《傳奇》將這當作腓力懷疑亞曆山大合法性的一個理由，而其他的史料也清楚地呈現他對這個年輕小夥子的猜疑，或許也包括對奧林匹婭斯野心的疑忌。但他還是將他帶大，並施以儲君所需的教育。他將當時一流的學者亞裏士多德從阿塔諾斯請到佩拉來擔任他的老師，接著又將這個學堂遷移到更邊遠的地方，即貝洛伊（維利亞）附近的米達斯花園。其他的學生包括數名出身良好的馬其頓青年：阿明特之子赫菲斯提昂，他一直是亞曆山大最親密的朋友；安提培特之子卡散德、拉加斯之子托勒密都是未來的君王；以及佩拉的馬西亞斯，他後來寫了一本關於亞曆山大的書。普魯塔克（他曾看過亞曆山大的信件）告訴我們，除了閱讀荷馬的詩句（希臘教育的基礎課程）之外，亞裏士多德還教亞曆山大倫理學和政治學，“以及那些哲學家們通常不會在正常教學過程中教授，而隻以口頭傳授給特定受教者的神秘之學”。這可能隻是想象，但普魯塔克也告訴我們：“我相信，亞裏士多德比任何人都還要用心地培養亞曆山大對醫術及哲學的興趣。”普魯塔克想要生動地描繪出一個和他自己一樣具有哲學興趣的年輕人的形象。的確，亞曆山大帶著隨行的科學家來到亞洲，或多或少就是因為亞裏士多德所灌輸給他的學問的緣故。亞裏士多德寫了兩篇作品，即《君道》和《上亞曆山大論殖民地疏》，現在都失傳，它們顯然都是針對未來君王的需求而作，尤其是後者，似乎反映了亞裏士多德的殖民觀，即認為蠻族國家就像小牛一樣，需要借助文明人（如希臘人）之手，才能超越他人——這個觀念正好與馬其頓朝廷中征服亞洲的思潮不謀而合。埃倫伯格認為這些觀念影響了亞曆山大在統治被征服者時的實際措施，但證據卻顯示，就像我們即將看到的，雖然他深愛著希臘文化，但希臘人對其他民族的統治卻是細枝末節，甚至馬其頓的支配權也因為他任用本土總督而緩和多了。
亞曆山大的第二位老師是萊奧尼達斯，是他母親的親戚。萊奧尼達斯使亞曆山大擁有了強大的朝廷，但他之所以名留青史，主要是因為亞曆山大在第一次遠征後對他開了一個玩笑。萊奧尼達斯曾吩咐他的學生，在征服生產乳香的土地之前，別去沾染它；於是當他完成大業時，亞曆山大送了他大量的乳香。
亞曆山大在求學期間得到了他的名駒布西法拉，陪著他一路到印度。這個故事由普魯塔克敘述，而《亞曆山大傳奇》更把它當作展現小王子卓越能力的例證。一匹非常難以駕馭的馬被當成禮物送給腓力，每個人都對它非常畏懼，但亞曆山大發現這隻動物其實是在蹬踩自己的影子，於是他把它牽離太陽底下，安撫它，最後騎上了它。這段逸事展現了他在管理人民和禽獸上無可置疑的能力，而且可以完成他人無法完成的事。
亞曆山大的相貌很醒目，雖然不像各種雕像所展現的那樣出奇的英俊。就像拿破侖一樣，他其實相當矮。根據《亞曆山大傳奇》的記載，他的眼睛有不同的顏色。這個訊息，與大多數雕像所刻畫相當具有特色的轉頭望著天空的神色，已經被當作“扭頭歪頸”的表現方式，這是一種頭部姿勢，可以彌補一隻眼睛的呆滯。於是，一個缺陷在藝術上卻成為表現王權的象征。腓力在公元前338年展開征服希臘的最後行動。堅守希臘最後防線的雅典和底比斯在恰羅尼亞戰役中被擊敗（8月），這是導致希臘自由告終的大事。當時18歲的亞曆山大，統領左翼的騎兵，在戰役中作了決定性的一擊。戰後，希臘聯盟（係沿用公元前480年為抵抗波斯人所建立的聯盟的名稱），又稱為科林斯聯盟，在腓力的領導下成立——這以一種較溫和的方式來宣示腓力現在已經控製了希臘。公元前337年秋天，科林斯會議批準了組成波斯遠征軍的計劃，翌年春天，腓力的將領帕曼紐（公元前400-327年）和阿塔拉斯（公元前390-334年；腓力之妻克莉奧帕德拉的叔叔）被派到小亞細亞執行初期的工作。帕曼紐是腓力最優秀的將領——腓力曾對他說：“雅典人每年選舉10位將軍，但我隻找到了一位將軍——帕曼紐。”在腓力之後，他繼續效忠亞曆山大，直到他在公元前330年去逝為止。在遠征軍出發後不久，波斯王阿爾塔薛西斯就死了，由大流士三世繼位。
萬事似乎都照著腓力的計劃順利進行，但他的家庭中卻產生一些緊張關係。如前所述，腓力在公元前338年娶了尤莉蒂斯的克莉奧帕德拉——這個舉動使奧林匹婭斯陷入瘋狂的嫉妒情緒中，而這也使亞曆山大和他的父親在婚宴上發生激烈的爭執，這在大量飲用烈酒的馬其頓節慶中是很平常的。克莉奧帕德拉的叔叔阿塔拉斯要求聚會的群眾同聲祈禱：“腓力與克莉奧帕德拉能夠產下一位合法的繼承人。”亞曆山大咒罵攻擊這種對其合法性的蔑視行為，向他丟了杯子。腓力拔劍指著他的兒子，但卻在他能作出任何傷害之前就趴倒在桌子上了。之後，亞曆山大馬上前往伊利瑞亞，而奧林匹婭斯則到伊庇魯斯去。他們是否在之後的事件中扮演任何角色，永遠不得而知，但兩人的確都處在不安的境地，尤其是克莉奧帕德拉在公元前336年產下一子之後更加明顯。博斯沃思指出這些事件有宮廷鬥爭的含義，也有明顯的個人嫉妒因素：克莉奧帕德拉，出生於一個古老的馬其頓家族，代表南馬其頓的精英群體；而奧林匹婭斯，一個伊庇魯斯人，則是一個外族。這就可以解釋亞曆山大的合法性為什麼會受到懷疑，以及奧林匹婭斯為什麼要回到支持者所在的伊庇魯斯的原因。這個時期，顯然因為腓力繼承人問題而呈現劍拔弩張的分裂現象，而其間不受注意的插曲，即卡瑞亞君主皮索達露斯提議將女兒嫁給亞曆山大有智力障礙的異母弟弟阿爾希杜斯，也在這些事件的糾葛中占了一席之地，雖然它實際的重要性已無從評估。