兩次競選失敗讓默克爾和基民盟都陷入危機之中，政治要員的紛紛離去讓默克爾的處境更加艱難。但默克爾迎難直上，最終得到了夢寐已久的總理之位。
在不斷湧現的爭端中曆練
無論是什麼樣的政壇職務，當選並不是目標的達到，而是新任務的開始，是去解決隨之而來的一係列問題，施羅德和默克爾也不能例外。
施羅德登台之後大張旗鼓開展的就業計劃宣告失敗，給政府處理政治事務帶來了不小的壓力。之後的阻力更是一個接著一個，對於條件不夠完善的卡車收費製度以及其他改革計劃，政府不但迎來了一堆反對聲，經濟上的損失也不是一筆小數目。與此同時，聯盟黨在內政問題的處理上也並非得心應手，各種爭端不斷湧現到默克爾眼前。
在需要為國內政治問題分擔責任時，默克爾帶領的聯盟黨確實做到了，聯盟黨與執政黨的關係也日漸親密。不過，下麵的各個州並不那麼配合，因為他們的立場在於自己的權益是否得到了保障。作為領頭羊，聯盟黨會製定一係列政治發展策略，不過，將權利看得很重的各州州長不會輕易接受這種安排，也不希望執政黨的大手隨意地伸到自己的地盤上。
為了解決這些問題，聯盟黨多次安排會議，希望積極主動地促進州長與黨的融合，不過，州長們並不買賬，他們總是有理由推掉會議，以一種躲避的態度來麵對這些大家要共同麵對的問題。當大家不在同一個立場時，就容易催生出小團體。比如，黑森州州長和北威州的一名議員相互聯合，出示了一個有關縮減補助和津貼的規定，這事讓北威州的州長非常生氣。
對於這樣一種局麵，默克爾也顯得束手無策，她沒法參與其中，做旁觀者又不太合適，隻得試著主持局麵了。為何默克爾會陷入這樣左右為難的情況之中呢？
首先，作為基民盟黨主席，默克爾要保住自己的黨派，爭取不被執政黨和其他的兄弟黨派攻擊。要想在執政黨的領導下贏得一片生存之地，最基本也最直接的方式就是支持施羅德新官上任後采取的改革政策，雖說她內心並不想幫助施羅德獲取政治成果。
其次，這樣的情況隻限於默克爾沒有幫手的情況下。默克爾要想有足夠的力量與州長們相抗衡，需要一個強有力的幫手。幸運的是，默克爾身邊確實有這樣一個人，那就是施托伊伯。作為之前的總理候選人之一，施托伊伯本身的形象就代表著黨派之間的調和統一。與施托伊伯站在一條戰線，默克爾的形象也會大大提升。
與此同時，施羅德政府提出了新的減稅改革方案。2003年春天，施羅德將改革方案中的一步提前了一年推行。7月份，默克爾和施托伊伯在給施羅德的信中表達了對這個政策的支持，同時，也表達了對“貸款來解決減稅問題”的反對。施羅德用了很大的力氣好不容易才將醫療改革實施下去，不過，這其中不免有反對和妥協的情緒，這些都會在之後的政治活動中爆發。其他改革方案的通過也是如此，一輪一輪的投票和對抗之後，年底前終於將勞動力問題和退休製度等相關政策施行了下去。
此後不久，基民盟內部又爆發了首起裁撤黨員事件，這在當時無疑引發了眾多議論。
事件的主角叫作馬丁·霍曼，這位聯邦議員發表了一番關於德國民族和猶太人是否犯罪的言辭，宗教的敏感性加上言論的粗魯給基民盟的領導班子帶來了很大的震動，當然，處在風口浪尖的除了霍曼，還有一人，就是基民盟主席默克爾。
默克爾隨即做出回應。第一步，先讓議會黨內和霍曼同屬一個地方、同樣信奉天主教的議員們表明自己的立場，同時向社會各界致歉，也就是要表明霍曼的言辭僅僅是他一個人的觀點，並非議會黨內一群人的態度。第二步，奉勸霍曼辭去聯邦委員的工作，勒令禁止霍曼發布納粹黨執政期間的勞工賠償事宜。
在各方麵的壓力之下，霍曼表示將三緘其口，不再發表與此相關的言論。不過，他沒能遵守自己的承諾，也把自己推入了一個尷尬的境地。原來，沒過多久，霍曼就接受了德國一家重要電視台欄目的訪問，並且將之前引發大震動的言論又重申了一遍。
在此次訪問中，霍曼的表現可謂變本加厲。他再三強調，在過去的戰爭中，犯罪的並不隻是德國民族。單從黨的性質和綱領來看，納粹黨甚至在很多地方與布爾什維克黨非常相似，比如兩個黨都堅持無神論，比如兩個黨都沒有將宗教納入黨的綱領裏。因而將納粹黨一竿子打翻是不正確的。此外，犯罪的又不是隻有納粹黨一個，難道猶太人就沒有錯嗎？在他看來，猶太人也同樣有錯，他們與德國的十月革命有著說不清的關係。因而單單將罪過納粹黨身上是不對的，猶太人也應該為他們做的付出代價。
這番話就是讓默克爾等基民盟領導人頭疼的言辭，沒想到被霍曼公之於眾。另外，在記者窮追不舍的逼問下，霍曼還在專訪現場展示了向他表示支持的信件，其中有一封竟然來自聯邦政府的將軍，隨著電視節目的播放，這名將軍被國防部長訓斥並勒令早退。