他從來沒有相信過手下的人，他知道，手下的這些人之所以跟著他，是因為他足夠強大。這些人的部落都是被他消滅的，很難保證他們對自己沒有仇恨，也很難保證他們不會突然背叛自己。
而且自己逐漸掌握了整個女真，歸降的人口和部落的規模已經很大，由於是戰爭時期，亂糟糟的沒個條理。就像一大堆沒有歸檔的文件，雖然知道有這麼個文件在裏麵，可就是找不到。
努爾哈赤心裏著急。
我對我的部眾沒有直接的領導權怎麼行？我說向東，底下人聽不到；我說要打仗，他們也不知道。就算人多又能怎麼樣？
我不知道那些部落的人都在幹什麼，心裏是怎麼想的，萬一他們聚眾背叛我怎麼辦？
東北連連打仗，農業生產荒廢，我現在窮的都叮當響了，可是卻指揮不動手下的部眾去開荒，等到明軍打過來，我就死定了。
不行，我要想辦法。
這個辦法就是八旗製度。它的模型就是努爾哈赤早就用過的牛錄製度。
女真人建立的清帝國通常被認為是一個奇跡。因為17世紀的女真人，社會發育程度才達到西周時期的水平。
可就是這個隻有幾十萬人口的民族，竟然征服並牢牢統治了人口將近一億的漢族地區和蒙藏回疆廣袤的土地。一個小小的民族能夠實現這一點，其中的奧妙，就在被稱為“八旗製度”的女真人的組織方式上。
女真族老祖宗創立起來的製度果然不一般，已經嚐過牛錄製度甜頭的努爾哈赤決定要對牛錄加以改進。
牛錄管的人少！
少？少不要緊，可以擴大。
擴大以後的牛錄最初是四旗，後來人口更多，就擴編到八旗。
1601年，努爾哈赤正式采用不同顏色的旗幟作為他手下每一個大部隊的標誌。初建時設四旗：黃旗、白旗、紅旗、藍旗。
努爾哈赤將牛錄的人數增多，擴大到300人，每個牛錄就是一個旗。這樣，努爾哈赤擁有正規軍1200人。
1614年因為統一女真的戰爭，歸降的部落增多。努爾哈赤將四旗改為正黃、正白、正紅、正藍，並增設鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍四旗，合稱八旗，統率滿、蒙、漢族軍隊。
在牛錄上麵增加甲喇，甲喇上增加固山，固山之上才是八旗。
五個牛錄就是一個甲喇，由甲喇額真（主人）統領。五個甲喇就是一個固山，由固山額真統領。固山額真手下還有兩個副手，叫做左右梅勒額真，協助固山額真管理固山。一個固山就是一個旗。
這樣一個牛錄300人，一個甲喇就是1500人，一個固山就是7500人。
八個旗就是八個固山，總共6萬人。
牛錄是八旗製度的基層單位，按照地理位置和血緣關係組成，並把三百人的牛錄，分編成四個村子。可見，八旗製度是“以旗統人，以旗統兵”，又是“出則備戰，入則務農”的兵民一體的製度，既管軍事，也管民政和生產。
八旗兵平時生產，戰時打仗，八個固山額真就是八個旗主，都由努爾哈赤的兒子、兄弟擔任，以確保其忠誠度。他們既是軍事統帥，又是政治首領，努爾哈赤是八旗的家長和最高統帥。
這樣，努爾哈赤不但把手下的部落和軍隊嚴密地管理起來，而且還省去了複雜的行政機關。
一開始，八旗都是女真人組成，後來隨著戰爭的擴大，又相繼建立了蒙古八旗和漢軍八旗。
滿洲八旗和蒙古八旗主要是騎兵，漢軍八旗也叫烏真超哈（重裝部隊），主要是炮兵。這樣一共是24個旗，共有軍隊18萬人。
類似的結構在中國民族曆史上出現過不止一次，鮮卑族的府兵組織，金朝的猛安謀克，成吉思汗的十戶、百戶、千戶、萬戶。幾乎任何一個想打入內地的少數民族都靠這樣的模式將自身組織起來，然後才能在戰爭中征服別人。