組織有關單位和部門做好善後工作，切實做到訴求合理的問題解決到位，生活困難的幫扶救助到位，解決了許多與群眾生活息息相關的問題，取得了較好的成績，得到廣大職工群眾很好的評價。
吳方輝推崇企業發展和惠及職工並重，重視和關心職工群眾生活，在企業發展的同時不斷提高職工收入及離退休人員節假日慰問金和津補貼。在職工團體人身保險的基礎上，積極倡導成立了洪都集團幫扶救助基金，並率先捐款。通過企業撥款、職工捐助等多種渠道，籌集資金1100餘萬元，幫扶救助那些因天災人禍、意外傷害、患重大疾病造成家庭生活困難的職工，使那些生活困難的職工及時得到幫助，感受到組織的關愛。此外，高度重視工廠區和家屬區環境保護和建設，使得工廠和生活區環境得到極大改善。