不久，雍王李賢又被立為太子，即史稱的章懷太子。當時後宮繁多如蟻的宮女們都傳說李賢不是天後武則天的親生兒子，而是她姐姐韓國夫人與高宗皇帝偷情的結果。對此，天後武則天也說不清楚。記得永徽五年（公元654年）十二月十七日，武則天拖著身孕頂風冒雪隨高宗皇帝去謁拜太宗皇帝的昭陵，就在這一天，她生下了一個不足月的兒子，小嬰兒生命垂危被急速送回長安救治。當她從昭陵返回長安，一個白白胖胖的兒子送到了她的懷中。不過，就在這時，她聽說胞姐韓國夫人也偷偷生下了一個兒子，但卻夭折了。如果調換兒子是事實，天後武則天有可能被蒙在鼓裏，或可能佯裝不知，因為多一個兒子對當時的武則天來說，就多了一份爭奪皇後寶座的資本。高宗皇帝對這個兒子卻是寵愛有加，破開荒的剛滿月就封了個親王頭銜。在天後武則天的四個兒子當中，李賢天份最高，小小年紀就能誦讀《尚書》、《禮記》、《論語》等儒家經典，而且過目不忘，常常讓高宗皇帝驚異不已，倍加鍾愛。
22歲的李賢被立為皇太子後，高宗皇帝和天後武則天也就一門心思地去培養這個兒子，多次命他監國輔政。而李賢本人處事明審，積極有為，不僅言行符合一個儲君的道德軌範，而且每次上朝也不覺得那些繁瑣禮儀的苦悶和單調，表現出了比坐在自己上方的天皇天後更有耐心。這也就更使高宗皇帝和天後武則天歡喜無比。儀鳳元年（公元676年），天皇天後特褒獎太子李賢，特許他召集一批學者注釋校訂《後漢書》等。然而，這一特許卻成了太子李賢廣集政治羽翼的借口，這些羽翼們還敢公然和武後的北門學士對著幹。
這就違背了天後武則天內心深處的那個能夠君臨天下的標準。天後武則天慢慢地覺得太子李賢也越來越不順從自己了，她為了訓誡和控製這個兒子，也為了挽救母子感情，命北門學士那幫文人撰寫了《少陽正範》和《孝子傳》，專門送給太子去讀，而且自己還多次親筆寫信規勸兒子。可能是李賢似乎也聽到了後宮風傳他是韓國夫人的兒子，若有所悟，更加重了他與天後武則天的對立情緒。當他收到《少陽正範》和《孝子傳》的時候，便認定天後武則天已將自己視為不孝之子了，開始對母後懷有了戒心。
這時，一直崇信佛教的天後武則天，被一個名叫明崇儼的巫師所蒙蔽欺騙。這明崇儼來自洛陽城外的偃師，據說能用所謂氣功醫治百病，被高宗皇帝引入內宮，還封了個五品的正諫大夫。可能是出於騙子的本能，這明崇儼在掌握太子與母後有隙的情況下，神秘兮兮地向武則天預言她的三個兒子的前程。他認為李賢身為太子，但長了一副不堪帝位的窮相，而英王李顯和相王李旦倒是有帝王的貴相。天後武則天當時並未相信這類胡謅。但消息傳到太子李賢的耳裏，他頓覺憂懼不安，十分痛恨這個明崇儼。幾天後，這個明崇儼遇刺身亡，天後武則天便懷疑這是太子指使人所為。也就是在這時，有人告發太子頗好聲色，與家奴有同性戀關係。武後由此便使高宗皇帝派員去東宮調查，結果在太子的馬廄裏發現了幾百套盔甲，於是被斷定為謀反的證據，加之東宮的寵奴在嚴刑逼問下承認自己受太子指使殺害了明崇儼。高宗皇帝對太子造反的罪行顯然還是半信半疑，準備寬宥他。但天後武則天卻認為：“為人子懷逆謀，天地所不容。大義滅親，何可赦也？”這樣，高宗皇帝被迫於調露二年（公元680年）八月下詔，廢太子李賢為庶人，押回長安監禁，太子黨羽全部被或殺或貶。不久，李賢又被押往巴州（今湖南嶽陽）監管。高宗皇帝去世後，天後武則天便派人去巴州將李賢殺了。此乃後話。
廢除太子李賢的悲劇症結所在，並不是他是否是天後武則天的親生兒子，而是他被立為太子後的所做所為，從根本上違背了天後武則天內心形成並把握的那個君臨天下的標準。這個標準看起來很簡單，但做起來卻很難。君臨天下的人，必須是彌勒佛的化身，既要有大慈大悲的心腸，又要有魔鬼蛇蠍般的狠毒；既要能殺人，又要能度人；既要有君臨天下的威嚴，又要有怯懦無能的性格；既要有兒女情長，又要有鐵石心腸。說穿了，要既是佛祖，又是魔鬼，是正義與邪惡集於一身的人，是光明與黑暗交織在一起的人。
天後武則天作為母親，無論李賢是否是自己親生的兒子，但30多年的母子情份，以及付出的養育辛勞，她都覺得對不起這個兒子。