他向寇恂交代說：“從前高祖與項羽爭天下，把蕭何留在關中，我現在把河內交給你。你也要像蕭何那樣，據守此地，保證糧草供給，訓練士兵和戰馬，阻擋其他軍隊到這塊地盤上來，特別是不讓黃河以南劉玄的軍隊過來。”寇恂果然不負重托。劉秀又在孟津部署重兵，派剛毅果決的馮異為孟津將軍，扼守黃河渡口，監視洛陽，防止更始屯住在那裏的李軼北渡。安排妥當以後，劉秀親率大軍北上，準備回到冀中、冀北一帶，肅清那裏的殘餘農民軍，以實現控製河北的重要戰略目標。
一路上將領們紛紛請求劉秀稱帝，被劉秀嚴詞拒絕，將領們連勸了幾次，劉秀這才有些動心，但還是有些猶豫不決。這時將軍耿純私下對劉秀說：“將士們拋開親人和家鄉，跟從大王出生入死，為的就是想攀龍附鳳，實現封官拜爵的願望。現在大王不願稱帝，違背了眾兄弟的願望，我擔心他們會感到失望，產生離你而去的想法。況且，人心是不容易收攏的。”劉秀仔細思考之後，明白了將領們要他當皇帝是出於個人利益，並非虛讓，於是表示說：“我會考慮這個問題。”
到高縣，劉秀又把將軍馮異從洛陽前線召回，向他詢問天下形勢。馮異擔任洛陽前線的軍事首領，了解戰爭的形勢，分析的情況非常可靠，故此劉秀才召他來詢問。馮異對劉秀說：“更始皇帝的敗局已定，宗廟社稷的問題就在大王你了。你應當聽從眾人的主張。”
正當此時，有個名叫強華的儒生，捧著赤符從關中來見劉秀，說：“劉秀發兵捕不道，四夷雲集龍鬥野，四七之際火為主。”這句話的意思是說：“四七”是28，從公元前206年劉邦稱王至公元22年劉秀起兵是228年；火是指漢朝，按陰陽五行說漢朝屬火德。這表明，劉秀乃“受命天子”，要再不做天子，那就不僅違背眾望，也要違背天意了。劉秀得了天時又得人心，終於在赤眉軍迫近長安時即位於鄗南，沿用漢國號，年號建武。這一年是公元25年，劉秀31歲。
掃平群雄，一統天下
劉秀即帝位之初，天下依然四分五裂，“帝王滿天下”。除了農民起義軍綠林、赤眉軍之外，還有更始皇帝劉玄，東方皇帝劉永，蜀中皇帝公孫述，舒城皇帝李憲，匈奴立的皇帝盧芳，燕王彭寵，齊王張步，海西王董憲，楚黎王秦豐等。這些人各據一方，自立為王，互相攻城略地，戰爭頻繁，廣大人民飽受著分裂、戰亂之苦。漢光武帝即位之後，利用“人心思漢”的社會心理，打出“劉氏宗室”的旗號，搜羅人才，爭取民心。利用招降和用兵兩種手段，經過長達10年之久的艱苦戰鬥，終於一一掃除盤踞各地的割據勢力，使中國又一次走向了統一。
更始政權的覆滅劉秀在鄗南稱帝後，繼續舉兵攻占了邯鄲、河內、溫邑等地。這時，赤眉軍擁立西漢宗室後裔——一個叫劉盆子的牛倌為皇帝，舉兵攻打長安。劉玄左右受到攻擊，最後投降了劉盆子，被改封為長沙王，但不久被縊殺。
劉秀得知更始皇帝下台，便立即派兵攻占了五社津（今河南鞏縣北）等要塞，然後下令包圍洛陽，命吳漢、馮異等11位將軍率軍攻打洛陽。這時的洛陽由更始皇帝的驍將李軼、朱鮪把守。這兩個人都是當初鼓動劉玄殺掉劉的始作俑者，是劉秀不共戴天的仇人。李軼在劉秀大軍的包圍下，便來信說自己情願歸降。劉秀卻把李軼的信交給太守、郡尉一級官吏傳閱，消息很快被朱鮪知道了，他勃然大怒，立即派人將李軼誅殺，從而引起洛陽守軍的混亂，士氣也隨之大落。劉秀一箭雙雕，既分化瓦解了敵軍，又借刀除掉了仇人。但是由於朱鮪拚命固守，劉秀部隊連攻數月，一直沒有攻下。後來劉秀聽說部將岑彭當年曾是朱鮪的校尉，便派他去勸降。朱鮪對岑彭說：“當初大司徒（指劉）被害，我參與籌劃，更始帝派劉秀去河北，我又阻攔過，並進諫鏟除蕭王，這些罪過，我想蕭王是不會原諒的，因此不敢投降。”劉秀得知此事後，便托岑彭向朱鮪說：“要幹大事的人，不能計較小過。朱鮪要是現在投降，我不僅不會殺他，還可以保住他的官爵，我敢對著黃河發誓，絕不失信！”朱鮪聽後，叫人用繩子把自己捆起來，到達河北漢光武帝營帳聽候發落。光武帝見到朱鮪，急忙下座，親自解開繩索，向他表示慰問，並拜其為平狄將軍，封扶溝侯。進入洛陽後，劉秀嚴禁軍隊暴橫搶掠，結果將軍蕭廣違犯軍紀，縱兵橫暴，被處死刑，使得洛陽百姓很快從內心歸順了劉秀。至此，以更始皇帝劉玄為代表的一派勢力，在赤眉和劉秀的攻擊下被徹底平息了。
赤眉軍的消亡在群雄並立的大地上，綠林、赤眉這兩支強大的農民武裝力量，嚴重威脅著劉秀新建的東漢王朝。
赤眉軍是一支樸實的農民武裝，在推翻更始皇帝的鬥爭中做出了巨大的貢獻。但由於缺乏領導，紀律性差，攻入長安後，又燒又搶，令老百姓紛紛逃散。號稱百萬之眾的赤眉大軍，在長安城中得不到軍餉，開始向秦嶺終南山一帶轉移。赤眉軍在行軍途中遇到大雪，凍死、餓死了許多士兵，隻好又退回長安。劉秀派大將鄧禹乘機攻擊赤眉，結果遭到赤眉軍的頑抗。鄧軍大敗，死傷3000多人，鄧禹隻帶了20多名騎兵逃了回來。