謎團十：秦始皇使用的是銅棺還是木槨生前聲威赫赫，死後也隨葬了無數奇珍異寶，那麼秦始皇使用什麼樣的棺槨呢？這是人們非常感興趣的問題。遺憾的是《史記》、《漢書》均未明確記載，太史公司馬遷隻留下一句“下銅而致槨”的含糊記錄。於是有學者據此得出秦始皇使用的是銅棺。但從文獻記載而言，秦始皇未必使用的是銅棺。
《漢書》明文記載，“冶銅錮其內，漆塗其外，被以珠玉，飾以翡翠”。這裏“漆塗其外”、“飾以翡翠”的棺槨恐怕隻能是木質的了。如果是銅棺或石棺，漆塗其外豈不是多此一舉，而隻有木棺使用塗漆才有其合理性。
從先秦及西漢的棺槨製度考察，使用“黃腸題湊”的大型木槨是當時天子的特權。除非有皇帝特賜，個別功勳卓著的大臣和皇親國戚才可使用。自命功勞大過三皇五帝的秦始皇怎麼可能放棄“黃腸題湊”的木槨而改用其他棺槨呢？
所謂“黃腸”指堆壘在棺槨外的黃心柏木枋，“題湊”指木枋的頭一律向內排列。“黃腸題湊”指西漢帝王陵寢槨室四周用柏木枋堆壘成的框形結構。“黃腸題湊”一名詞最初見於《漢書·霍光傳》，根據漢代禮製，“黃腸題湊”與玉衣、梓宮、便房、外藏槨同屬帝王陵墓中的重要組成部分。
謎團十一：地宮內有沒有空間秦陵地宮為豎穴式，墓內可能有“黃腸題湊”的大型木槨。如果是豎穴木槨墓，墓道及木槨上部都以夯土密封。這樣一來，墓室內外嚴嚴實實，不會再有空間。然而，陵墓主持者之一李斯則說：“鑿之不入，燒之不燃，叩之空空，如下無狀。”
如果李斯的這段話記載無誤，那地宮明顯有個外殼。按理這段話不會有假，因為李斯曾以左丞相身份親自主持過陵墓工程，對地宮的構造了如指掌。加之這段話是當麵向聖上彙報的，應該說不會有摻假嫌疑。如果按李斯所言可以推斷秦陵當是一座密封的、真空的大地堡式地宮。不然，怎麼會“叩之空空”？又怎麼會“燒之不燃”？
如按文獻記載推理，地宮應該是空的，且有較大的空間，但由於考古勘探尚未深入到地宮的主要部位，所以地宮內部究竟是虛是實目前仍是個謎。
謎團十二：地宮中真的有自動發射器嗎秦始皇在防止盜墓方麵也苦費心機。《史記》記載，秦陵地宮“令匠作機弩矢，有所穿近者輒射之”，指的是那裏安裝著一套自動發射的暗弩。如果記載屬實的話乃是中國古代最早的自動防盜設備。
秦代曾生產過連發三箭的弓弩。但是安放在地宮的暗弩當是一套自動發射的弓弩，當外界物體碰到機關，弓便會自動發射。2200多年前的秦代如何生產如此高超的自動發射器也是一大謎。
謎團十三：秦始皇屍骨是否保存完好不管是銅棺還是木槨，肯定都是當時條件下最為珍貴的，那麼，放置於其中的秦始皇的遺體是否完好保存下來了呢？這也是牽動人心的一大謎題。
20世紀70年代中期，長沙馬王堆漢墓女屍的發現震驚中外。其屍骨保存之完好舉世罕見。由此，有人推測秦始皇的遺體也很有可能完好地保存下來。
如果單從遺體保護技術而言，相距秦代不足百年的西漢女屍能很好地保護下來，秦代也應具備保護遺體的防腐技術。但問題是秦始皇死在出巡途中，而且當時正值酷暑。屍體未運多遠，便開始腐爛並發出了熏人的惡臭味，為了防止臭味擴散、走漏“風聲”，趙高、胡亥還派人將鮑魚與屍體放在一起以亂其臭。這樣，經過五十餘天的長途顛簸，至九月才將屍體運回鹹陽發喪。秦始皇由死到下葬，間隔近兩個月。根據當時遺體保護經驗，遺體保護須死後即刻著手處理，稍有延誤，等到屍體本身開始變化就無能為力了。秦始皇遺體途中就開始腐爛，屍體運回鹹陽等不到處理恐怕早已麵目全非了。據此推測，秦始皇遺體保存完好的可能性很小。
謎團十四：秦始皇為何要在陵中布下兵馬俑軍陣發現於20世紀70年代中期的秦始皇陵兵馬俑，被譽為世界第八大奇跡，是世界上最大的地下軍事博物館，至今仍令無數中外遊客歎為觀止。
如果說秦始皇當年修造這麼多的陶俑、陶車、陶馬是用來作為自己的陪葬，那他為什麼要以如此規模宏大、嚴整有序的兵馬俑軍陣的形式來陪葬呢？對於這個問題，大多數的學者認為秦兵馬俑是秦始皇陵的一部分，反映的是秦始皇生前的軍事情況，但在具體問題上觀點又不一致。
有的學者認為，秦始皇陵實質上是按古代禮製“事死如事生”的要求特意設計的。因為秦始皇即位後，用了大部分的精力和時間進行統一全國的戰爭。當時他率領千軍萬馬南征北戰，從而並吞了六國，統一了天下。為了顯示他生前的功績，以軍隊的形式來陪葬似乎是一種必然。
有的學者認為，秦俑坑出土的這支秦代軍隊的大型群雕是秦始皇創建和加強中央集權的象征。秦俑坑大批兵馬俑的軍事陣容，正是秦始皇統治下強大的軍事實力的形象記錄。在一定意義上也可以說，它是秦始皇東巡衛隊的象征。
有的學者認為，秦兵馬俑坑象征著駐在京城外的軍隊，可稱之為宿衛軍。以戰車、步兵相間排列的一號兵馬俑軍陣為右軍，以戰車和騎兵為主的二號兵馬俑坑為左軍，未建成的廢棄坑當為四號坑，即擬議中的中軍，三號兵馬俑坑是統帥右、左、中三軍的幕府。俑坑本身象征著屯兵的壁壘。三軍拱衛京師，是秦始皇希圖加強中央集權維護一統江山的反映。有的學者則否定了“三軍”之說，認為不存在四號坑的問題，秦俑軍陣是由正、奇兵和指揮部組成的軍陣。