到重慶後，宋美齡繼續全身心投入抗日救亡活動中，一直到皖南事變前，她都比較好地堅持了團結抗日的方針，表現比較開明。
宋氏三姐妹在抗日的感召下，也捐棄前嫌走到了一起。她們在香港飯店同時公開露麵，發表演說，並一起飛到重慶，共同為抗日奔走呼籲。
1941年初，皖南事變爆發後，三姐妹的關係一度趨於緊張，在蔣介石作出“今後決無剿共的軍事行動”的許諾後，宋慶齡憤懣的心情才逐漸平靜下來。三姐妹的關係緩和後，又再度攜手，共同視察了第五陸軍醫院。
在宋美齡的策劃籌辦下，宋氏六兄弟姐妹在1942年中秋節終於聚到了一起，這是自1927年蔣介石背叛革命，宋氏六兄弟妹妹的又一次團聚，也是最後一次團聚。
宋美齡和蔣介石之間的關係在抗戰中也經曆了波折，由互敬互愛到失和傳言四起，最終宋美齡於1944年負氣出國直到抗戰勝利才回到重慶。
一、初到重慶的日子
武漢失守後，重慶成為戰時政治中心，宋美齡無意計較生活條件的優劣，繼續全身心投入婦女指導委員會和戰時兒童保育會的工作中。一直到皖南事變前，宋美齡都比較好地堅持了團結抗日的方針。
1．忙碌的“指導長”
對於“陪都”重慶，宋美齡並不陌生。1935年，蔣介石指揮國民黨軍追擊紅軍時，她曾隨同丈夫幾度人住重慶，那時，這個城市僅僅是西南的一個重鎮，以“山城”聞名。它西臨有“天府之國”美譽的成都平原，東有險峻的三峽為天然屏障，嘉陵江在這裏彙入長江，江水把山城隔成了楔形半島。每年10月到來年4月，濃淡不均的霧靄總喜歡停留在這裏，太陽需要很長時間才能掙脫她們的糾纏露出淡黃的麵孔。雖然有時會有些抑鬱，不過霧氣裏氤氳也增添了日本飛機轟炸的難度，讓人多了幾分安全感。
武漢失守後，重慶成為中國戰時政治軍事中心。蔣介石和宋美齡到重慶後，最初住在曾家岩附近的一所官邸，經過日機幾次轟炸後，他們方搬到長江南岸的黃山別墅去住。
同婚後移居南京一樣，宋美齡無意計較“陪都”環境優劣，全身心地投入她認為應該做也力所能及的事情中。
“婦指會”總部遷到重慶後，在曾家岩的求精中學設立辦公場所。那時，日本侵略者為逼迫蔣介石屈服，不斷派飛機對重慶進行狂轟濫炸，重慶各級學校都遷到遠郊去上課，原址就讓給西遷入渝的各種機關、團體使用。除了婦女指導委員會之外，求精中學門口還掛著戰時兒童保育會的牌子。兩個機關，一套人馬，宋美齡是它們的實際負責人。因為她不僅是“婦指會”的指導長，還是中國戰時兒童保育會的理事長，宋慶齡則是兒童保育會的名譽理事長。
宋美齡隔日或者天天到曾家岩“婦指會”總部來辦公。由於要協助蔣介石處理很多內政外交的事務，她來的時間很不固定，有時大清早就來了，有時則下午三四點才到。常常是風風火火，處理完婦指會和兒童保育會的事就走。
“婦指會”對國統區婦女界的抗戰救亡運動負有領導和協助調的職責，實際上是一個半官半民的機構，有不少來往公文需要宋美齡批閱。宋美齡雖然中文寫作較慢，卻有著令人吃驚的中文閱讀能力，一篇冗長的文稿擺在麵前，她用那美麗的眼睛三瞟兩瞟，很快就能弄清文字的內容。因而，她審批公文極為迅速，厚厚一疊公文，個把小時就批完了。
一般認為，宋美齡是蔣介石的妻子，作為婦女團體的負責人。不過是掛名而已，最多也就是發發指令，批批公文。事實上，批閱公文之類的事，僅僅是她工作內容中一個微小部分。許多集會、例會，她都親自主持，較為重要的事情，她也要親自處理。
“婦指會”總部遷到重慶後，開辦了新生活運動婦女幹部第3-5期訓練班和婦女高級幹部訓練班、指導員訓練班、救護人員訓練班，鄉村服務人員講習班等多種培訓婦女社會活動能力的訓練班。宋美齡十分重視這項工作，經常要連續幾小時為一些婦女幹部訓練班上課，“她不能讓學生們在領受她的幾番教誨之前就走入社會。”
到重慶後，宋美齡依然經常與“婦指會”慰勞組的工作人員一起深入到各戰區醫院慰問傷兵。1939年端午節時，宋美齡親自帶隊到重慶市郊慰勞軍隊和傷兵。到陸軍總醫院慰問的那一天，宋美齡同傷兵談話，親手給十幾個傷兵換藥，重新包紮或者校正繃帶，從早上8點一直忙到下午兩點鍾。前一年“婦指會”在武漢舉行救護訓練班時，宋美齡參加了學習，較好地掌握了搶救、包紮、處理創傷等知識。所以，此後每次慰勞傷兵時，她總要察看傷員的傷口。當發現需要換藥，或發現包紮草率、汙穢時，她就立即親自動手重新包紮，甚至徹底清洗傷口，重新上藥包紮。做這些時，宋美齡動作嫻熟，宛如經驗豐富的醫護人員。
宋美齡除了關心傷兵們的傷勢和治療外，也很關心他們的精神文化生活。有一次宋美齡帶隊去重慶郊區的華岩寺探望傷兵，那是個臨時療養院，當時傷兵正在飯廳吃午飯。宋美齡的到來讓院方和傷兵們十分激動。慰問結束後，宋美齡一行剛走出飯廳，突然傳來嘈雜打鬧聲，原來兩個傷兵為了賭債償還問題打起來了。傷兵療養院內的聚賭問題引起了宋美齡的注意，她表揚了沒有參賭的人，並且當眾指示院長：嚴禁賭博，凡賭博者，予以申斥；三次申斥而不改者，取消其薪餉，逐出療養院。以往參賭者，暫免處罰，但所有賭賬一律作廢。宋美齡還建議院長在療養院多布置文藝活動設施，發展康樂活動，豐富傷兵們的文化生活。宋子文夫人張樂怡鼓勵院長籌劃，她表示自願捐助所需費用。這事對宋美齡觸動很大，她開始思考發起辦一個像勵誌社性質的社團，專門為傷兵謀福利。不久，宋美齡就發起了“傷兵之友運動”，在香港都設立了分社。