在審訊過程中，許顯純問：“你為何首倡移宮？”楊漣答道：“我隻知乾清宮之當靜，皇上之當尊，舊宮人當避新天子，九卿科道俱有公疏。至於宮內處得相安不相安，與我論移宮者不相幹。”許顯純又問：“你為何陷皇上於不孝？”楊漣說：“有天日在上，此地明心堂，不要改作昧心處。”許顯純問起大計事，楊漣說：“大計時我在家，我在京時未遇大計，如今考選諸人現在，何不拿來對審。”許顯純又問熊廷弼賄賂一事，楊漣說：“遼陽未敗時我尚豫上參疏，豈既失廣寧而反為營脫？試問廷弼原招，曾改輕半字否？”許顯純被駁得張口結舌，一無所獲，於是惱羞成怒，大叫：“加起刑來。”楊漣非常平靜地說：“加什麼刑，如今有死而已。”他確實早已把生死置之度外。在《告嶽武穆疏》中他這樣寫道：“自古忠臣受禍者，何獨漣一人，如武穆王何等功勳，而‘莫須有’竟殺死忠良。何況直臣如漣，此行定知不測，自受已是甘心。”“漣一身一家其何足道，而國家大體大勢所傷實多。且恐積威所劫，臣僚媚灶如趨……舉國盡為舌結，氣運攸關，有不忍言者。
為了討好魏忠賢，許顯純對楊漣施加酷刑，倍加折磨，每5天就拷掠一次。楊漣肉綻骨裂，髓血飛濺，多次昏死過去。許顯純還覺得不夠，竟讓人狠打楊漣的頭和臉，結果齒頰盡脫。許顯純還發明了新的刑法，用尖利的鋼針編成的刷子在楊漣身上猛刷，楊漣體無完膚，全身皮肉碎裂如絲，但仍罵不絕口。直至此時，他心裏想的還是朝廷和百姓，毫不顧及個人的利害、成敗與得失。他在《獄中絕筆》和《血書》中這樣寫道：“漣今死杖下矣，癡心報主，愚直讎人，久拚七尺，不複掛念。不為張儉逃亡，亦不為楊震仰藥。欲以性命歸之朝廷，不圖妻子一環泣耳。”“但願國家疆固，聖德剛明，海內長享太平之福。漣即身無完肉，屍供蛆蟻，原所甘心……癡愚念頭，到死不改。還願在朝臣子，共從君父起念，於祖製國法國體，大家當共留心。”並寫下血書：“大笑，大笑，還大笑，刀砍東風與我何有哉？”許顯純見酷刑不能使他屈服，就用銅錘砸他的胸膛，肋骨寸斷，並用“土囊壓身，鐵釘貫耳”。七月二十四日夜，許顯純又令人將大鐵釘釘入楊漣的頭部，楊漣當即殞命，時年54歲。
楊漣死後，魏忠賢秘不發喪，一直拖到七日，後才降旨讓領屍埋葬。而且用來收屍的棺材也被魏忠賢的黨羽田爾耕劫走。當時，天氣酷熱，屍身很快腐爛，蛆蠅密布，慘不忍睹。最後，隻剩下幾片血衣和幾根斷骨，用破木棺一埋了事，見者無不為之飲泣。
楊漣雖死，魏黨仍不罷休，要追查所謂贓款。楊漣的親朋好友都受到株連，不少人被逮進了監獄。他的老仆人在追贓過程中被打死。楊漣一向清貧，身曆三朝，家產不過千金，全部產業被變賣一空，仍不夠還“贓款”。他的母親和妻子隻得住宿在譙樓上，兩個兒子靠求乞過活。同鄉人感於楊漣的忠肝義膽，幫他們完贓，就連市井賣菜的人也紛紛解囊相助。
楊漣寫有遺稿2000字，托付給顧大章，由於獄中看守嚴密，無處安放。獄卒感其忠義，替他藏在關帝像後麵。後來又埋在臥室北牆下麵，上麵蓋上大磚。不久他們換了牢房，藏稿處可望而不可及。獄卒孟某看準機會偷了回來，交給弟弟帶回去。楊漣有280字血書，藏在枕頭裏，希望死後家人拆洗時能看到，不料被牢頭顏紫得到。顏紫竟對人哭說：“異日者，吾持此以贖死。”
崇禎時，楊漣得以昭雪。贈太子太保，兵部尚書，諡忠烈，官其一子。著有《楊忠烈公文集》。
左光鬥下獄
左光鬥，字遺直，一字共之，號蒼嶼，又號浮丘，南直隸安慶府桐城縣人。他聰慧過人，文筆犀利，萬曆三十五年（1607年）中了進士，授中書舍人。他在堂房題寫對聯“俸薄儉常足，官卑清自尊”，並常常以此鞭策自己。不久，升為監察禦史。因為他為人正直，任事果斷，條奏爽切，所以每當有事時，人們總是推舉他出頭，他也決不避讓。在巡視中城時，他捕治豪惡官吏，共獲假印70多顆，假官100餘人，震動了整個北京城。後來他奉命整理京畿一帶的屯田，上疏彈劾侵犯屯田的有權勢的太監，使該太監大為震驚。他還提出興修水利，廣建溝渠，並擇人教授用犁之法。在他的積極倡導和努力下，天津、涿州一帶的百姓才開始學習種稻技術。鄒元標曾說，30年前，京城人不知道水稻是何物，現在到處都是，這都是左光鬥興修水利的結果。