學園都市是麵積占據東京都西部三分之一的都市，居住著230萬人，其中八成（180萬）以上是科學勢力的代表：學生。擁有世界上最尖端的科技，一般認為領先外界約30年。
學園都市由「統括理事會」全權管理。由於技術、研究多數都是高度機密事項，學園都市內的警戒體製非常嚴格，對人員進出有嚴格的限製。學園都市有二十三個學區，以發掘超能力而提供特殊的教育課程，主要靠從外部招收學生。除了教育機構，還有麵向學生研究設施，生產、商業設施，國際展示場，國際機場等等在都市內生活的所需要的生活設施都齊備。
但最重要的，是學園都市的標誌——超能力！這裏的學生大都借由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力，以範圍和威力分為無能力者（Level0）、低能力者（Level1）、異能力者（Level2）、強能力者（Level3）、大能力者（Level4）、超能力者（Level5）、絕對能力者（Level6），實際絕對能力者隻是理論上存在進化為Level6的可能，並沒有哪一個角色成功進化為Level6。並每隔一定時間會進行身體檢查，重新測定一次，但學生中依舊有六成是無能力者。
而現在，莫名來到這個世界的葉雲卻也不得不待在這個地方，原因，其中一個就是身邊的這個小蘿莉——玲科百合子。讓自己丟下這個小蘿莉離開學園都市任由她在自己的麵前再次變成印象中的那個孤獨的白色身影，葉雲自認為做不到。要離開，也要在其脫離孤獨與自責能與普通人一樣生活後再走。至少，不能在心中留下遺憾。
葉雲可以說也是有著特殊的能力的人，這包括他身體的恢複力和繼承病原體亞曆克斯的變形和吞噬能力，相比起學園都市的超能力，葉雲的能力更像是科學的產物，雖然本來就是啦。這些能力在給葉雲帶來方便的同時，在這個世界也代表著麻煩。
超能力作為學園都市的一個標誌，在外界是看不到的，就算出現了天生就有超能力的原石，也會被學園都市的人接回這裏，可以說，葉雲除了這裏已經無處可去，不然迎接他的就是一大堆的麻煩。
距離軍團轟殺的結束才一個小時。事後立刻就有特力研的研究人員準備帶走玲科百合子，不過立刻就被認葉雲做義兄的玲科百合子拒絕了。
沒錯，你沒看錯，就是義兄！失去所有親人的玲科百合子沒有放走在她最孤單的時候遇到的唯一一個關心她的人，同樣，來到異世界大半個月卻身心疲憊的葉雲也放不下心讓百合子一個人生活。順理成章的，兩人在彈幕之下成了相互唯一的依靠。然後，在這個世界沒有戶口的黑戶葉雲就在研究人員的協助下順利的辦理了ID，親人一欄就是義妹玲科百合子。同時，葉雲也正式成為學園都市的一名普通學生，一位有著Level4大能力者等級“軀體掌控”的原石。
“明天就會有人來給你送錄取通知書和校服，今天你就和你的妹妹住在臨時宿舍吧。”這是那位女研究員滿嘴酒氣向葉雲說的話，然後就一點都不負責的走了。
臨時宿舍，顧名思義，就是學園都市為因各種原因暫時無家可歸的人準備的宿舍，各個學區都有著一個這種功能的地方。當然，從外界來到學園都市的人也可以去那裏，但是既然有賓館誰又會來這裏呢？所以臨時宿舍大多數的時候都是麵向玲科百合子這樣的因各種原因有家不能回或葉雲這樣無家可歸的學生。當然，想入住的話就要辦理各種麻煩的手續，還必須要有學園都市的ID或臨時ID。