各種矛盾錯綜複雜，倉央嘉措感到“失望，學習也無益處”，遂變得懶散起來，且喜好遊樂，放蕩不羈。
1702年（藏曆水馬年六月），倉央嘉措20歲時，第悉勸其受比丘戒。他聽從勸告。前往紮什倫布寺與班禪大師洛桑益西相見。第五世班禪的傳記裏說，“休說他受比丘戒，就連原先受的出家戒也無法阻擋地拋棄了。最後，以我為首的眾人皆請求其不要換穿俗人服裝，以近事男戒而受比丘戒，在轉法輪。但是，終無效應，隻得將經過情形詳細呈報第悉。倉央嘉措在紮什倫布寺居17日後返回拉薩。”（《五世班禪洛桑益西自傳·明晰品行月亮》209頁）自那以後，倉央嘉措便穿起俗人衣服，任意而為。白天在龍王潭內射箭、飲酒、唱歌，恣意嬉戲。還到拉薩近郊去遊玩，與年輕女子尋歡作樂，放棄了戒行。
拉藏汗利用第六世達賴喇嘛倉央嘉措與第悉·桑結嘉措之間的矛盾，製造越來越多的麻煩。第悉企圖投毒殺害拉藏汗的說法傳開以後，藏蒙福田、施主之間的矛盾更加尖銳。公元1705年（藏曆木雞年）一月，第六世達賴喇嘛、吉雪第巴、拉木降神人、色拉、哲蚌二寺堪布、政府各要員、班禪大師的代表、蒙古諸施主等，集議如何解決矛盾。最後議決，第悉·桑結嘉措辭去地方政府的職務，將貢嘎宗撥給他作為食邑；拉藏汗保留“地方政府蒙古王”的稱號，返回青海駐牧。但是，實際上雙方都沒有打算執行決議。拉藏汗從拉薩出發以後，在羊八井、當雄等地駐留多日，緩緩抵達那曲。在那曲集結了藏北各地的蒙古軍隊，準備打仗。他借口第悉未遵守決議，仍然呆在布達拉宮內幹預政府的一切事務，從那裏折返拉薩。當年5月，拉藏汗在當雄將蒙古軍隊分為兩路，一路由他親自率領，從澎波而來；另一路由其妻次仁紮西及部分軍官率領，從堆龍德慶而來。當時，色拉、哲蚌二寺的上師、密宗院的軌範師以及班禪大師的代表等人聞訊後，急忙先後趕去勸阻。請求汗王罷兵。但是，遭到拒絕。公元1705年（藏曆第十二繞迥木雞年）七月第悉·桑結嘉措被抓獲，押至堆龍德慶的朗孜村立刻斬首。從此以後，蒙古人拉藏汗統治前後長達12年。
當時，在西藏地方政府的框架中，噶廈和孜康屬於重要的機構。孜康機構既檢查稽核政府收支，又主持培養官員的學校。不久，殺害第悉·桑結嘉措的凶狠王妃次仁紮西也死去了。
拉藏汗掌握大權以後，對第六世達賴喇嘛多方責難。還特派人員赴京師，讒言桑結嘉措勾結準噶爾人，準備反叛朝廷。還說，第悉·桑結嘉措在布達拉宮立的倉央嘉措不是第五世達賴喇嘛真正的轉世靈童，他終日沉湎於酒色，不守清規，請予廢立。康熙帝即派侍郎赫壽等人赴藏，敕封拉藏汗為“翊法恭順汗”，賜金印一顆。命將倉央嘉措從布達拉宮的職位上廢除，“執獻京師”。
遵照諭旨，廢掉倉央嘉措以後，不久即“解送”北京。在哲蚌寺前的參尼林卡為其送行時，哲蚌寺僧人將其強行搶至該寺的甘丹頗章宮中。拉藏汗聞報後，立即派兵包圍了哲蚌寺，寺僧們亦準備武力抵抗，雙方即將發生流血衝突。倉央嘉措見此情形於心不忍，便自動走到蒙古軍中，立地平息了這場一觸即發的戰鬥。然後，從北路進京，抵達青海的貢噶諾爾時圓寂，時年25歲。這是傳記中的普遍說法。所以，布宮裏唯獨沒有六世達賴的靈塔。