許雲峰在經曆了小鎮的第一次任務之後發現了第二個線索，也就是這個世界的問題之二，構成混亂。第一個則是言一東所說的科幻起源。
在完成了等級的晉升之後，程離也隨著許雲峰到了東來城，也就是在這裏，許雲峰認識到了這個世界強者的分布：六怪，四帝，二尊。
在聖龍學校學習之後，許雲峰發現這六怪或是四尊都是小說或者曆史上的人物。這也就是第三個線索，不該存在的人。
在了解到唯一不在曆史記錄上的人除了言一東以外還有一個木子羽以後，許雲峰直接到了最好找的木子羽那裏。然而木子羽卻是實實在在的異世界的居民，而言一東卻守口如瓶。
正巧祖咒深淵魔族來犯，許雲峰也接觸到了深淵魔族中的一些情報，許雲峰一咬牙，決定下到深淵之中。
在深淵之中，許雲峰體驗到了深淵的環境艱苦，同時也了解了實力強大卻不得人心的瑪麗蘇魔王：福斯特·霍爾·大魔·王。在交手的時候，許雲峰勝出一招半式，同時燒到了霍爾的兩隻羽翼。於是腦子秀逗的魔王大人就這麼硬生生的放走了許雲峰。
回到地麵的許雲峰的實力已經是十二級的大魔導師了，但是因為沒有教導出魔導士徒弟，所以等級隻能卡到十一級的魔導師。正好遇到了一個看起來很有前途的少年，少年因為魔界氣息而不能學習魔法，於是在解除了這個少年的感染之後成功教導出了一個十五歲的大魔導士。
得到了資格證的許雲峰正好研究出了能量轉化之道，而能量轉化之後的惡魔也變成了一個普通的異世界人。同時，第四個線索出現了：這個世界上隻有人類。
得知自己一直以來都在殘殺人類的木子羽瘋狂了，同時終極任務出現：鎮壓木子羽。
在費盡九牛二虎之力後，木子羽恢複記憶，原來他是靈魂轉生的地球人，而此時大魔王出現，大魔王交給許雲峰的魔族滅殺令也開始侵入許雲峰，幸好許雲峰有升級到5.0的係統保護，躲過了這一劫。
到此，戰法牧三人齊聚，言一東抗傷害，許雲峰輸出，木子羽治療並解決狀態問題。
最終，三人打敗了大魔王，而大魔王實際上是這個世界蓋亞的化身，蓋亞一直在扣留幾人，想得到這些人的源頭，並成長為更加強大的蓋亞。
蓋亞表明身份，並且使用出了殺手鐧：蓋亞意識集合。
滔天的魔氣形成了一個可怕的敵人，戰法牧三人竟不是一合之敵。
就在許雲峰萬念俱灰之時，天庭眾仙殺到，眾仙雖然戰勝了這個怪物，但是這個怪物竟然不是一個，而是許多個。
正在眾仙萬念俱灰之際，許雲峰被附身了，原來這個神秘的係統竟然一直都是鴻鈞的掩護，鴻鈞把自己分為幾個小塊，每當許雲峰得到一塊，鴻鈞就完整一分，直到真正的蓋亞出場，鴻鈞才出現。
鴻鈞把蓋亞封印在大地裏，並把大地分割為幾塊。
自此，新世界誕生，地球重新出現。